Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,065,705 – 16,065,825 |
Length | 120 |
Max. P | 0.645912 |
Location | 16,065,705 – 16,065,825 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.72 |
Mean single sequence MFE | -40.20 |
Consensus MFE | -27.41 |
Energy contribution | -27.24 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.35 |
Mean z-score | -1.47 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.23 |
SVM RNA-class probability | 0.645912 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 16065705 120 + 20766785 UACAAAAAGCUGUGCGGUCGGCAUAAUGAUGUCCUUACUGGUGGCCAAGCUUAUGGGUCGUAUAUCCUGACUAUAGACAAGGGGUUGCUGCAGCUGAACAAUGGCAAUGUCAUUGUUCAU .......((((((((((((((.(((...(((.(((....(((......)))...))).))).))).))))))...(((.....))))).))))))((((((((((...)))))))))).. ( -37.50) >DroPse_CAF1 140585 120 + 1 GACAAAGAGCUGAGCCGAUGGCUCGAUGCGGUCCUGCCUUGCGGCCAGGACAAUGGGCUGGAUAUUGCCGCUGUAGACGAGUGGCUGCUGUAGCUGAAUCAGCGCAAUGUCGUUGUUCAU (((((....(((.((((..(((..(((...)))..)))...)))))))((((.((.(((((.....((((((.......)))))).((....))....))))).)).)))).)))))... ( -44.50) >DroSim_CAF1 123341 120 + 1 UACAAAAAGCUGUGCCGUCGGCGUAAUGAUGUCCUUAUUGGUGGCCAAGCUUAUGGGUCGUAUAUUCUGACUAUAGACAAGGGGUUGCUGCAGCUGAACAAUGGCAAUGUCAUUGUUCAU .......((((((((.(((((.(((...(((.(((....(((......)))...))).))).))).)))))....(((.....))))).))))))((((((((((...)))))))))).. ( -35.80) >DroEre_CAF1 126192 120 + 1 UACAAAAAGCUGGGCAGUCGGCAUUACGACGUCUUGAUUGGUGGCCAAGCUAAUGGGUCGUAUAUCCUGGCUAUAGACAAGGGGUUGCUGCAGCUGAACAAUGGCAAUAUCAUUGUUCAU .......(((((((((((((......)))).(((((.((.(((((((.......((((.....))))))))))).)))))))...)))).)))))(((((((((.....))))))))).. ( -40.61) >DroYak_CAF1 130732 120 + 1 UACAAAAAGCUGGGCAGUAGGCAUUACGGUGUCCUGAUUGGUGGCCAAGCUAAUGGGUCGUAUAUCCUGGCUAUAGACAAGGGGUUGCUGCAGCUGAACAAUGGCAAUAUCAUUGUUCAU .......((((..(((((((((((....))))(((.....(((((((.......((((.....))))))))))).....)))..)))))))))))(((((((((.....))))))))).. ( -36.71) >DroPer_CAF1 134250 120 + 1 GACAAAGAGCUGAGCCGAUGGCUGGAUGCGGUCCUGCUUUGCGGCCAGGACAAUGGGCUGGAUAUUGCCGCUGUAGACGAGUGGCUGCUGCAGCUGAAUCAGCGCAAUGUCGUUGUUCAU (((((....(((.((((..(((.((((...)))).)))...)))))))((((.((.(((((.....((((((.......)))))).((....))....))))).)).)))).)))))... ( -46.10) >consensus UACAAAAAGCUGAGCCGUCGGCAUAAUGAUGUCCUGAUUGGUGGCCAAGCUAAUGGGUCGUAUAUCCUGGCUAUAGACAAGGGGUUGCUGCAGCUGAACAAUGGCAAUGUCAUUGUUCAU .......(((((.......(((((....))))).......((((((.........(((((.......)))))..........))))))..)))))((((((((((...)))))))))).. (-27.41 = -27.24 + -0.16)
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