| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 15,553,500 – 15,553,617 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.861336 |
| Location | 15,553,500 – 15,553,617 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 118 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 77.89 |
| Mean single sequence MFE | -37.73 |
| Consensus MFE | -29.05 |
| Energy contribution | -28.62 |
| Covariance contribution | -0.44 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -1.37 |
| Structure conservation index | 0.77 |
| SVM decision value | 0.83 |
| SVM RNA-class probability | 0.861336 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 15553500 117 - 20766785 -GUAUCGCUCUGGUCGACGGCUUGAUUGUUUUUGGGGUUUGACCCAUUUACGGGAAUGCAAAACAAAAGCGAGGCAGGUCAAGCACGGCCACACGAUAUCGCAGAACCUGCAGCUCCA -((((((...((((((...(((((((((((((((...((((.(((......)))....)))).))))))))......))))))).))))))..)))))).((((...))))....... ( -38.70) >DroGri_CAF1 426307 99 - 1 -GGAUGGCACAGUUCGUC-UCUUGAUUGUUUUUGGGGCUUGACCCAUUUGUGCAAAUGCAAAACAAAAGCGACUGAAGCCAAUAACGAGUCCACAAUCCCA----------------- -(((((((.(((((.(((-....))).((((((((((.....))).(((((......))))).))))))))))))..))))........))).........----------------- ( -24.20) >DroSec_CAF1 347108 113 - 1 -GUAUCGCUCUGGUCGACGGCUUGAUUGUUUUUGGGGUUUGACCCAUUUGCGGGAAUGCAAAACAAAAGCGAG----GUCAAGCCCGGCCACACGAUAUCGCAGAACUUGCAGCUCCA -((((((...((((((..(((((((((((((((((((.....))).((((((....)))))).))))))))..----))))))))))))))..)))))).((((...))))....... ( -43.60) >DroEre_CAF1 335068 117 - 1 -GUAUCGCUCGGGUCGUCGGCUUGAUUGUUUUUGGGGUUUGACCCAUUUGCGGGAAUGCAAAACAAAAGCGAGGCAGGUCAAGCCCGGCCACACGAUAUCGCCGAGCUGGCCGCUCCA -((((((....(((((..(((((((((((((((((((.....))).((((((....)))))).))))))))......)))))))))))))...))))))....((((.....)))).. ( -44.20) >DroYak_CAF1 346453 117 - 1 -GUAUCGCUCUGGUCGUCGGCUUGAUUGUUUUUGGGGUUUGACCCAUUUGCGGGAAUGCAAAACAAAAGCGUGGCAGGUCAAGCCCGGCCACACGAUAUCGCAGAACUGGCCGCUCCA -((((((...((((((..(((((((((((((((((((.....))).((((((....)))))).))))))))......))))))))))))))..)))))).((.(......).)).... ( -40.50) >DroAna_CAF1 322362 106 - 1 CGUGUCUGUCGGCCUGUC-GCUUGAUUGUUUUUGGGGUUUGACCCAUUUGCGGGAAUGCAAAACAAAAGCGAGUCAGGUCAA--CCGUCCACAGAACAUAGC---------AACGCCA .((((((((.(((.....-((((((((((((((((((.....))).((((((....)))))).))))))).))))))))...--..))).)))).))))...---------....... ( -35.20) >consensus _GUAUCGCUCUGGUCGUCGGCUUGAUUGUUUUUGGGGUUUGACCCAUUUGCGGGAAUGCAAAACAAAAGCGAGGCAGGUCAAGCCCGGCCACACGAUAUCGCAGAACU_GCAGCUCCA .((((((....(((((...((((((((((((((((((.....))).((((((....)))))).))))))))......))))))).)))))...))))))................... (-29.05 = -28.62 + -0.44)
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