Locus 4998

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 16,279,083 – 16,279,186
Length 103
Max. P 0.824703
window8003

overview

Window 3

Location 16,279,083 – 16,279,186
Length 103
Sequences 6
Columns 104
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.06
Mean single sequence MFE -25.60
Consensus MFE -21.46
Energy contribution -21.85
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.09
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.824703
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16279083 103 + 20766785
-AUACAUAUCCGUGGCCGUGUGUACGGGAUAGAUAUUAUUUAUGGUGAUAUGCGCCCGACAAACUGGCAGCAUAAUAAAUUAUGAAAAUGCCACAAAAUCUACA
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>DroSec_CAF1 54245 103 + 1
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>DroSim_CAF1 54984 103 + 1
-AUACAUAUCCGUGGCCGUGUGUACGGGAUAGAUAUUAUUUAUGGUGAUAUGCGCCCGACAAACUGGCAGCAUAAUAAAUUAUGAAAAUGCCACAAAAUCUACA
-..........((((..((.(((.((((...((((((((.....))))))).).))))))).))(((((.(((((....)))))....)))))......)))). ( -26.70)
>DroEre_CAF1 59263 103 + 1
-AUACAUAUCCGUGCCUGUGUGUACGGGAUAGAUAUUAUUUAUGGUGAUAUGCGCCCGACCAACUGGCAGCAUAAUAAAUUAUGAAAAUGCCACAAAAUCUACA
-.......(((((((......))))))).(((((.........((((.....))))........(((((.(((((....)))))....)))))....))))).. ( -25.00)
>DroYak_CAF1 67954 103 + 1
-AUACAUAUCCGUGCCAGUGUGUACGGCAUAGAUAUUAUUUAUGGUGAUAUGCGCCCGACAAACUGGCAGCAUAAUAAAUUAUGAAAAUGCCACAGAAUCUACA
-....(((((..((((.((....))))))..))))).......((((.....))))........(((((.(((((....)))))....)))))........... ( -23.50)
>DroAna_CAF1 32875 104 + 1
CACUCAUACGGGUGUGUGUGUGCACUGGAUAGAUAUUAUUUAUGGUGAUAUGUGCCCGACAAACUGGCAGCAUAAUAAAUUAUGAAAAUGCCACAAAAUCUACA
........((((..(((((...((((..((((((...)))))))))))))))..))))......(((((.(((((....)))))....)))))........... ( -25.00)
>consensus
_AUACAUAUCCGUGGCCGUGUGUACGGGAUAGAUAUUAUUUAUGGUGAUAUGCGCCCGACAAACUGGCAGCAUAAUAAAUUAUGAAAAUGCCACAAAAUCUACA
..(((((((........)))))))((((...((((((((.....))))))).).))))......(((((.(((((....)))))....)))))........... (-21.46 = -21.85 +   0.39)

alignment

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