Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,098,609 – 16,098,703 |
Length | 94 |
Max. P | 0.997313 |
Location | 16,098,609 – 16,098,703 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.69 |
Mean single sequence MFE | -32.87 |
Consensus MFE | -27.75 |
Energy contribution | -27.39 |
Covariance contribution | -0.36 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -4.63 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 2.48 |
SVM RNA-class probability | 0.994443 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 16098609 94 + 20766785 GUUGAAACAUUGGACAUUUAAAGGCCGGGAAGUGUGCAAUAUAG--CUAAGAUAUAAAUACACUGACACACGACCCGCCCUGCAAAUGUUUAUGUU .....(((((.((((((((..(((.((((..(((((((......--.................)).)))))..)))).)))..))))))))))))) ( -28.20) >DroSec_CAF1 20020 94 + 1 GUUGAAACAUUGGACAUUUAAAGGCCGGGAAGUGUGCAAUAUAG--UUAAGAAGUAAAUACACUGACACACGACCCGUCCUGCAAAUGUUUAUGUU .....(((((.((((((((..(((.((((..(((((((......--(((.....)))......)).)))))..)))).)))..))))))))))))) ( -29.00) >DroSim_CAF1 20204 94 + 1 GUUGAAACAUUGGACAUUUAAAGGCCGGGAAGUGUGCAAUAUAG--CUAAGAAGUAAAUAUACUGACACACGACCCGUCCUGCAAAUGUUUAUGUU .....(((((.((((((((..(((.((((..(((((((.(((((--((....)))...)))).)).)))))..)))).)))..))))))))))))) ( -32.40) >DroEre_CAF1 21327 94 + 1 GUUGAAACACUGGACAUUUAAAGGGCGGGAAGUGUGCAAUAUAG--CUAAGAGAUCAAUACAUUGACACACGACCCGUCCUGCAAAUAUUUGUGUA ......((((.(((.((((..((((((((..(((((((((.((.--............)).)))).)))))..))))))))..)))).))))))). ( -30.72) >DroYak_CAF1 20519 94 + 1 GUCGAAACACUGGACAUUUAAAGGGCGGGAAGUGUGCAAUAUAG--CUAAGAAAUCAAUACACUGCCACACGACCCGUCCUGCAAAUGUUUGUGUA ......((((.((((((((..((((((((..(((((((......--.................)).)))))..))))))))..)))))))))))). ( -33.90) >DroAna_CAF1 20741 95 + 1 GUAGGAACAUU-UACACUUAUAGGCCGGGAGGUGUGCAAUAUAUGUUUAUAAAAUAUAUAUAUUGUCACGCUCCCCGUCCUGCAAGUGUUUAUGUU .....(((((.-.((((((.((((.((((..(((((((((((((((.........)))))))))).)))))..)))).)))).))))))..))))) ( -43.00) >consensus GUUGAAACAUUGGACAUUUAAAGGCCGGGAAGUGUGCAAUAUAG__CUAAGAAAUAAAUACACUGACACACGACCCGUCCUGCAAAUGUUUAUGUU ......((((.((((((((..(((.((((..(((((((.........................)).)))))..)))).)))..)))))))))))). (-27.75 = -27.39 + -0.36)
Location | 16,098,609 – 16,098,703 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.69 |
Mean single sequence MFE | -34.07 |
Consensus MFE | -32.85 |
Energy contribution | -31.71 |
Covariance contribution | -1.14 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -5.76 |
Structure conservation index | 0.96 |
SVM decision value | 2.84 |
SVM RNA-class probability | 0.997313 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 16098609 94 - 20766785 AACAUAAACAUUUGCAGGGCGGGUCGUGUGUCAGUGUAUUUAUAUCUUAG--CUAUAUUGCACACUUCCCGGCCUUUAAAUGUCCAAUGUUUCAAC (((((..(((((((.(((.((((..(((((.(((((((.(((.....)))--.))))))))))))..)))).))).)))))))...)))))..... ( -36.50) >DroSec_CAF1 20020 94 - 1 AACAUAAACAUUUGCAGGACGGGUCGUGUGUCAGUGUAUUUACUUCUUAA--CUAUAUUGCACACUUCCCGGCCUUUAAAUGUCCAAUGUUUCAAC (((((..(((((((.(((.((((..(((((.(((((((.(((.....)))--.))))))))))))..)))).))).)))))))...)))))..... ( -33.40) >DroSim_CAF1 20204 94 - 1 AACAUAAACAUUUGCAGGACGGGUCGUGUGUCAGUAUAUUUACUUCUUAG--CUAUAUUGCACACUUCCCGGCCUUUAAAUGUCCAAUGUUUCAAC (((((..(((((((.(((.((((..(((((.(((((((.(((.....)))--.))))))))))))..)))).))).)))))))...)))))..... ( -33.10) >DroEre_CAF1 21327 94 - 1 UACACAAAUAUUUGCAGGACGGGUCGUGUGUCAAUGUAUUGAUCUCUUAG--CUAUAUUGCACACUUCCCGCCCUUUAAAUGUCCAGUGUUUCAAC .((((..(((((((.(((.((((..(((((.(((((((((((....))))--.))))))))))))..)))).))).)))))))...))))...... ( -32.70) >DroYak_CAF1 20519 94 - 1 UACACAAACAUUUGCAGGACGGGUCGUGUGGCAGUGUAUUGAUUUCUUAG--CUAUAUUGCACACUUCCCGCCCUUUAAAUGUCCAGUGUUUCGAC .((((..(((((((.(((.((((..(((((.(((((((((((....))))--.))))))))))))..)))).))).)))))))...))))...... ( -34.60) >DroAna_CAF1 20741 95 - 1 AACAUAAACACUUGCAGGACGGGGAGCGUGACAAUAUAUAUAUUUUAUAAACAUAUAUUGCACACCUCCCGGCCUAUAAGUGUA-AAUGUUCCUAC (((((..(((((((.(((.((((..(.(((.((((((((.............))))))))))).)..)))).))).))))))).-.)))))..... ( -34.12) >consensus AACAUAAACAUUUGCAGGACGGGUCGUGUGUCAGUGUAUUUAUUUCUUAG__CUAUAUUGCACACUUCCCGGCCUUUAAAUGUCCAAUGUUUCAAC .((((..(((((((.(((.((((..(((((.(((((((...............))))))))))))..)))).))).)))))))...))))...... (-32.85 = -31.71 + -1.14)
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