Locus 5079

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 16,503,225 – 16,503,385
Length 160
Max. P 0.874206
window8118 window8119

overview

Window 8

Location 16,503,225 – 16,503,345
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.22
Mean single sequence MFE -44.56
Consensus MFE -36.56
Energy contribution -35.23
Covariance contribution -1.33
Combinations/Pair 1.43
Mean z-score -2.52
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.88
SVM RNA-class probability 0.874206
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16503225 120 + 20766785
CAUGGGAUGGGACAACAAGUACGGCUACCAACUGUACCAGUCGGAUCCCAGCGGCAACUACGGCGGAUGGAAGGCCACCUGUAUUGGCAACAACUUCGGUGCCGCGAUCUCCAUGCUGAA
(((((((((((((.((..((((((.......))))))..))..).)))).((((((....((((((.(((....))).)))).(((....)))...)).)))))).))).)))))..... ( -43.20)
>DroVir_CAF1 3146 120 + 1
CAUGGGCUGGGAUAGCAAGUAUGGCUAUCAGCUAUAUCAGUCCGAUCCCAGUGGCAAUUAUGGUGGCUGGAAGGCCACUUGCAUUGGCAACAACUUUGGUGCCGCGAUUUCUAUGCUAAA
(((((((((((((.((..(((((((.....)))))))..))...))))))))((((.....(((((((....)))))))....(((....)))......)))).......)))))..... ( -44.40)
>DroGri_CAF1 2786 120 + 1
CAUGGGCUGGGACAGCAAGUAUGGCUAUCAGCUGUAUCAGUCCGAUCCCAGCGGCAACUAUGGCGGCUGGAAGGCCACCUGUAUUGGCAAUAAUUUUGGCGCCGCCAUUUCCAUGCUGAA
..(((((((..(((((..(((....)))..)))))..)))))))....(((((......(((((((((((....)))........(.(((.....))).))))))))).....))))).. ( -46.10)
>DroWil_CAF1 199 120 + 1
CAUGGGCUGGGACAACAAGUAUGGAUAUCAACUAUAUCAAUCAGAUCCCAGUGGCAACUAUGGCGGUUGGAAAGCUACUUGCAUUGGCAACAAUUUUGGCGCCGCCAUAUCCAUGCUAAA
((((((((((((......((((((.......))))))........)))))))(....)((((((((((.((((((.....)).(((....))))))).).))))))))).)))))..... ( -39.24)
>DroMoj_CAF1 4199 120 + 1
CAUGGGAUGGGACAGCAAGUAUGGUUAUCAGCUGUACCAGUCGGAUCCCAGUGGCAACUAUGGCGGCUGGAAGGCGACUUGCAUUGGCAACAACUUUGGUGCAGCUAUUUCUAUGCUGAA
.................(((((((..((.((((((((((((((..(.(((((.((.......)).))))).)..)))).....(((....)))...))))))))))))..)))))))... ( -44.60)
>DroAna_CAF1 202 120 + 1
CAUGGGCUGGGACAACAAGUACGGCUACCAGCUGUACCAGUCGGAUCCCAGCGGCAACUACGGUGGCUGGAAGGCCACCUGCAUUGGAAACAACUUCGGCGCUGCUAUUGCUAUGCUUAA
(((((((((((((.((..(((((((.....)))))))..))..).)))))))((((.....(((((((....))))))).((.(((....)))(....).))))))....)))))..... ( -49.80)
>consensus
CAUGGGCUGGGACAACAAGUAUGGCUAUCAGCUGUACCAGUCGGAUCCCAGCGGCAACUAUGGCGGCUGGAAGGCCACCUGCAUUGGCAACAACUUUGGCGCCGCCAUUUCCAUGCUGAA
(((((((((((((.((..(((((((.....)))))))..))..).))))))).......(((((((((.((((((.....)).(((....))))))).).))))))))..)))))..... (-36.56 = -35.23 +  -1.33)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 16,503,265 – 16,503,385
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.09
Mean single sequence MFE -38.39
Consensus MFE -28.82
Energy contribution -28.52
Covariance contribution -0.30
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.25
Structure conservation index 0.75
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.506231
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16503265 120 + 20766785
UCGGAUCCCAGCGGCAACUACGGCGGAUGGAAGGCCACCUGUAUUGGCAACAACUUCGGUGCCGCGAUCUCCAUGCUGAAGCAGGAGCUGGCCGAUAAGGAGAACGUGAAGCUGACGCUG
........(((((.........((((.(((....))).)))).(((....)))..(((((..((((.(((((.(((....)))((......)).....))))).))))..)))))))))) ( -40.10)
>DroVir_CAF1 3186 114 + 1
UCCGAUCCCAGUGGCAAUUAUGGUGGCUGGAAGGCCACUUGCAUUGGCAACAACUUUGGUGCCGCGAUUUCUAUGCUAAAGCAGGAGCUGGCCGACAAGGACAACAUUAA------GUUG
(((....(((((.((.......)).)))))..((((((((((.((((((......(((......)))......)))))).)))))...))))).....)))((((.....------)))) ( -36.60)
>DroGri_CAF1 2826 114 + 1
UCCGAUCCCAGCGGCAACUAUGGCGGCUGGAAGGCCACCUGUAUUGGCAAUAAUUUUGGCGCCGCCAUUUCCAUGCUGAAACAGGAGUUGGCCGAUAAGGAUAACAUUAA------GUUG
(((.((((((((.((.......)).)))))..((((((((((.(..(((.......((((...))))......)))..).)))))...))))))))..))).........------.... ( -42.32)
>DroWil_CAF1 239 114 + 1
UCAGAUCCCAGUGGCAACUAUGGCGGUUGGAAAGCUACUUGCAUUGGCAACAAUUUUGGCGCCGCCAUAUCCAUGCUAAAGCAAGAGUUGGCCGACAAGGAGAACAUUAA------GCUA
((.(((((((..(....)..))).)))).)).((((.(((((.((((((.......((((...))))......)))))).))))).(((..((.....))..)))....)------))). ( -34.62)
>DroMoj_CAF1 4239 114 + 1
UCGGAUCCCAGUGGCAACUAUGGCGGCUGGAAGGCGACUUGCAUUGGCAACAACUUUGGUGCAGCUAUUUCUAUGCUGAAGCAAGAGUUAGCCGAUAAGGAGAGCAUAAA------AUUG
(((..(.(((((.((.......)).))))).)..)))(((((.(((....)))........((((.........))))..))))).(((..((.....))..))).....------.... ( -32.80)
>DroAna_CAF1 242 120 + 1
UCGGAUCCCAGCGGCAACUACGGUGGCUGGAAGGCCACCUGCAUUGGAAACAACUUCGGCGCUGCUAUUGCUAUGCUUAAACAGGAGCUGGCCGACAAGGAGAACGUACAGCUGAAGCUG
.((..(((.((((((......(((((((....))))))).((.(((....))).....))))))))...((((.((((......))))))))......)))...))..((((....)))) ( -43.90)
>consensus
UCGGAUCCCAGCGGCAACUAUGGCGGCUGGAAGGCCACCUGCAUUGGCAACAACUUUGGCGCCGCCAUUUCCAUGCUGAAGCAGGAGCUGGCCGACAAGGAGAACAUUAA______GCUG
.......(((((.((.......)).)))))..((((((((((.((((((.......((((...))))......)))))).)))))...)))))........................... (-28.82 = -28.52 +  -0.30)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:35:58 2006