Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,066,409 – 16,066,569 |
Length | 160 |
Max. P | 0.996994 |
Location | 16,066,409 – 16,066,529 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.28 |
Mean single sequence MFE | -43.22 |
Consensus MFE | -38.84 |
Energy contribution | -38.65 |
Covariance contribution | -0.19 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -2.49 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 2.78 |
SVM RNA-class probability | 0.996994 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 16066409 120 - 20766785 CCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUUCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACCACUUGGAUUACCUCAAGGAGCAGGUGACGGCCAUGGAAAG (((((...((((((......((((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).)))))))))))))))....(((((......)))))..))))))...))...))).... ( -45.40) >DroPse_CAF1 141325 120 - 1 CUCUCAGAAUCUUCAGAAGAUGAGCUUGAUCCUGCAGCACGUUGGCUAUCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGCGUCAAUCAUUUGGAUUACCUCAAGGAGCAGGUGACGGCCAUGGAAAG ((((..((...((((((.((((((((.(.(((((((.(((((((((.....)).))))))).))))))))))).)).))).)))))).....))..))))..(((....)))........ ( -36.30) >DroSim_CAF1 124042 120 - 1 CCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACCACUUGGAUUACCUCAAGGAGCAGGUGACGGCCAUGGAAAG (((((...((((((......((((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).)))))))))))))))....(((((......)))))..))))))...))...))).... ( -48.30) >DroEre_CAF1 126895 120 - 1 CCACCAGAAUUUGCAGAAGAUGACACUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGAUAGUGUCAACCACUUGGAUUACCUCAAGGAGCAGGUGACGGCCAUGGAAAG (((((...((((((......((((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).)))))))))))))))....(((((......)))))..))))))...))...))).... ( -44.30) >DroYak_CAF1 131428 120 - 1 CCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACCACCUGGAUUACCUCAAGGAGCAGGUGACAGCCAUGGAAAG ...(((....(((.......((((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).)))))))))))))))..((((((.....((....))..)))))).)))...))).... ( -46.60) >DroPer_CAF1 134990 120 - 1 CUCUCAGAAUCUUCAGAAGAUGAGCCUGAUCCUGCAGCACGUUGGCUAUCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGCGUCAAUCAUUUGGAUUACCUCAAGGAGCAGGUGACGGCCAUGGAAAG ((((..((...((((((.(((..(((((.(((((((.(((((((((.....)).))))))).)))))))))).))..))).)))))).....))..))))..(((....)))........ ( -38.40) >consensus CCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACCACUUGGAUUACCUCAAGGAGCAGGUGACGGCCAUGGAAAG ........((((.....))))(((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).))))))))))))))..(((..(((.((((((........))))))...)))))).... (-38.84 = -38.65 + -0.19)
Location | 16,066,449 – 16,066,569 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 90.50 |
Mean single sequence MFE | -41.40 |
Consensus MFE | -32.80 |
Energy contribution | -32.83 |
Covariance contribution | 0.03 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -2.18 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | -0.08 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 16066449 120 - 20766785 UGAAGAACUUCACCCAAGUGGACGUGGUCUCGGAUUACAGCCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUUCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACC .......((((......((((..((((((...))))))..))))(((...)))..)))).((((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).)))))))))))))))... ( -43.00) >DroPse_CAF1 141365 120 - 1 UGAAGAACUUUACUCAGGUCGAUGUCGUGUCGGAUUAUAGCUCUCAGAAUCUUCAGAAGAUGAGCUUGAUCCUGCAGCACGUUGGCUAUCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGCGUCAAUC ..........((((..(((((((((..(((.((((((.(((((.....((((.....))))))))))))))).)))..)))))))))...)))).(((.((((((......))))))))) ( -36.40) >DroSim_CAF1 124082 120 - 1 UGAAGAACUUCACCCAAGUGGACGUGGUCUCGGAUUACAGCCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACC .......((((......((((..((((((...))))))..))))(((...)))..)))).((((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).)))))))))))))))... ( -45.90) >DroEre_CAF1 126935 120 - 1 UGAAGAACUUCACCCAAGUUGACGUGGUCUCGGAUUAUAGCCACCAGAAUUUGCAGAAGAUGACACUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGAUAGUGUCAACC .......((((...((((((...(((((...........)))))...))))))..)))).((((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).)))))))))))))))... ( -42.60) >DroYak_CAF1 131468 120 - 1 UGAAGAACUUCACCCAAGUGGACGUGGUCUCGGAUUAUAGCCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACC .......((((......((((..((((((...))))))..))))(((...)))..)))).((((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).)))))))))))))))... ( -44.90) >DroPer_CAF1 135030 120 - 1 UGAAGAACUUUACUCAGGUCGAUGUCGUGUCGGAUUACAGCUCUCAGAAUCUUCAGAAGAUGAGCCUGAUCCUGCAGCACGUUGGCUAUCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGCGUCAAUC ((((((((((.....))))((((.....)))).................))))))...(((..(((((.(((((((.(((((((((.....)).))))))).)))))))))).))..))) ( -35.60) >consensus UGAAGAACUUCACCCAAGUGGACGUGGUCUCGGAUUACAGCCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACC .......((((..(((.(....).)))...((((((...........))))))..)))).((((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).)))))))))))))))... (-32.80 = -32.83 + 0.03)
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