Locus 5002

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 16,288,842 – 16,288,956
Length 114
Max. P 0.708822
window8008

overview

Window 8

Location 16,288,842 – 16,288,956
Length 114
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 71.95
Mean single sequence MFE -49.98
Consensus MFE -20.65
Energy contribution -22.27
Covariance contribution 1.62
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.89
Structure conservation index 0.41
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.708822
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16288842 114 - 20766785
UGGCAGGACCUCCAAGUUCUC-GUCAAGGUUCCUGUAGUGGGACCUCUGCUCGGUGGAUCGCCGGCUGUGUUGG-GAGAUCUGCUGCAGCACGUGAUCCAUUGGAGG--AGCAUU-CUG
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>DroVir_CAF1 126892 108 - 1
----AGGCGCGACGGCUCCCG-GUCGAGAUUCCUGUACUGCCCCUUCGGCAGGGCCCGCAGUCGGCUGCUCUGC-GCAAGCUGCUCCAACAGCUGGCCCAUGGGCAG--CGCCUG-G--
----((((....(((((.(.(-(((.((....))...(((((.....))))))))).).)))))(((((((((.-((.(((((......))))).)).)).))))))--))))).-.-- ( -50.10)
>DroSec_CAF1 63474 118 - 1
UGGCAGGAC-UCCAAGUCCUCGGUCAAGGUUCCUAUAGUGGGACCUCUGCUCGGUGGAUCGCCGGCUGUGUUGGGGAGAUCUGCUGCAGCACGUGAUCCAUUAAAGGGAAGCAUCCCUG
(((((((((-.....)))))..))))(((((((......)))))))......((((((((((..(((((...(.((....)).).)))))..))))))))))..(((((....))))). ( -48.80)
>DroEre_CAF1 72570 114 - 1
CGGCAGGACCUGCGUGUCCUC-GUCCAGGUUCCUGUAGUGGGACCUCUGCUCGGAGGAUCGUCUGCUGUGGUGG-GAGAUCUGCUGCAGCAUGUGAUCCAGUGGAGG--AGCAUC-CUG
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>DroYak_CAF1 77895 114 - 1
UGGCAGGACCUCCAUGUCCUC-GUCAAGGUUCCUGUAGUGGGACCUCUGCUCCGUGGAUCGUCGGCUGUGGUGG-GAGAUCUGCUGCAGCAUGUGAUCCAGUGGAGG--AGCAUC-CUG
(((((((((......))))).-))))(((((((......)))))))((.((((((((((((.((((((..(..(-.....)..)..)))).))))))))).))))).--))....-... ( -53.80)
>DroAna_CAF1 41796 102 - 1
-----------CCACAUCGCU-GUCCAGGUUUCUGUAGUGGGACCUCUGGUCAUCGGAUCGCCGGCUGUGCUGG-GAGAUCUGCUGCAGCAGGUGGCCCAUGGGCGG--GGGAUC-CA-
-----------.......(.(-(.((((((..(......)..)))..))).)).)(((((.((.(((....(((-(..((((((....))))))..))))..))).)--).))))-).- ( -45.30)
>consensus
UGGCAGGACCUCCAAGUCCUC_GUCAAGGUUCCUGUAGUGGGACCUCUGCUCGGUGGAUCGCCGGCUGUGCUGG_GAGAUCUGCUGCAGCACGUGAUCCAUUGGAGG__AGCAUC_CUG
.....((((......))))...((..(((((((......)))))))..)).....(((((((..(((((((.((.....)).)).)))))..))))))).................... (-20.65 = -22.27 +   1.62)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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