Locus 4926

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	16,083,496 – 16,083,627
Length	131
Max. P	0.964737

overview

Window 0

Location	16,083,496 – 16,083,601
Length	105
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.29
Mean single sequence MFE	-36.28
Consensus MFE	-29.19
Energy contribution	-29.50
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-3.30
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	1.30
SVM RNA-class probability	0.939915
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16083496 105 - 20766785
AGACGCCGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUGGCCGUGGCCAUGGCCAUGGCAAUUGCGAUUGCGAUUCCAAUUGCAGUUGCACUUGCAAUCCCAGACGAGACACAC
.(((.....)))..............(((((.((((((....))))))((((.((((((((((((....)))))))))))).))))....))))).......... ( -40.50)
>DroPse_CAF1 8347 99 - 1
AGACAUUGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUGGCCAUGGCCAUGGCCACGGCAAUUGCCAU------UGCAAUUGCAGUUGCACUUGCAGUCCCAGACACAACAUGG
.....(((.(((.(.(((((((......(((((((....)))))))..))))))).)((------(((((.(((....))).)))))))....))).)))..... ( -34.20)
>DroEre_CAF1 5151 99 - 1
CGACGCCGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUUGCCGUGGCCAUGGUCAUGGCAAUUGCGAU------UGCAAUUGCAGUUGCACUUGCAAUCCCAGACGAAGCACAC
....((...(((.....((((((.....((((((((((....)))))))))).((((((------(((....)))))))))..))))))....)))...)).... ( -39.00)
>DroYak_CAF1 5250 99 - 1
AGACGCCGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUAGCCGUGGCCAUGGCCAUGGCAAUUGCGAU------UCCAAUUGCAGUUGCACUUGCAAUCCCAGACGAAACACAC
.(((.....))).(.(((.(((........((((((((....))))))))(((((((((------....)))))))))))).))))................... ( -33.40)
>DroAna_CAF1 5398 105 - 1
GGACAUUGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUAGCCGUGGCCAUGGCCAUGGCAAUUGCGAUUACGAUUCCAAUUGCAGUUGCACUUGCAAUCCCAGACUUGCCUCGC
((.....(((((.....((((((.......((((((((....))))))))((((((((((........)))))))))).....))))))....))))).)).... ( -36.40)
>DroPer_CAF1 8310 99 - 1
AGACAUUGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUGGCCAUGGCCAUGGCCACGGCAAUUGCCAU------UGCAAUUGCAGUUGCACUUGCAGUCCCAGACACAACAUGG
.....(((.(((.(.(((((((......(((((((....)))))))..))))))).)((------(((((.(((....))).)))))))....))).)))..... ( -34.20)
>consensus
AGACACCGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUGGCCGUGGCCAUGGCCAUGGCAAUUGCGAU______UCCAAUUGCAGUUGCACUUGCAAUCCCAGACGAAACACAC
.........(((.....((((((.......((((((((....))))))))(((((((((..........))))))))).....))))))....)))......... (-29.19 = -29.50 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	16,083,531 – 16,083,627
Length	96
Sequences	6
Columns	109
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.93
Mean single sequence MFE	-36.43
Consensus MFE	-22.44
Energy contribution	-22.97
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.61
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	1.57
SVM RNA-class probability	0.964737
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16083531 96 - 20766785
GUGC------GGGUG-------CAGUGUGCAGGGUGAGAAGACGCCGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUGGCCGUGGCCAUGGCCAUGGCAAUUGCGAUUGCGAUUCCAA
.(((------(.(..-------...).)))).((((......))))(((((.(.((((((((.......((((((((....))))))))...))))))))))))))... ( -37.80)
>DroPse_CAF1 8382 79 - 1
GUCC------GGG-----------------AG-ACCGGGAGACAUUGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUGGCCAUGGCCAUGGCCACGGCAAUUGCCAU------UGCAA
.(((------((.-----------------..-.))))).(((.....)))......(((((.....(((((((....))))))).(((....)))..------))))) ( -33.10)
>DroSec_CAF1 5139 96 - 1
GUGC------GGGUG-------CAGUGUGCAGGGUGAGAAGACGCCGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUGGCCGUGGCCAUGGCCAUGGCAAUUGCGAUUGCGAUUCCAA
.(((------(.(..-------...).)))).((((......))))(((((.(.((((((((.......((((((((....))))))))...))))))))))))))... ( -37.80)
>DroSim_CAF1 5273 102 - 1
GUGCGGGUGCGGGUG-------CAGUGUGCAGGGUGAGAAGACGCCGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUGGCCGUGGCCAUGGCCAUGGCAAUUGCGAUUGCGAUUCCAA
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>DroEre_CAF1 5186 76 - 1
GUGC------GGG---------------------UGGGACGACGCCGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUUGCCGUGGCCAUGGUCAUGGCAAUUGCGAU------UGCAA
....------.((---------------------((......))))......(.((((((((.....((((((((((....)))))))))).))))))------))).. ( -30.90)
>DroYak_CAF1 5285 97 - 1
GUGC------GGGUGCAGUGUGCAGUGUGCAGGGUGAGAAGACGCCGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUAGCCGUGGCCAUGGCCAUGGCAAUUGCGAU------UCCAA
....------((((((((((((((((((((..((((......))))..))...)).)))))))......((((((((....)))))))).))))))..------))).. ( -37.40)
>consensus
GUGC______GGGUG_______CAGUGUGCAGGGUGAGAAGACGCCGAGUCAGACAAUUGCAUAAUCUGGCCGUGGCCAUGGCCAUGGCAAUUGCGAU______UCCAA
..........(((...........................(((.....))).....((((((.......((((((((....))))))))...))))))......))).. (-22.44 = -22.97 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

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