Locus 4891

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 15,988,755 – 15,988,871
Length 116
Max. P 0.546085
window7842

overview

Window 2

Location 15,988,755 – 15,988,871
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.56
Mean single sequence MFE -46.15
Consensus MFE -33.66
Energy contribution -34.13
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.546085
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15988755 116 + 20766785
AACAUCUACUCGCAGGUAAAUGUUAUGAUGGACGACGAGAUUCUGGCCGACUUGCAGGCGGCCACAGCAUCCGGCAGAAGCUAUGUGGCUGGAGCCGUGGUCGACAAUGUGGGCGG----
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>DroPse_CAF1 49327 120 + 1
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>DroGri_CAF1 139009 116 + 1
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>DroWil_CAF1 216039 120 + 1
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>DroAna_CAF1 45343 116 + 1
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>DroPer_CAF1 49799 120 + 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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