Locus 4914

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	16,064,213 – 16,064,435
Length	222
Max. P	0.565503

overview

Window 0

Location	16,064,213 – 16,064,322
Length	109
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.82
Mean single sequence MFE	-34.92
Consensus MFE	-25.33
Energy contribution	-24.92
Covariance contribution	-0.41
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.11
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	0.06
SVM RNA-class probability	0.561908
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16064213 109 + 20766785
UUUCACAUCAUUCAGCGAACU-----------CCAUCACCUACGGAUGGUACUGUCCAUCUUCGAUCUCUCCAUGCUCAGAUUGAGCGGCCAGCGCCAGACGCUGUGCCUCCUGUUGGCG
..............((.(((.-----------...........((((((......)))))).............((((.....))))((((((((.....))))).)))....))).)). ( -31.60)
>DroSec_CAF1 117837 109 + 1
UUUCACAUCAUUCAGCGAACU-----------GCAUCUCCUACGGAUGGUACUGUCCAUCUUCGAUCUCUCCAUGCUCGGAUUGGGCGGCCAGUGCCAGACGCUGUGCCUCCUGUUGCCG
............(((((....-----------((((......((..((((((((.((...((((((((..........)))))))).)).))))))))..))..))))....)))))... ( -28.20)
>DroSim_CAF1 121849 109 + 1
UUUCACAUCAUUCAGCGAACU-----------GCAUCUCCUACGGAUGGUACUGUCCAUCUUCGAUCUCUCCAUGCUCGGACUGGGCGGCCAGUGCCAGACGCUGUGCCUCCUGUUGCCG
..............((((...-----------.(((((.....))))).....(((((..(((((.(.......).))))).)))))((((((((.....))))).))).....)))).. ( -27.90)
>DroEre_CAF1 124690 120 + 1
UUUCAUAUCAUUCAGCAGACUGGCUCAGCACAGCACCUCUUAUGGAUGGUACUGACCAUCCUCGAUCUCUCCAUGCUCGGACUGGGCGGCCAGUGCCAGACGCUGUGCCUCCUGUUGGCG
...........(((((((...(((.((((......((......)).((((((((.((..((((((.(.......).))))...))..)).))))))))...)))).)))..))))))).. ( -43.30)
>DroYak_CAF1 129229 120 + 1
UUUCAUAUCAUUCAGCAGACUGUUUCGGCACAGCACCUCUUAUGGAUGGUACUGACCAUCCUCGAUCCCUCCAUGCUCGGAUUGAGCGGCCAGUGCCAGACGCUGUGCCUCCUGUUGGCG
...........(((((((........((((((((.((......)).((((((((.((...((((((((..........)))))))).)).))))))))...))))))))..))))))).. ( -47.60)
>DroPer_CAF1 132708 99 + 1
UU--AAUACUUGCAGAG---U----------------GCUCAAGGAUGAUACUGUCCAUCCUCCACCUCUCCAUGCUCCGACUGGGCAGCUAGAGCCAGGCGCUGCGCCUCCUGCUGGGC
..--....((.((((.(---.----------------((((.((((((........))))))...........(((((.....)))))....)))))(((((...))))).)))).)).. ( -30.90)
>consensus
UUUCACAUCAUUCAGCGAACU___________GCAUCUCCUACGGAUGGUACUGUCCAUCCUCGAUCUCUCCAUGCUCGGACUGGGCGGCCAGUGCCAGACGCUGUGCCUCCUGUUGGCG
............(((((..........................((((((......)))))).............((((.....))))((((((((.....))))).)))...)))))... (-25.33 = -24.92 +  -0.41)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	16,064,322 – 16,064,435
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.41
Mean single sequence MFE	-52.02
Consensus MFE	-37.17
Energy contribution	-36.12
Covariance contribution	-1.05
Combinations/Pair	1.34
Mean z-score	-1.49
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.06
SVM RNA-class probability	0.565503
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16064322 113 + 20766785
UCCAAUGGCCGCGUGCUCGGCAGCGAUCCGCUCGAAGGCGCUCAGGUGCUUCUGGGUGGCAUGUGCAACGGCGGCGCUGGCAUGGGGGGCAUUUGCUAGUGCCUACAAAG-------UUG
((((...((((((((((..(((.((..(((((((.((((((....)))))).)))))))..)))))...))).)))).))).))))(((((((....)))))))......-------... ( -47.90)
>DroPse_CAF1 139142 119 + 1
UCCGAUGGCCGCAUGCUCUGCUGCGAUGCGCUCGAAGUCACUCAGAUGCUUCUGAGUGGCAUGGGCCACAGCGGCGCUAGCGUGUGGAGCAGCUGCUUGAGACUGCAGGG-GGAAUGGAA
((((....(((((((((.((((((..((.(((((..((((((((((....)))))))))).)))))))..))))))..))))))))).((((((.....)).))))....-....)))). ( -57.50)
>DroSec_CAF1 117946 113 + 1
UCCAAUGGCCGCGUGCUCGGCAGCGAUCCGCUCGAAGGCGCUCAGGUGCUUCUGGGUGGCAUGUGCAACGGCGGCGCUGGUAUGGGGGGCAUUAGCCAGUGCCUACAAAG-------UUG
..((((.((((..((((((....))).(((((((.((((((....)))))).))))))).....))).))))((((((((((((.....)))..)))))))))......)-------))) ( -46.40)
>DroEre_CAF1 124810 113 + 1
UCCAAUGGCCGCGUGCUCGGCGGCGAUCCGCUCGAAGGCGCUCAGAUGCUUCUGGGUGGCAUGUGCAACGGCGGCGCUGGCAUGCGGAGCAUUUUCUAGUGCCUACAGAG-------GUG
.((..((((((..((((((((((....)))).))).(.((((((((....)))))))).)....))).))))((((((((.((((...))))...))))))))..))..)-------).. ( -50.10)
>DroYak_CAF1 129349 114 + 1
UCCAAUGGCCGCGUGCUCGGCGGCGAUCCGCUCGAAGGCGCUCAGGUGCUUCUGGGUGGCAUGUGCAACGGCGGCGCUGGCAUGCGGAGCAUUAUCUAGUGCCUACAUAG-G-----GUG
(((.(((.((((((((.(((((.(...(((((((.((((((....)))))).))))))).....((....))).))))))))))))).(((((....)))))...))).)-)-----).. ( -52.70)
>DroPer_CAF1 132807 120 + 1
UCCGAUGGCCGCAUGCUCUGCUGCGAUGCGCUCGAAGUCACUCAGAUGCUUCUGAGUGGCAUGGGCCACAGCGGCGCUAGCGUGUGGGGCAGCUGCUUGAGACUGCAGGGGGGAAUGGAA
((((....(((((((((.((((((..((.(((((..((((((((((....)))))))))).)))))))..))))))..))))))))).((((((.....)).)))).........)))). ( -57.50)
>consensus
UCCAAUGGCCGCGUGCUCGGCAGCGAUCCGCUCGAAGGCGCUCAGAUGCUUCUGGGUGGCAUGUGCAACGGCGGCGCUGGCAUGCGGAGCAUUUGCUAGUGCCUACAGAG_______GUG
...((((.(((((((((....((((..(((((......((((((((....))))))))((....))...))))))))))))))))))..))))........................... (-37.17 = -36.12 +  -1.05)

alignment

secondary structure

dotplot

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