Locus 4952

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 16,155,018 – 16,155,138
Length 120
Max. P 0.613903
window7933

overview

Window 3

Location 16,155,018 – 16,155,138
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.94
Mean single sequence MFE -43.37
Consensus MFE -29.42
Energy contribution -30.54
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.92
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.16
SVM RNA-class probability 0.613903
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16155018 120 - 20766785
CACAAGGCCCAUCAGCACCAGCACGAGGCGCGGGAUGUGCGCGUCGUGCACCACACUACCAACUCCGUGCUGAUGAGCUACCUGGCCAAUGGUAACAUUCUAUCCAUGGACGCCAGUGAU
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>DroGri_CAF1 56134 114 - 1
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>DroSim_CAF1 44185 120 - 1
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>DroEre_CAF1 45748 120 - 1
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>DroYak_CAF1 45027 120 - 1
CACAAGGCUCAUCAGCAUCAGCACGAGGCGCGAGAUGUGCGCGGCGUGCACCACACCACCAACUCCGUGCUGAUGAGCUACCUGGCCAACGGUAACAUUUUGUCCAUGGACGCCAGCGAC
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>DroAna_CAF1 45188 120 - 1
CAUAAGGCCCAUCAGCACCAGCACGAGGCGCGAGAUGUGCGGGCUGCCCACCACACGAGCAGCUCCGUGCUAAUGAGCUAUUUGGCCAACGGAAACAUUCUGUCGGCAGAUGCUAGCGAU
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>consensus
CACAAGGCCCAUCAGCACCAGCACGAGGCGCGGGAUGUGCGCGGCGUGCACCACACUACCAACUCCGUGCUGAUGAGCUACCUGGCCAACGGUAACAUUCUGUCCAUGGACGCCAGCGAU
.....(((.(((((((((..(((((..(((((.....)))))..))))).................))))))))).)))..(((((....(....).....(((....)))))))).... (-29.42 = -30.54 +   1.12)

alignment

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secondary structure

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