Locus 5064

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 16,452,532 – 16,452,691
Length 159
Max. P 0.974929
window8094 window8095 window8096

overview

Window 4

Location 16,452,532 – 16,452,651
Length 119
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.63
Mean single sequence MFE -35.43
Consensus MFE -33.94
Energy contribution -34.08
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -0.89
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.725363
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16452532 119 + 20766785
CAGAAGGACUCGUACGUCGGUGAUGAGGCCCAGUCCAAGCGUGGUAUCCUCACCCUGAAAUACCCCAUCGAGCACGGUAUCAUCACCAACUGGGAUGAUAUGGAGAAGAUCUGGCACCA
((((.((....(((..((((.(.(((((.(((((....)).)))...))))).)))))..))).)).((...(.(.((((((((.((....)))))))))).).)..))))))...... ( -34.40)
>DroVir_CAF1 191505 119 + 1
CAGAAGGACUCGUAUGUCGGUGAUGAGGCUCAGUCCAAGAGAGGUAUCCUCACCCUGAAAUACCCAAUUGAGCACGGUAUCAUCACCAACUGGGAUGAUAUGGAGAAGAUCUGGCAUCA
(((...(((......)))((((((((.(((..(..(((..(.(((((..((.....)).))))))..)))..)..))).))))))))..))).((((...((((.....)))).)))). ( -36.10)
>DroGri_CAF1 150680 119 + 1
CAGAAGGACUCAUAUGUCGGUGAUGAGGCUCAGUCCAAGAGAGGUAUCCUCACCCUGAAGUACCCCAUUGAGCACGGUAUCAUCACCAACUGGGAUGAUAUGGAGAAGAUCUGGCAUCA
(((...(((......)))((((((((.(((..(..(((..(.(((((..((.....)).))))))..)))..)..))).))))))))..))).((((...((((.....)))).)))). ( -36.50)
>DroWil_CAF1 284517 119 + 1
CAGAAGGACUCCUAUGUCGGUGAUGAGGCCCAGUCCAAGCGUGGUAUCCUCACCCUGAAAUACCCCAUUGAGCACGGUAUCAUCACCAACUGGGAUGAUAUGGAGAAGAUCUGGCAUCA
(((...(((......)))((((((((.(((..(..(((..(.(((((..((.....)).))))).).)))..)..))).))))))))..))).((((...((((.....)))).)))). ( -37.20)
>DroMoj_CAF1 211879 119 + 1
CAGAAGGACUCGUACGUCGGUGAUGAGGCUCAGUCCAAGAGAGGUAUCCUCACCCUGAAAUACCCCAUUGAGCACGGUAUCAUCACCAACUGGGAUGAUAUGGAGAAGAUCUGGCAUCA
(((...(((......)))((((((((.(((..(..(((..(.(((((..((.....)).))))))..)))..)..))).))))))))..))).((((...((((.....)))).)))). ( -35.60)
>DroAna_CAF1 124542 119 + 1
CAGAAGGACUCGUACGUCGGCGAUGAGGCCCAGUCCAAGCGUGGUAUCCUCACCCUGAAAUACCCCAUCGAGCACGGCAUCAUCACCAACUGGGAUGAUAUGGAGAAGAUCUGGCAUCA
((((.((.(((((.((....)))))))..))..((((.(((.(((((..((.....)).))))).)..((....))))((((((.((....)))))))).)))).....))))...... ( -32.80)
>consensus
CAGAAGGACUCGUACGUCGGUGAUGAGGCCCAGUCCAAGAGAGGUAUCCUCACCCUGAAAUACCCCAUUGAGCACGGUAUCAUCACCAACUGGGAUGAUAUGGAGAAGAUCUGGCAUCA
(((...(((......)))((((((((.(((..(..(((..(.(((((..((.....)).))))))..)))..)..))).))))))))..))).((((...((((.....)))).)))). (-33.94 = -34.08 +   0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 16,452,532 – 16,452,651
Length 119
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.63
Mean single sequence MFE -38.99
Consensus MFE -35.70
Energy contribution -35.28
Covariance contribution -0.42
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.34
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 0.95
SVM RNA-class probability 0.887237
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16452532 119 - 20766785
UGGUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUACCGUGCUCGAUGGGGUAUUUCAGGGUGAGGAUACCACGCUUGGACUGGGCCUCAUCACCGACGUACGAGUCCUUCUG
......((((....(((..(((((((((....)).)))))))..((((((((((((((..(((((((((.(....)))).))))))....))))))))...)).)))))))....)))) ( -40.60)
>DroVir_CAF1 191505 119 - 1
UGAUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUACCGUGCUCAAUUGGGUAUUUCAGGGUGAGGAUACCUCUCUUGGACUGAGCCUCAUCACCGACAUACGAGUCCUUCUG
(((.(((((((((((.((.(((((((((....)).)))))))..((((((....)))))).....)).)))))).((......)).))).)).))).....(((......)))...... ( -35.10)
>DroGri_CAF1 150680 119 - 1
UGAUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUACCGUGCUCAAUGGGGUACUUCAGGGUGAGGAUACCUCUCUUGGACUGAGCCUCAUCACCGACAUAUGAGUCCUUCUG
......((((....(((.((((.......(((((((((((....((((((....))))))(((((((.((((...))))))))))).......))))))))))))))))))....)))) ( -38.81)
>DroWil_CAF1 284517 119 - 1
UGAUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUACCGUGCUCAAUGGGGUAUUUCAGGGUGAGGAUACCACGCUUGGACUGGGCCUCAUCACCGACAUAGGAGUCCUUCUG
......((((....((((.(((.......(((((((((((..((((((((....))))))(((((((((.(....)))).))))))...))..))))))))))))))))))....)))) ( -40.11)
>DroMoj_CAF1 211879 119 - 1
UGAUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUACCGUGCUCAAUGGGGUAUUUCAGGGUGAGGAUACCUCUCUUGGACUGAGCCUCAUCACCGACGUACGAGUCCUUCUG
......((((....(((..(((((((((....)).)))))))..((((((.(((((((..(((((((.((((...)))))))))))....)))))))....)).)))))))....)))) ( -38.10)
>DroAna_CAF1 124542 119 - 1
UGAUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUGCCGUGCUCGAUGGGGUAUUUCAGGGUGAGGAUACCACGCUUGGACUGGGCCUCAUCGCCGACGUACGAGUCCUUCUG
......((((....(((..(((((((((....)).)))))))..((((.(((((((((..(((((((((.(....)))).))))))....))))))))).....)))))))....)))) ( -41.20)
>consensus
UGAUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUACCGUGCUCAAUGGGGUAUUUCAGGGUGAGGAUACCACGCUUGGACUGAGCCUCAUCACCGACAUACGAGUCCUUCUG
(((.(((((((((((.((.(((((((((....)).)))))))..((((((....)))))).....)).)))))).((......)).))).)).))).....(((......)))...... (-35.70 = -35.28 +  -0.42)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 16,452,572 – 16,452,691
Length 119
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.85
Mean single sequence MFE -43.63
Consensus MFE -41.04
Energy contribution -40.85
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.45
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 1.74
SVM RNA-class probability 0.974929
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16452572 119 - 20766785
GUGCUCCUCGGGGGCAACACGCAGCUCGUUGUAGAAGGUGUGGUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUACCGUGCUCGAUGGGGUAUUUCAGGGUGAGGAUACCAC
((((((((((((.((..............((.(((((((.((....)).))))))).))(((((((((....)).)))))))..)).))))).))))))).....((((....)))).. ( -42.60)
>DroVir_CAF1 191545 119 - 1
GUGCUCCUCGGGGGCAACACGCAGCUCAUUGUAGAAGGUGUGAUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUACCGUGCUCAAUUGGGUAUUUCAGGGUGAGGAUACCUC
.........(((((((.(((((..((......))...))))).))))..((((((.((.(((((((((....)).)))))))..((((((....)))))).....)).)))))).))). ( -40.90)
>DroPse_CAF1 160782 119 - 1
GUGCUCCUCUGGGGCCACACGCAGCUCGUUGUAGAAGGUGUGGUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUACCGUGCUCAAUGGGGUACUUCAGGGUGAGGAUACCUC
.......(((((.(((((((((((....)))).....))))))).)))))(((((.((.(((((((((....)).)))))))..((((((....)))))).....)).)))))...... ( -47.00)
>DroGri_CAF1 150720 119 - 1
GUGCUCCUCUGGGGCAACACGCAGCUCAUUGUAGAAGGUGUGAUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUACCGUGCUCAAUGGGGUACUUCAGGGUGAGGAUACCUC
..........((((((.(((((..((......))...))))).))))..((((((.((.(((((((((....)).)))))))..((((((....)))))).....)).)))))).)).. ( -42.10)
>DroAna_CAF1 124582 119 - 1
GUGCUCCUCGGGGGCAACGCGCAGCUCGUUGUAGAAGGUGUGAUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUGCCGUGCUCGAUGGGGUAUUUCAGGGUGAGGAUACCAC
(((((((((((.(....)((((.((....((.(((((((.((....)).))))))).)).((((((((....)).)))))))).)))))))).))))))).....((((....)))).. ( -42.20)
>DroPer_CAF1 161628 119 - 1
GUGCUCCUCUGGGGCCACACGCAGCUCGUUGUAGAAGGUGUGGUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUACCGUGCUCAAUGGGGUACUUCAGGGUGAGGAUACCUC
.......(((((.(((((((((((....)))).....))))))).)))))(((((.((.(((((((((....)).)))))))..((((((....)))))).....)).)))))...... ( -47.00)
>consensus
GUGCUCCUCGGGGGCAACACGCAGCUCGUUGUAGAAGGUGUGAUGCCAGAUCUUCUCCAUAUCAUCCCAGUUGGUGAUGAUACCGUGCUCAAUGGGGUACUUCAGGGUGAGGAUACCUC
..........((((((.(((((...((......))..))))).))))..((((((.((.(((((((((....)).)))))))..((((((....)))))).....)).)))))).)).. (-41.04 = -40.85 +  -0.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:35:36 2006