Locus 5116

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 16,648,904 – 16,649,006
Length 102
Max. P 0.874654
window8178

overview

Window 8

Location 16,648,904 – 16,649,006
Length 102
Sequences 5
Columns 102
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.06
Mean single sequence MFE -26.54
Consensus MFE -25.42
Energy contribution -24.86
Covariance contribution -0.56
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.33
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 0.89
SVM RNA-class probability 0.874654
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16648904 102 - 20766785
UGAUCGAUGGCAAUUAGCGAGGCGUGCGUGAAAAGAUAAAUAUUUGCAAAUGUAUCUGGCACUCGACUGUUGAAAGCUAGUUUCCAUGAUUGCUGAUCAAUU
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>DroSec_CAF1 48058 102 - 1
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>DroSim_CAF1 48838 102 - 1
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>DroEre_CAF1 51622 102 - 1
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>DroYak_CAF1 49871 102 - 1
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>consensus
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(((((...((((((((..(((((..(((((...(((((.((........)).)))))..)))((((...))))..))..)))))..)))))))))))))... (-25.42 = -24.86 +  -0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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