Locus 5083

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	16,512,614 – 16,512,762
Length	148
Max. P	0.998779

overview

Window 6

Location	16,512,614 – 16,512,725
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.91
Mean single sequence MFE	-48.02
Consensus MFE	-42.17
Energy contribution	-40.70
Covariance contribution	-1.47
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-3.83
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	3.22
SVM RNA-class probability	0.998779
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16512614 111 - 20766785
GGCGAGCGCUGGUUGUGGCGAUGUUGCUGUUGCAUCAUCAGCUGGUGUUGAUGGUGCAUUGGCGGCAUGUGGUGCGGAGAGCUAAAGUGCUGUUGGGGCUGCUGUUGUUGC
(((....)))....(..(((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..))))))..(..((.(.((.(((......))).)).).))..).)))))..) ( -49.70)
>DroPse_CAF1 15617 111 - 1
GGCGAGCGCUGGCUAUGACGGUGUUGCUGCUGCAUCAUCAGCUGGUGCUGGUGGUGCAUUGGCGGCAUAUGGUGAGGGGAAUUAAAGUGCUGCGGUUGCUGCUGCUGCUGG
((((((((((..((.(.((.((((.(((((((((((((((((....)))))))))))...)))))))))).)).)..))......))))))(((((....))))))))).. ( -50.00)
>DroSim_CAF1 9908 111 - 1
GGCGAGCGCUGGUUGUGGCGAUGUUGCUGUUGCAUCAUCAGCUGGUGUUGAUGGUGCAUUGGCGGCAUGUGGUGCGGAGAGCUAAAGUGCUGUUGUGGCUGCUGUUGUUGA
(((.((((((..(((((.((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))).)).)))))..)))......((....)).))))))........ ( -44.90)
>DroEre_CAF1 9778 111 - 1
GGCGAGCGCUGAUUGUGGCGAUGUUGCUGUUGCAUCAUCAGCUGGUGUUGAUGAUGCAUUGGCGGCAUGUGGUGAGGGGAGCUAAAGUGCUGUUGGGGCUGCUGUUGUUGC
(((.(((.(..((..(.((.((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))).)..)....(((......))).)..).))))))........ ( -46.90)
>DroYak_CAF1 9641 111 - 1
GGCGAGCGCUGGUUGUGGCGAUGUUGCUGUUGCAUCAUCAGCUGGUGUUGAUGGUGCAUUGGCGGCAUGUGGUGAGGAGAGCUAAAGUGCUGUUGGGGCUGCUGUUGCUGC
(((.(((.((..(..(.((.((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))).)..).((.(((......))).)))).))))))........ ( -46.60)
>DroPer_CAF1 15555 111 - 1
GGCGAGCGCUGGCUAUGACGGUGUUGCUGCUGCAUCAUCAGCUGGUGCUGGUGGUGCAUUGGCGGCAUAUGGUGAGGGGAAUUAAAGUGCUGCGGUUGCUGCUGCUGCUGG
((((((((((..((.(.((.((((.(((((((((((((((((....)))))))))))...)))))))))).)).)..))......))))))(((((....))))))))).. ( -50.00)
>consensus
GGCGAGCGCUGGUUGUGGCGAUGUUGCUGUUGCAUCAUCAGCUGGUGUUGAUGGUGCAUUGGCGGCAUGUGGUGAGGAGAGCUAAAGUGCUGUUGGGGCUGCUGUUGCUGC
((((((((((..........((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))).((((.......)))).))))))((....))))))........ (-42.17 = -40.70 +  -1.47)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	16,512,648 – 16,512,762
Length	114
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.54
Mean single sequence MFE	-45.97
Consensus MFE	-31.57
Energy contribution	-29.60
Covariance contribution	-1.97
Combinations/Pair	1.46
Mean z-score	-3.05
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.68
SVM RNA-class probability	0.821492
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16512648 114 - 20766785
CUGCUGAAGCUGCUGCGCCGCAGGAUGAUGGUGAAGCGGCGAGCGCUGGUUGUGGCGAUGUUG---CUGUUGCAUCAUCAGCUGGUGUUGAUGGUGCAUUGGCGGCAUGUGGUGCGG
((((....((((((.((((((.....).))))).))))))...((((......))))((((((---((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))).....)))) ( -53.80)
>DroPse_CAF1 15651 114 - 1
CUGUUGCAGCUGCUGCGUUGAGGGAUGGUGGUGCAAUGGCGAGCGCUGGCUAUGACGGUGUUG---CUGCUGCAUCAUCAGCUGGUGCUGGUGGUGCAUUGGCGGCAUAUGGUGAGG
.....((.(((..((((..(........)..))))..)))..)).((.(((((....((((((---((..((((((((((((....))))))))))))..))))))))))))).)). ( -48.40)
>DroEre_CAF1 9812 114 - 1
CUGUUGAAUUUGCUGGGCUGCAGGAUGAUGGUGAAGCGGCGAGCGCUGAUUGUGGCGAUGUUG---CUGUUGCAUCAUCAGCUGGUGUUGAUGAUGCAUUGGCGGCAUGUGGUGAGG
........((..((..((..(((.............((((....)))).)))..)).((((((---((..((((((((((((....))))))))))))..))))))))..))..)). ( -44.24)
>DroWil_CAF1 23446 117 - 1
UUGCUGCAAUUGCUGGGCUGCCGCAUGAUGAUGCAAAGGUGAACGUUGGUUAUGACGAUGUUGUUGUUGUUGCAUCAUUAAUUGAUGUUGAUGAUGUAUAGGCGGCAUAUGAUGAGG
..(((((....))..)))((((((........((((..(..(.(((((.......))))))..)..))))((((((((((((....))))))))))))...)))))).......... ( -35.00)
>DroYak_CAF1 9675 114 - 1
CUGCUGAAGUUGCUGGGCUGCAGGAUGAUGGUGAAGCGGCGAGCGCUGGUUGUGGCGAUGUUG---CUGUUGCAUCAUCAGCUGGUGUUGAUGGUGCAUUGGCGGCAUGUGGUGAGG
..(((...((((((..(((((.....).))))..)))))).))).....(..(.((.((((((---((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))).)..).. ( -46.00)
>DroPer_CAF1 15589 114 - 1
CUGUUGCAGCUGCUGCGUUGAGGGAUGGUGGUGCAAUGGCGAGCGCUGGCUAUGACGGUGUUG---CUGCUGCAUCAUCAGCUGGUGCUGGUGGUGCAUUGGCGGCAUAUGGUGAGG
.....((.(((..((((..(........)..))))..)))..)).((.(((((....((((((---((..((((((((((((....))))))))))))..))))))))))))).)). ( -48.40)
>consensus
CUGCUGAAGCUGCUGCGCUGCAGGAUGAUGGUGAAACGGCGAGCGCUGGUUAUGACGAUGUUG___CUGUUGCAUCAUCAGCUGGUGUUGAUGGUGCAUUGGCGGCAUAUGGUGAGG
........((((((.....((((..(((((.((..(((((.(....).)))))..)).)))))...))))((((((((((((....))))))))))))..))))))........... (-31.57 = -29.60 +  -1.97)

alignment

secondary structure

dotplot

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