| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 15,782,080 – 15,782,200 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.704659 |
| Location | 15,782,080 – 15,782,200 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.61 |
| Mean single sequence MFE | -40.40 |
| Consensus MFE | -30.60 |
| Energy contribution | -30.37 |
| Covariance contribution | -0.24 |
| Combinations/Pair | 1.46 |
| Mean z-score | -1.15 |
| Structure conservation index | 0.76 |
| SVM decision value | 0.36 |
| SVM RNA-class probability | 0.704659 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 15782080 120 + 20766785 GACACGUGCAUUGUGGCGGAGGUGACGAACUUUCUGCAAAUCCGUUUUCCUGACAUCAAGCUGCACAACGAGUUCAGCAUUUACGUGACUUACGAACUGCCCACGAAGUAUGUGCAGCAA (.(((((((.(((((((((((((.(((................(((.....))).....((((.((.....)).)))).....))).)))).....))).)))))).))))))))..... ( -33.80) >DroGri_CAF1 6309 120 + 1 GAUGAUUGCAAUGUGGCAGAGGUGACAGCAUUUCUGGUCCAGCAUAUUCCAAACACUCAUCUCGAGAGCAUUGUGGGCUCUGAGAUAACCUAUCGCCUGCCGGCUGAGCAUAUGGACGCA ......(((.((((((((((((((....))))))))..))).)))..((((....((((((((.(((((.......))))))))))........(((....))).)))....)))).))) ( -37.10) >DroSec_CAF1 5331 120 + 1 GACACGUGCUAUGUGGCGGAGGUGACGAACUUUCUGCAGAUCCGUUUUCCGGACAUCAAGCUGCACAACGAGUUCAGCAUUUAUGUGACUUACGAGCUGCCCACGAAGCAUGUGGCGCAA ..((((((((.((((((((..((((.((((((..(((((.((((.....)))).......)))))....))))))..(((....)))..))))...))).))))).))))))))...... ( -40.50) >DroSim_CAF1 5330 120 + 1 GACACGUGCUUUGUGGCGGAGGUGACGAACUUUCUGCAGAUCCGUUUUCCGGACAUCAAGCUGCACAACGAGUUCAGCAUUUACGUGACCUACGAGCUGCCCACCAAGCAUGUGGCGCAA ..(((((((((.(((((((((((.(((...........((((((.....))))..))..((((.((.....)).)))).....))).)))).....))).)))).)))))))))...... ( -42.60) >DroEre_CAF1 5357 120 + 1 GAUACAUGCUGGGUGGCGGAGGUGACGCACUUUCUGCAGACCCGUUUUCCGGACAUCAGGCUGCAAAACGAGUUCGGCAUUUACGUGACUUACGAGCUGCCCACCAAGCAUGUGCAGCGA (.((((((((.((((((((..((((..(((....(((.(((.((((((.(((........))).)))))).)))..))).....)))..))))...))).))))).)))))))))..... ( -41.60) >DroYak_CAF1 5366 120 + 1 GACACGUGCUGGGUGGCGGAGGUGACGCACUUUCUGCAGACCCGUUUUCCGGACAUCAGGCUGCAGAACGAGUUCAGCAUCUACGUGACCUACGAGCUGCCCACCAAGCAUGUGCAUCAA (.((((((((.(((((((((((((..(.(((((((((((.((.(((.....)))....)))))))))..)))).)..))))).((((...))))..))).))))).)))))))))..... ( -46.80) >consensus GACACGUGCUAUGUGGCGGAGGUGACGAACUUUCUGCAGAUCCGUUUUCCGGACAUCAAGCUGCACAACGAGUUCAGCAUUUACGUGACCUACGAGCUGCCCACCAAGCAUGUGCAGCAA ..((((((((.(((((((((((((..((((((..(((((....(((.....)))......)))))....))))))..))))).((((...))))..))))).))).))))))))...... (-30.60 = -30.37 + -0.24)
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