Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,235,000 – 16,235,143 |
Length | 143 |
Max. P | 0.999606 |
Location | 16,235,000 – 16,235,114 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 5 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.89 |
Mean single sequence MFE | -35.18 |
Consensus MFE | -24.84 |
Energy contribution | -25.72 |
Covariance contribution | 0.88 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -1.93 |
Structure conservation index | 0.71 |
SVM decision value | 0.31 |
SVM RNA-class probability | 0.684806 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 16235000 114 + 20766785 CAUGUCAAUGCCGGGUUAUCUCAAAGUGGUU---UCAUCUACUACCACUGGCAGUGUGCGUUUUCAUAUUGGCUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAU ...((((..(((((((........((((((.---.........))))))(.(((((((......))))))).)...)))))))..))))...((((((((((.....)))))))))) ( -36.90) >DroSec_CAF1 15696 114 + 1 UAUGUCAAUGCCGGGCUAUCUCAUAGUGGUU---UCAUCUACUACCACUACCAGUGUGCGUUGUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAU ...((((..((((((........(((((((.---.........)))))))((((((((......)))))))).....))))))..))))...((((((((((.....)))))))))) ( -38.60) >DroSim_CAF1 16003 114 + 1 UAUGUCAAUGCCGGGUUAUCUCAAAGUGGUU---UCAUCUACUACCACUACCAGUGUGCGUUUUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAU ...((((..(((((((........((((((.---.........)))))).((((((((......))))))))....)))))))..))))...((((((((((.....)))))))))) ( -38.70) >DroEre_CAF1 20636 114 + 1 UAUGUCAUUGCCGGGUUAAGUUAAAGUUGCU---UCAUCUUCUACCAUUGGCACUGUGUGGUUUCAUAUUGGCUCCACUUGGAGCUGAUUGCUUUGAGCUCGAUUUGCGGGUUCAAU ((((..((..(((((((((((..(((.((..---.)).)))..))..))))).))).)..))..))))(..(((((....)))))..).....(((((((((.....))))))))). ( -33.80) >DroYak_CAF1 27359 117 + 1 UAUGUCAUUGUCGGGUUAUCUUAAAGUUGUUCUGUCAUCUUCUACCAAUGGCACUGUGUGCUUUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCCUCGAGCUCGAUCUUUGGGUUCAAU ..((((((((..(((.........((.....)).......)))..))))))))..(.(.((..((((((..((....))..))).)))..))).)((((((((...))))))))... ( -27.89) >consensus UAUGUCAAUGCCGGGUUAUCUCAAAGUGGUU___UCAUCUACUACCACUGGCAGUGUGCGUUUUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAU ...((((..(((((((........((((((.............))))))..(((((((......))))))).....)))))))..))))....(((((((((.....))))))))). (-24.84 = -25.72 + 0.88)
Location | 16,235,037 – 16,235,143 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 5 |
Columns | 106 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.25 |
Mean single sequence MFE | -35.98 |
Consensus MFE | -30.68 |
Energy contribution | -30.88 |
Covariance contribution | 0.20 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -3.18 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 3.78 |
SVM RNA-class probability | 0.999606 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 16235037 106 + 20766785 ACUACCACUGGCAGUGUGCGUUUUCAUAUUGGCUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAUCAGUAUGCAAUUAGCUCCAUUAGAACUAA .(((.....(.(((((((......))))))).)......(((.(((((((((((((((((((.....))))))))......))))))))))).))).)))...... ( -35.50) >DroSec_CAF1 15733 106 + 1 ACUACCACUACCAGUGUGCGUUGUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAUCAGUAUGCAAUUAGCUCCAUUAGAACUAA .......(((((((((((......)))))))).......(((.(((((((((((((((((((.....))))))))......))))))))))).))).)))...... ( -37.30) >DroSim_CAF1 16040 106 + 1 ACUACCACUACCAGUGUGCGUUUUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAUCAGUAUGCAAUUAGCUCCAUUAGAACUAA .......(((((((((((......)))))))).......(((.(((((((((((((((((((.....))))))))......))))))))))).))).)))...... ( -37.30) >DroEre_CAF1 20673 105 + 1 UCUACCAUUGGCACUGUGUGGUUUCAUAUUGGCUCCACUUGGAGCUGAUUGCUUUGAGCUCGAUUUGCGGGUUCAAUCAGAACGCAAUUAGCUCCAUUAGA-CUAA ((((.............((((..((.....))..)))).(((((((((((((.(((((((((.....))))))))).......))))))))))))).))))-.... ( -37.50) >DroYak_CAF1 27399 106 + 1 UCUACCAAUGGCACUGUGUGCUUUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCCUCGAGCUCGAUCUUUGGGUUCAAUCAGUACGCAAUUAGCUUCAUUAGAGCUAA ....((((((((((...))))).....)))))......((((((((((((((((.(((......))).)))..)))))))))).)))(((((((.....))))))) ( -32.30) >consensus ACUACCACUGGCAGUGUGCGUUUUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAUCAGUAUGCAAUUAGCUCCAUUAGAACUAA .(((.......(((((((......)))))))........(((.(((((((((((((((((((.....))))))))))......))))))))).))).)))...... (-30.68 = -30.88 + 0.20)
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