Locus 4752

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 15,626,925 – 15,627,045
Length 120
Max. P 0.910042
window7646

overview

Window 6

Location 15,626,925 – 15,627,045
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.44
Mean single sequence MFE -58.78
Consensus MFE -31.90
Energy contribution -33.32
Covariance contribution 1.42
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -2.33
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 1.07
SVM RNA-class probability 0.910042
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15626925 120 + 20766785
UGGCGGAGGCGGCCGGCCGCCUGGAUCUGCAGUGCAGCCAGGAGCUCCUGCAUGCCAGUGAACUGGCACCGGGACUCUUCCGGCAACUGCAGAAGCUCUCGGAGCUGCGAAUCGAUGCCU
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>DroPse_CAF1 470068 120 + 1
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>DroGri_CAF1 521580 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 658702 120 + 1
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>DroAna_CAF1 393533 120 + 1
UGGCCGAGACGGCCAGCCGGCUGGAGGUCCAGUGCAGCCAGGAGCUGCUUCAUGCCAGCGAACUGGCCCCCGGACUGUUCCGCAGCCUGCAGAAGCUGUCGGACUUGCAGCUGGAUGCCU
((((((...)))))).(((((((.((((((...(((((..((.(((((.....(((((....)))))....(((....))))))))))......))))).)))))).)))))))...... ( -58.20)
>DroPer_CAF1 429266 120 + 1
UGGCCGAGACGGCCAACCGCCUGGAGCUGCAGUGUAGCCAGGAUCUGUUGCACGCCAGCGAGCUCUCCGCGGGCCUCUUCGGCCGCCUGCAAAAGCUGGAAGAGCUGCAGGUGGACGCCU
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>consensus
UGGCCGAGACGGCCAACCGCCUGGAGCUGCAGUGCAGCCAGGAUCUGCUGCACGCCAGCGAGCUGGCCCCCGGCCUCUUCCGCAACCUGCAAAAGCUGGCAGAGCUGCAGGUGGACGCCU
((((((...)))))).(((((((.((((((.(((((((........)))))))))((((((((((.....))).)))....((.....))....))))....)))).)))))))...... (-31.90 = -33.32 +   1.42)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:28:30 2006