Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,755,473 – 2,755,593 |
Length | 120 |
Max. P | 0.844052 |
Location | 2,755,473 – 2,755,593 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.94 |
Mean single sequence MFE | -53.70 |
Consensus MFE | -33.53 |
Energy contribution | -35.78 |
Covariance contribution | 2.26 |
Combinations/Pair | 1.35 |
Mean z-score | -1.76 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | 0.76 |
SVM RNA-class probability | 0.844052 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 2755473 120 - 20766785 GGCCGGAGAUGCUUUUGUGGCCGGAUUCUUGCACGCCUGGCUGGAGAAGCGCUCGCUGGGCGAGUGCAUCCGAAUGGCCUCCAGCGUAGCCGCCAAGGUCGUCACCCAGGUGGGCUGCAA (((((.(((....))).))))).......((((.(((((.((((.((.((((((((...)))))))).)).((.((((((...(((....)))..))))))))..)))).))))))))). ( -56.30) >DroVir_CAF1 45011 120 - 1 CGCCGGCGACGCCUUUGUCGCCGGCUUUCUGCACGCCUGGCUGGAGAAGCGUUCGCUCAGCGAAUGCGUGCGCCUGGCCAGCCAAGUGGCCGCCAAGGUGGUCACCCAGGUGGGCUGCAA .((((((((((....))))))))))....((((.(((((.((((....((((((((...))))))))(((((((((((..(((....))).))).)))))..))))))).))))))))). ( -69.50) >DroGri_CAF1 6054 120 - 1 CGCCGGUGAUGCAUUUGUUGCUGGCUUCCUCCAUGACUGGCUAAAGAAGCGUUCGUUGAGCGAGUGCGUGCGUAACGGCUGCAACGUGGCCGCCAAGGUGGUCACACAGGUUGGCUGCAA .(((((..((......))..))))).....(((...(((.........(((..(((((.(((....)))...)))))..)))...((((((((....)))))))).)))..)))...... ( -45.00) >DroWil_CAF1 7002 120 - 1 UGCUGGUGAUUCAUUUGUGGCUGGUUUCCUACAUGCCUGGCUGGAGAGGCGUUCCCUGAGCGAAAGCAUACGCAUUGCCACAAAUGUGGCCGCCAAAGUGGUCACACAAGUUGGUUGCAA (((.(((.(..((((((((((..((.......((((((........)))))).......((....))....))...))))))))))).)))(((((.(((....)))...))))).))). ( -41.40) >DroMoj_CAF1 18799 120 - 1 AGCUGGCGAUGCAUUUGCUGCGGGCUUCCUGCACGCCUGGCUGGAGAAACGUUCGCUGACCGAGUGCGUCCGUUUGGCCAGCAAUAUCGCCUCCAAGGUGGUGACUCAGGUGGGCUGUAA (((((((((.....)))))(((((...))))).(((((((((((..(((((..(((.........)))..)))))..)))))..(((((((.....)))))))...)))))))))).... ( -52.50) >DroAna_CAF1 13825 120 - 1 AGCAGGCGAUGCCUUUGUGGCCGGGUUCCUGCACGCCUGGCUGGAGAAACGCUCGCUGGGCGAGUGCGUCCGCAUGGCCUCGGACGUGGCUGCAAAGGUCGUUACCCAGGUGGGCUGUAA .((((..((((((((((..((((.((((..((.((((..((..(((.....)))))..)))).((((....)))).))...)))).))))..)))))).)))).(((....))))))).. ( -57.50) >consensus AGCCGGCGAUGCAUUUGUGGCCGGCUUCCUGCACGCCUGGCUGGAGAAGCGUUCGCUGAGCGAGUGCGUCCGCAUGGCCACCAACGUGGCCGCCAAGGUGGUCACCCAGGUGGGCUGCAA .((((((.((......)).))))))....((((.(((((.((((....((((((((...))))))))..................((((((((....)))))))))))).))))))))). (-33.53 = -35.78 + 2.26)
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