Locus 5118

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	16,652,013 – 16,652,159
Length	146
Max. P	0.994272

overview

Window 0

Location	16,652,013 – 16,652,120
Length	107
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.37
Mean single sequence MFE	-37.33
Consensus MFE	-28.81
Energy contribution	-28.82
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.42
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	1.30
SVM RNA-class probability	0.939657
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16652013 107 + 20766785
--CAACACCAGAUGCAU---CAGCCAAUCCAACGCCAGCGCAGGCGCUGAGGGCUGUGCGUCCACCAACCUUGGAUCUGCAGCAUCCAA------AGCUGACCCUCUGCCGCAGGGUA--
--........((((((.---(((((....((.((((......)))).))..)))))))))))..(((....))).....((((......------.))))((((((....).))))).-- ( -37.40)
>DroPse_CAF1 1962 104 + 1
--AAACAUCACCUGCAA---CAGC---UCCAAUGCCAACACAGGCGCUGAGGGCUGUGCGUCCACAAUCCUUGGAUCCGCAGCAUCCAA------UGCUGACCCUCUGCCGCAGGGUA--
--........(((((.(---((((---((((.((((......)))).)).)))))))(((((((.......)))))...((((((...)------))))).......)).)))))...-- ( -38.70)
>DroGri_CAF1 930 104 + 1
--CAACAACAGUAGCAACCGC------UCUGGCGUCAAUGCAGACGCUGAGGGCUGUGCGUCCACAUACACUGGAUCUGCAGCAUCCAA------UGCUGACCCUCUGCCGCAGGGUA--
--......(((..(((...((------(((((((((......)))))).)))))..)))(((((.......))))))))((((((...)------)))))((((((....).))))).-- ( -36.80)
>DroWil_CAF1 400 112 + 1
--UAACAGCAACGGUAU---CAGCUCACC---AGUCAGCUUAGGCGCUGAGGGCUGUGCGUCCACAAACCUUGGAUCUGCAGCAUCCAAUUAUAAUGCUGACCCUCUGCCGCAGGGUUUA
--...(((((..(((..---......)))---..(((((......)))))((((((((.(((((.......))))).))))))..))........)))))((((((....).)))))... ( -34.90)
>DroAna_CAF1 585 106 + 1
ACCAACACCA---GCAA---CAGCCAAUCCAACGCCAGCAUAGGCGCUGAGGGCUGUGCGUCCACAAACCUUGGAUCCGCAGCAUCCAA------UGCUGACCCUCUGCAGCAGGGUA--
........((---((((---(((((....((.((((......)))).))..))))))(((((((.......))))..))).........------)))))((((((....).))))).-- ( -37.50)
>DroPer_CAF1 1956 104 + 1
--AAACAUCACCUGCAA---CAGC---UCCAAUGCCAACACAGGCGCUGAGGGCUGUGCGUCCACAAUCCUUGGAUCCGCAGCAUCCAA------UGCUGACCCUCUGCCGCAGGGUA--
--........(((((.(---((((---((((.((((......)))).)).)))))))(((((((.......)))))...((((((...)------))))).......)).)))))...-- ( -38.70)
>consensus
__CAACACCACCUGCAA___CAGC___UCCAACGCCAACACAGGCGCUGAGGGCUGUGCGUCCACAAACCUUGGAUCCGCAGCAUCCAA______UGCUGACCCUCUGCCGCAGGGUA__
....................((((.....((.((((......)))).)).((((((((.(((((.......))))).))))))..)).........))))((((((....).)))))... (-28.81 = -28.82 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	16,652,013 – 16,652,120
Length	107
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.37
Mean single sequence MFE	-43.85
Consensus MFE	-24.24
Energy contribution	-24.38
Covariance contribution	0.14
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.01
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	0.19
SVM RNA-class probability	0.624988
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16652013 107 - 20766785
--UACCCUGCGGCAGAGGGUCAGCU------UUGGAUGCUGCAGAUCCAAGGUUGGUGGACGCACAGCCCUCAGCGCCUGCGCUGGCGUUGGAUUGGCUG---AUGCAUCUGGUGUUG--
--.(((((.(....))))))(((((------((((((.......)))))))))))..(((.((((((((.((((((((......))))))))...)))))---.))).))).......-- ( -47.40)
>DroPse_CAF1 1962 104 - 1
--UACCCUGCGGCAGAGGGUCAGCA------UUGGAUGCUGCGGAUCCAAGGAUUGUGGACGCACAGCCCUCAGCGCCUGUGUUGGCAUUGGA---GCUG---UUGCAGGUGAUGUUU--
--..(((((((((((...(((((((------(.((.(((((.(((((....)))((((....))))..)).))))))).))))))))......---.)))---))))))).)......-- ( -44.50)
>DroGri_CAF1 930 104 - 1
--UACCCUGCGGCAGAGGGUCAGCA------UUGGAUGCUGCAGAUCCAGUGUAUGUGGACGCACAGCCCUCAGCGUCUGCAUUGACGCCAGA------GCGGUUGCUACUGUUGUUG--
--......(((((((.(.(((.(((------((((((.......))))))))).....))).).((((((((.(((((......)))))..))------).)))))...)))))))..-- ( -41.10)
>DroWil_CAF1 400 112 - 1
UAAACCCUGCGGCAGAGGGUCAGCAUUAUAAUUGGAUGCUGCAGAUCCAAGGUUUGUGGACGCACAGCCCUCAGCGCCUAAGCUGACU---GGUGAGCUG---AUACCGUUGCUGUUA--
........(((((((.((((((((........((..(((..(((((.....)))))..).))..))(((.(((((......)))))..---)))..))))---)).)).)))))))..-- ( -40.20)
>DroAna_CAF1 585 106 - 1
--UACCCUGCUGCAGAGGGUCAGCA------UUGGAUGCUGCGGAUCCAAGGUUUGUGGACGCACAGCCCUCAGCGCCUAUGCUGGCGUUGGAUUGGCUG---UUGC---UGGUGUUGGU
--.(((((.......)))))(((((------(..(..((.((.(((((.(((.(((((....))))).))).((((((......))))))))))).)).)---)..)---..)))))).. ( -45.40)
>DroPer_CAF1 1956 104 - 1
--UACCCUGCGGCAGAGGGUCAGCA------UUGGAUGCUGCGGAUCCAAGGAUUGUGGACGCACAGCCCUCAGCGCCUGUGUUGGCAUUGGA---GCUG---UUGCAGGUGAUGUUU--
--..(((((((((((...(((((((------(.((.(((((.(((((....)))((((....))))..)).))))))).))))))))......---.)))---))))))).)......-- ( -44.50)
>consensus
__UACCCUGCGGCAGAGGGUCAGCA______UUGGAUGCUGCAGAUCCAAGGUUUGUGGACGCACAGCCCUCAGCGCCUGUGCUGGCGUUGGA___GCUG___UUGCAGCUGAUGUUG__
........((.((.((((((...........((((((.......))))))....((((....)))))))))).))(((......)))..................))............. (-24.24 = -24.38 +   0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	16,652,048 – 16,652,159
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.71
Mean single sequence MFE	-52.48
Consensus MFE	-47.20
Energy contribution	-47.70
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-4.55
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	2.46
SVM RNA-class probability	0.994272
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16652048 111 + 20766785
CAGGCGCUGAGGGCUGUGCGUCCACCAACCUUGGAUCUGCAGCAUCCAA------AGCUGACCCUCUGCCGCAGGGUA---UACAACAGGUGGACACACAGUCGUCAGCGCGUCUGCUGG
((((((((((.(((((((.(((((((....(((((((....).))))))------.....((((((....).))))).---.......))))))).))))))).)))))))..))).... ( -55.10)
>DroVir_CAF1 601 107 + 1
CAAACGCUGAGGGCUGUGUGUCCACACUCACUGGAUCUGCAGCAUCCAA------UGCUGACCCUCUGCAGCAGGGUA---CACA---AGUGGACACACAGUCGUCAGCGCAUGCCUUG-
....((((((.((((((((((((((..............((((((...)------)))))((((((....).))))).---....---.)))))))))))))).)))))).........- ( -52.70)
>DroGri_CAF1 962 108 + 1
CAGACGCUGAGGGCUGUGCGUCCACAUACACUGGAUCUGCAGCAUCCAA------UGCUGACCCUCUGCCGCAGGGUA---UAUU---AGUGGACACACAGUCGUCAGCGCGUGCAUUGG
..(.((((((.(((((((.((((((..............((((((...)------)))))((((((....).))))).---....---.)))))).))))))).)))))))......... ( -49.10)
>DroWil_CAF1 432 120 + 1
UAGGCGCUGAGGGCUGUGCGUCCACAAACCUUGGAUCUGCAGCAUCCAAUUAUAAUGCUGACCCUCUGCCGCAGGGUUUAACACAACUGGUGGACACACAGUCGUCAGCGCGUUCGCUGA
...(((((((.(((((((.((((((((((((((((....((((((.........))))))....)).....))))))))..((....)))))))).))))))).)))))))......... ( -52.90)
>DroMoj_CAF1 615 108 + 1
CAAGCGCUGAGGGCUGUGUGCCCACACUCACUGGAUCUGCAGCAUCCAA------UGCUGACCCUCUGCAGCAGGGUA---CACA---AGUGGACACACAGUCGUCAGCGCGUGCCUUGA
...(((((((.(((((((((.((((..............((((((...)------)))))((((((....).))))).---....---.)))).))))))))).)))))))......... ( -52.10)
>DroAna_CAF1 619 111 + 1
UAGGCGCUGAGGGCUGUGCGUCCACAAACCUUGGAUCCGCAGCAUCCAA------UGCUGACCCUCUGCAGCAGGGUA---CACAUCAAGUGGACACACAGUCGUCAGCGCGUCUGCUGA
...(((((((.(((((((.((((((..............((((((...)------)))))((((((....).))))).---........)))))).))))))).)))))))......... ( -53.00)
>consensus
CAGGCGCUGAGGGCUGUGCGUCCACAAACACUGGAUCUGCAGCAUCCAA______UGCUGACCCUCUGCAGCAGGGUA___CACA___AGUGGACACACAGUCGUCAGCGCGUGCGCUGA
...(((((((.(((((((.((((((......((((((....).)))))............((((((....).)))))............)))))).))))))).)))))))......... (-47.20 = -47.70 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	16,652,048 – 16,652,159
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.71
Mean single sequence MFE	-53.10
Consensus MFE	-47.05
Energy contribution	-46.22
Covariance contribution	-0.83
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-4.06
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	2.35
SVM RNA-class probability	0.992790
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16652048 111 - 20766785
CCAGCAGACGCGCUGACGACUGUGUGUCCACCUGUUGUA---UACCCUGCGGCAGAGGGUCAGCU------UUGGAUGCUGCAGAUCCAAGGUUGGUGGACGCACAGCCCUCAGCGCCUG
....(((..(((((((.(.((((((((((((((((((((---.....)))))))).....(((((------((((((.......))))))))))))))))))))))).).)))))))))) ( -58.80)
>DroVir_CAF1 601 107 - 1
-CAAGGCAUGCGCUGACGACUGUGUGUCCACU---UGUG---UACCCUGCUGCAGAGGGUCAGCA------UUGGAUGCUGCAGAUCCAGUGAGUGUGGACACACAGCCCUCAGCGUUUG
-.....((.(((((((.(.((((((((((((.---..((---.(((((.......))))))).((------((((((.......))))))))...)))))))))))).).))))))).)) ( -51.60)
>DroGri_CAF1 962 108 - 1
CCAAUGCACGCGCUGACGACUGUGUGUCCACU---AAUA---UACCCUGCGGCAGAGGGUCAGCA------UUGGAUGCUGCAGAUCCAGUGUAUGUGGACGCACAGCCCUCAGCGUCUG
......((.(((((((.(.((((((((((((.---....---.(((((.(....))))))..(((------((((((.......)))))))))..)))))))))))).).))))))).)) ( -51.90)
>DroWil_CAF1 432 120 - 1
UCAGCGAACGCGCUGACGACUGUGUGUCCACCAGUUGUGUUAAACCCUGCGGCAGAGGGUCAGCAUUAUAAUUGGAUGCUGCAGAUCCAAGGUUUGUGGACGCACAGCCCUCAGCGCCUA
.........(((((((.(.((((((((((.(((((((((....(((((.(....))))))......))))))))).....((((((.....)))))))))))))))).).)))))))... ( -52.40)
>DroMoj_CAF1 615 108 - 1
UCAAGGCACGCGCUGACGACUGUGUGUCCACU---UGUG---UACCCUGCUGCAGAGGGUCAGCA------UUGGAUGCUGCAGAUCCAGUGAGUGUGGGCACACAGCCCUCAGCGCUUG
.........(((((((.(.((((((((((((.---..((---.(((((.......))))))).((------((((((.......))))))))...)))))))))))).).)))))))... ( -52.80)
>DroAna_CAF1 619 111 - 1
UCAGCAGACGCGCUGACGACUGUGUGUCCACUUGAUGUG---UACCCUGCUGCAGAGGGUCAGCA------UUGGAUGCUGCGGAUCCAAGGUUUGUGGACGCACAGCCCUCAGCGCCUA
.........(((((((.(.((((((((((((..(((((.---.(((((.......)))))..)))------))((((.(...).)))).......)))))))))))).).)))))))... ( -51.10)
>consensus
UCAACGCACGCGCUGACGACUGUGUGUCCACU___UGUG___UACCCUGCGGCAGAGGGUCAGCA______UUGGAUGCUGCAGAUCCAAGGUUUGUGGACGCACAGCCCUCAGCGCCUG
.........(((((((.(.((((((((((((............(((((.(....))))))...........((((((.......)))))).....)))))))))))).).)))))))... (-47.05 = -46.22 +  -0.83)

alignment

secondary structure

dotplot

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