Locus 4923

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	16,074,643 – 16,074,759
Length	116
Max. P	0.925964

overview

Window 5

Location	16,074,643 – 16,074,759
Length	116
Sequences	4
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.72
Mean single sequence MFE	-43.15
Consensus MFE	-33.42
Energy contribution	-34.41
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.67
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	1.17
SVM RNA-class probability	0.925964
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16074643 116 + 20766785
AACAGUAGGUCCGUAGGCUAGGGAUCUGGAGCAGACGAAUUGCGUUUUCUAUCAGAAAUCAGGGCUAGUACUCCAAGUACUCCUGCCUACGCGAUGGCUGCGAACAGCGUCUACUG
..((((((((((((((((..((..(((((((.(((((.....))))).)).)))))..)).(((..(((((.....))))))))))))))).))).((((....))))..)))))) ( -44.30)
>DroSec_CAF1 2785 114 + 1
AACAGUAGGUCCGUAGGCUAGGAAGCUGGAGCAGACGAAUUCCGUUUUCUAUCAGAAAUCAGGGCUAG--CUCCAAGUACUCCUGCCUACGCGGUGGCUGCGAACAGCAUCUACUG
..((((((((((((((((.((((.((((((((((......(((..((((.....))))...))))).)--)))).)))..))))))))))).)...((((....)))))))))))) ( -44.80)
>DroSim_CAF1 2799 114 + 1
AACAGUAGGUCCGUAGGCGAGGGAGCUGGAGCAGACGAAUUGCGUUUUCUAUCAGAAAUCAGGGCUAG--CUCCAAGUACUCCUGCCUACGCGAUGGCUGCGAACAGCAUCUACUG
..(((((((((((((((((.(((.((((((((.((((.....))))(((.....)))..........)--)))).))).))).)))))))).))).((((....))))..)))))) ( -46.10)
>DroYak_CAF1 2868 114 + 1
AACAGUAAGUCCGUAGGUUAGGGUGCUGGAGCAGACCAAUUGCGUUUUCUAUAAAAUAUCAGGGCUAU--CUCCCAGUACUCCUGCCUACGCGAUGGCUUUGAACAGCGUCGGCUG
..(((...((((((((((..(((((((((((.((.((......(((((....))))).....))))..--)).)))))))))..))))))).)))....)))..((((....)))) ( -37.40)
>consensus
AACAGUAGGUCCGUAGGCUAGGGAGCUGGAGCAGACGAAUUGCGUUUUCUAUCAGAAAUCAGGGCUAG__CUCCAAGUACUCCUGCCUACGCGAUGGCUGCGAACAGCAUCUACUG
..((((((((((((((((..(((.(((((((........(((.(((((......))))))))........)))).))).)))..))))))).))).((((....))))..)))))) (-33.42 = -34.41 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	16,074,643 – 16,074,759
Length	116
Sequences	4
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.72
Mean single sequence MFE	-39.85
Consensus MFE	-28.24
Energy contribution	-28.92
Covariance contribution	0.69
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.27
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.29
SVM RNA-class probability	0.672284
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16074643 116 - 20766785
CAGUAGACGCUGUUCGCAGCCAUCGCGUAGGCAGGAGUACUUGGAGUACUAGCCCUGAUUUCUGAUAGAAAACGCAAUUCGUCUGCUCCAGAUCCCUAGCCUACGGACCUACUGUU
((((((..((((....))))..((.((((((((((.(...((((((((.......((.((((.....))))...)).......))))))))..)))).))))))))).)))))).. ( -40.14)
>DroSec_CAF1 2785 114 - 1
CAGUAGAUGCUGUUCGCAGCCACCGCGUAGGCAGGAGUACUUGGAG--CUAGCCCUGAUUUCUGAUAGAAAACGGAAUUCGUCUGCUCCAGCUUCCUAGCCUACGGACCUACUGUU
((((((..((((....)))).....((((((((((((...((((((--(..((...((.(((((........))))).))))..))))))).))))).)))))))...)))))).. ( -47.00)
>DroSim_CAF1 2799 114 - 1
CAGUAGAUGCUGUUCGCAGCCAUCGCGUAGGCAGGAGUACUUGGAG--CUAGCCCUGAUUUCUGAUAGAAAACGCAAUUCGUCUGCUCCAGCUCCCUCGCCUACGGACCUACUGUU
((((((..((((....))))..((.(((((((.(((((...(((((--(..((..((.((((.....))))...))....))..)))))))))))...))))))))).)))))).. ( -44.00)
>DroYak_CAF1 2868 114 - 1
CAGCCGACGCUGUUCAAAGCCAUCGCGUAGGCAGGAGUACUGGGAG--AUAGCCCUGAUAUUUUAUAGAAAACGCAAUUGGUCUGCUCCAGCACCCUAACCUACGGACUUACUGUU
(((.(((.(((......)))..)))((((((.(((.((.((((.((--.(((.((........................)).))))))))).)))))..))))))......))).. ( -28.26)
>consensus
CAGUAGACGCUGUUCGCAGCCAUCGCGUAGGCAGGAGUACUUGGAG__CUAGCCCUGAUUUCUGAUAGAAAACGCAAUUCGUCUGCUCCAGCUCCCUAGCCUACGGACCUACUGUU
((((((..((((....)))).....((((((((((.(..((.((((.........((.((((.....)))).))...........))))))..)))).)))))))...)))))).. (-28.24 = -28.92 +   0.69)

alignment

secondary structure

dotplot

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