| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 16,571,770 – 16,571,886 |
| Length | 116 |
| Max. P | 0.712524 |
| Location | 16,571,770 – 16,571,886 |
|---|---|
| Length | 116 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 118 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 79.99 |
| Mean single sequence MFE | -42.47 |
| Consensus MFE | -27.03 |
| Energy contribution | -26.65 |
| Covariance contribution | -0.38 |
| Combinations/Pair | 1.37 |
| Mean z-score | -1.68 |
| Structure conservation index | 0.64 |
| SVM decision value | 0.38 |
| SVM RNA-class probability | 0.712524 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 16571770 116 - 20766785 CGAUGGCGUCCAAAUCGAUUGGCGCUAUCCCACACUGCUGGGCGGUCACCCAGAUGAUCGCCAGAACUUUGUGAUCCUGCUGGAGGAGCUGGGAUUAAUGUAAGUCCUUUUAGGA--G .(((((((.((((.....))))))))))).....((.(((((((((((......))))))))((.((((..((((((((((.....))).)))))))....)))).))..))).)--) ( -42.50) >DroSec_CAF1 6297 116 - 1 CGAUGGCGUCCAGAUCGAUUGGCGCUAUCCCACACUGCUGGGCGGUCACCCAGAGGAUCGUCAGAACUUUGUGAUUCUGCUGGAGGAGCUGGGAUUAAUGUAAGUCCUUCCAGGG--G .(((((((.((((.....))))))))))).....((.(((((((((..((((((((((((.(((....)))))))))).)))).)..))))(((((......))))).))))).)--) ( -44.80) >DroSim_CAF1 5992 116 - 1 CGAUGGCGUCCAAAUCGAUUGGCGCUAUCCCACACUGCUGGGCGGUCACCCAGAGGAUCGCCAGAACUUUGUGAUUCUGCUGGAGGAGCUGGGAUUAAUGUAAGUCCUUCCACGG--A .(((((((.((((.....))))))))))).....(((.((((((((..(((((((((((((.........)))))))).)))).)..))))(((((......))))).)))))))--. ( -44.20) >DroEre_CAF1 6116 115 - 1 CGAUGGCGUCCAGAUCGAUUGGCGCUAUCCCACACAGUUCGGUGGUCAGUCGGAGGAUCGCCAGAACUUUGUGAUCCUGCUAAAGGAGCUGGGAUUAAUGUGAGUCCUUGCGGG---A .(((((((.((((.....))))))))))).((((.((((((((((((........))))))).))))).)))).((((((..(((((.((.(.(....).).))))))))))))---) ( -47.70) >DroWil_CAF1 6401 110 - 1 UGAUGGUAUUCAAAUUGAUUGGGAAUUCCCCACGCAGCGCGGCGUACAACCAGAAGAUCGCCGGAAUUUCAUUAUGUUUUUAGAAGAGCUGAAGAUAAUGUAAGUCUA-----G---A ((((((.((((...(((..((((.....))))..)))..(((((..............))))))))).))))))(((((((((.....)))))))))...........-----.---. ( -26.64) >DroYak_CAF1 6168 118 - 1 CGAUGGCGUCCAGAUCGAUUGGCGCUAUCCCACACUGCUGGGUGGGCAGCCGGAGGACCGUCAGAACUUUGUGAUCCUCCUGGAGGAGCUGGGAUUAAUGUAAGUCCCGGCAGGUGAA .(((((((.((((.....))))))))))).(((.(((((.....)))))((((((((.((.(((....))))).)))))).))....(((((((((......)))))))))..))).. ( -49.00) >consensus CGAUGGCGUCCAAAUCGAUUGGCGCUAUCCCACACUGCUGGGCGGUCACCCAGAGGAUCGCCAGAACUUUGUGAUCCUGCUGGAGGAGCUGGGAUUAAUGUAAGUCCUUCCAGG___A .(((((((.((((.....)))))))))))...........(((...(..(((((((((((.(((....)))))))))).))))..).)))((((((......)))))).......... (-27.03 = -26.65 + -0.38)
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