Locus 4918

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	16,067,361 – 16,067,502
Length	141
Max. P	0.784107

overview

Window 7

Location	16,067,361 – 16,067,481
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.67
Mean single sequence MFE	-44.14
Consensus MFE	-36.44
Energy contribution	-38.72
Covariance contribution	2.28
Combinations/Pair	1.02
Mean z-score	-1.59
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.57
SVM RNA-class probability	0.784107
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16067361 120 - 20766785
AGGAUGAACUGAGGGGUCAGGUUCAGUGCAUUUCACACUGUCGACAGUGUGUCGCGACUUCAGCAUCCUGGCGACGGGAUCCUGGAAUGCAGAGAGGCUCCAAGGAUCAUUCAGCAAGUG
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>DroSec_CAF1 121184 120 - 1
AGGAUGAACUGAGGGGUCAGGUUCAGAGCAUUCCACACUGUCGACAGUGUGUCGCGACUUCAGCAUCCUGGCGACGGGAUCCUGGAAUGCAGAGAGGCUCCAAGGAUCAUUCAGCAAGUG
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>DroSim_CAF1 125037 120 - 1
AGGAUGAACUGAGGGGUCAGGUUCAGAGCAUUCCACACUGUCGACAGUGUGUCGCGACUUCAGCAUCCUGGCGACGGGAUCCUGGAAUGCAGAGAGGAUCCAAGGAUCAUUCAGCAAGUG
.((((((.((...(((((...(((...(((((((((((((....))))))).........(((.((((((....)))))).))))))))).)))..)))))..)).))))))........ ( -47.80)
>DroEre_CAF1 127955 120 - 1
AGGAUAAACUGGAGGGUCAGGUUCAGUGCAUUCCACUCUGUCGUCAGUGUGUCGCGACUUCAGCAUCCUGCCGACGGGAUCCUGGAAUGCAGAGCGGCUCCAAGGAUCAUGCAGCAAGUG
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>DroYak_CAF1 132575 120 - 1
AGGAUGAACUGAAGGGUCAGGUUCAGUGCAUUCCACUCUGUCGUCAGUGUGUCGCGACUUCAGCAUCCUGCCGACGGGAUCCUGUAAUGCAGCGAGGCUCCAAGGAUCAUGCAGCAAGUG
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>consensus
AGGAUGAACUGAGGGGUCAGGUUCAGUGCAUUCCACACUGUCGACAGUGUGUCGCGACUUCAGCAUCCUGGCGACGGGAUCCUGGAAUGCAGAGAGGCUCCAAGGAUCAUUCAGCAAGUG
.((((((.((..((((((...(((..((((((((((((((....))))))).........(((.((((((....)))))).))))))))))))).))))))..)).))))))........ (-36.44 = -38.72 +   2.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	16,067,401 – 16,067,502
Length	101
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.54
Mean single sequence MFE	-34.76
Consensus MFE	-27.22
Energy contribution	-28.06
Covariance contribution	0.84
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.59
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.19
SVM RNA-class probability	0.624823
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16067401 101 + 20766785
AUCCCGUCGCCAGGAUGCUGAAGUCGCGACACACUGUCGACAGUGUGAAAUGCACUGAACCUGACCCCUCAGUUCAUCCUGGCUCUCAUUCGG--AUUAUA----CG-------------
...(((..(((((((((((((.(((.((((.....)))).((((((.....)))))).....)))...))))..))))))))).......)))--......----..------------- ( -37.00)
>DroSec_CAF1 121224 110 + 1
AUCCCGUCGCCAGGAUGCUGAAGUCGCGACACACUGUCGACAGUGUGGAAUGCUCUGAACCUGACCCCUCAGUUCAUCCUGGCUCUCAUUCGGAGAUUAGAGGCACUCAU----------
.....((((((((((((((((.((((((.(((((((....)))))))...))).........)))...))))..)))))))))((((.....)))).....)))......---------- ( -39.30)
>DroSim_CAF1 125077 105 + 1
AUCCCGUCGCCAGGAUGCUGAAGUCGCGACACACUGUCGACAGUGUGGAAUGCUCUGAACCUGACCCCUCAGUUCAUCCUGGCUCUCAUUCGG--AUUAGAGGCACG-------------
.....((((((((((((((((.((((((.(((((((....)))))))...))).........)))...))))..)))))))))......((..--....)))))...------------- ( -36.10)
>DroEre_CAF1 127995 118 + 1
AUCCCGUCGGCAGGAUGCUGAAGUCGCGACACACUGACGACAGAGUGGAAUGCACUGAACCUGACCCUCCAGUUUAUCCUGGCUCUCAUUCGG--AUUACAUCCACUCAUAUACAUAGUA
.....((((.(((..((.((......)).))..))).)))).(((((((.((..(((((..(((....((((......))))...))))))))--....)))))))))............ ( -31.20)
>DroYak_CAF1 132615 112 + 1
AUCCCGUCGGCAGGAUGCUGAAGUCGCGACACACUGACGACAGAGUGGAAUGCACUGAACCUGACCCUUCAGUUCAUCCUGGCUCUCAUUCGG--AUUACAGGCACUCAUAUGC------
.....((((.(((..((.((......)).))..))).)))).(((((..(((.((((((........)))))).)))((((..(((.....))--)...)))))))))......------ ( -30.20)
>consensus
AUCCCGUCGCCAGGAUGCUGAAGUCGCGACACACUGUCGACAGUGUGGAAUGCACUGAACCUGACCCCUCAGUUCAUCCUGGCUCUCAUUCGG__AUUACAGGCACUCAU__________
...(((..(((((((((((((.((((((.(((((((....)))))))...))).........)))...))))..))))))))).......)))........................... (-27.22 = -28.06 +   0.84)

alignment

secondary structure

dotplot

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