Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,498,929 – 15,499,070 |
Length | 141 |
Max. P | 0.999761 |
Location | 15,498,929 – 15,499,031 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 5 |
Columns | 105 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.92 |
Mean single sequence MFE | -35.20 |
Consensus MFE | -25.04 |
Energy contribution | -25.76 |
Covariance contribution | 0.72 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -2.96 |
Structure conservation index | 0.71 |
SVM decision value | 1.13 |
SVM RNA-class probability | 0.919074 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 15498929 102 + 20766785 AAGGACCAGGCAUAGGGCUUUUCUCCCAGUGUUGCAUCGGUGUA---GCAAGGCGAGAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCAAAACUCCUAAUGCCUGGGCUCUAA .(((.((((((((.(((((((((((((..(((((((....))))---))).)).)))))............))))))((........)).))))))))..))).. ( -36.90) >DroSec_CAF1 291631 102 + 1 AAGACUCAGGCAUAGGGCUUUUCUUUCAGUGCUGCAUCGGUGUA---GCAAGGCGAAAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCUGGGCUCUAA .(((((((((((..(((((.......(..(((((((....))))---)))..)(((((((.....))))))))))))((........))..)))))))).))).. ( -36.30) >DroSim_CAF1 270569 102 + 1 AAGACUCAGGCAUAGAGCUUUUCUCCCAGUGUUGCAUCGGUGUA---GCAAGGCGAAAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCUGGGCUCUAA .((((((((((((((((((...(((((..(((((((....))))---))).)).((((((.....)))))))))...))))......))).)))))))).))).. ( -32.00) >DroEre_CAF1 279725 102 + 1 AAGACGCAGGCAUAGGGCUUUUCUCUCAGUGUUGCAUCGGUGUA---GCGUGGCGAGAAUUUAAAAUUUUCGGGCCCAGCAACACUGCUAAUGCCUGGGCUCUAA .((((.(((((((.(((((((((((.(..(((((((....))))---)))..).)))))............))))))((((....)))).))))))).).))).. ( -39.00) >DroYak_CAF1 289782 104 + 1 AAGACGCAGGCAUAGGGCUUUUCUUUCAGUGUUGCAUCG-UGUAGCAGCAAGGCCAGAAUUUAUAAUUUUCGGGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCAGGGCUCUAA .(((.((.(((((((((.............(((((....-.)))))(((..((((.(((.........))).))))..)))....))))).))))...))))).. ( -31.80) >consensus AAGACGCAGGCAUAGGGCUUUUCUCUCAGUGUUGCAUCGGUGUA___GCAAGGCGAGAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCUGGGCUCUAA .(((((((((((..((((((........((.((((............)))).))((((((.....))))))))))))((........))..)))))))).))).. (-25.04 = -25.76 + 0.72)
Location | 15,498,962 – 15,499,070 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 5 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.22 |
Mean single sequence MFE | -34.70 |
Consensus MFE | -29.58 |
Energy contribution | -29.94 |
Covariance contribution | 0.36 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -3.95 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 4.02 |
SVM RNA-class probability | 0.999761 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 15498962 108 + 20766785 GCAUCGGUGUA---GCAAGGCGAGAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCAAAACUCCUAAUGCCUGGGCUCUAAAAUUAUUAAAUUUCGACUUAAGUUGAGAUUUAUACGAUG .(((((.....---.......((((((.....))))))((((((((((..........)).)))))))).........(((((((((((....)))))))))))..))))) ( -33.50) >DroSec_CAF1 291664 108 + 1 GCAUCGGUGUA---GCAAGGCGAAAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCUGGGCUCUAAAAUUAUUAAAUUUCGACUUAAGUUGAGAUUUAUACGAUG .(((((.....---.................((((((.((((((((.(((.......))).)))))))).))))))..(((((((((((....)))))))))))..))))) ( -33.20) >DroSim_CAF1 270602 108 + 1 GCAUCGGUGUA---GCAAGGCGAAAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCUGGGCUCUAAAAUUAUUAAAUUUCGACUUAAGUUGAGAUUUAUACGAUG .(((((.....---.................((((((.((((((((.(((.......))).)))))))).))))))..(((((((((((....)))))))))))..))))) ( -33.20) >DroEre_CAF1 279758 108 + 1 GCAUCGGUGUA---GCGUGGCGAGAAUUUAAAAUUUUCGGGCCCAGCAACACUGCUAAUGCCUGGGCUCUAAAAUUAUUAAAUUUCGCCUUAAGUUGAGAUUUAUACGAUG .(((((...((---((..(((((((.(((((((((((.((((((((((..........)).)))))))).)))))).))))))))))))....)))).........))))) ( -35.60) >DroYak_CAF1 289815 110 + 1 GCAUCG-UGUAGCAGCAAGGCCAGAAUUUAUAAUUUUCGGGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCAGGGCUCUAAAAUUAUUAAAUUUCGCCUUAAGUUGAGAUUUAUACGAUG .(((((-((((((((((((((..((((((((((((((.((((((.((............))..)))))).))))))).))))))).)))))..))))....)))))))))) ( -38.00) >consensus GCAUCGGUGUA___GCAAGGCGAGAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCUGGGCUCUAAAAUUAUUAAAUUUCGACUUAAGUUGAGAUUUAUACGAUG .(((((.........................((((((.(((((((((............).)))))))).))))))..(((((((((((....)))))))))))..))))) (-29.58 = -29.94 + 0.36)
Location | 15,498,962 – 15,499,070 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 5 |
Columns | 111 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.22 |
Mean single sequence MFE | -28.23 |
Consensus MFE | -21.40 |
Energy contribution | -22.60 |
Covariance contribution | 1.20 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -2.55 |
Structure conservation index | 0.76 |
SVM decision value | 1.13 |
SVM RNA-class probability | 0.919379 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 15498962 108 - 20766785 CAUCGUAUAAAUCUCAACUUAAGUCGAAAUUUAAUAAUUUUAGAGCCCAGGCAUUAGGAGUUUUGCUGGGCUCGAAAAUUUUAAAUUCUCGCCUUGC---UACACCGAUGC (((((..............((((.((((((((((.((((((.((((((((.((..........)))))))))).))))))))))))).))).)))).---.....))))). ( -28.65) >DroSec_CAF1 291664 108 - 1 CAUCGUAUAAAUCUCAACUUAAGUCGAAAUUUAAUAAUUUUAGAGCCCAGGCAAUAGGAGUUUAGCUGGGCUCGAAAAUUUUAAAUUUUCGCCUUGC---UACACCGAUGC (((((..............((((.((((((((((.((((((.((((((((...............)))))))).))))))))))).))))).)))).---.....))))). ( -26.81) >DroSim_CAF1 270602 108 - 1 CAUCGUAUAAAUCUCAACUUAAGUCGAAAUUUAAUAAUUUUAGAGCCCAGGCAAUAGGAGUUUAGCUGGGCUCGAAAAUUUUAAAUUUUCGCCUUGC---UACACCGAUGC (((((..............((((.((((((((((.((((((.((((((((...............)))))))).))))))))))).))))).)))).---.....))))). ( -26.81) >DroEre_CAF1 279758 108 - 1 CAUCGUAUAAAUCUCAACUUAAGGCGAAAUUUAAUAAUUUUAGAGCCCAGGCAUUAGCAGUGUUGCUGGGCCCGAAAAUUUUAAAUUCUCGCCACGC---UACACCGAUGC (((((..(((........))).((((((((((((.((((((.(.((((((((((.....))))..)))))).).))))))))))))).)))))....---.....))))). ( -31.20) >DroYak_CAF1 289815 110 - 1 CAUCGUAUAAAUCUCAACUUAAGGCGAAAUUUAAUAAUUUUAGAGCCCUGGCAAUAGGAGUUUAGCUGGGCCCGAAAAUUAUAAAUUCUGGCCUUGCUGCUACA-CGAUGC ((((((.........(((((..(((((((((....))))))...)))(((....))))))))((((.(((((.(((.........))).))))).))))....)-))))). ( -27.70) >consensus CAUCGUAUAAAUCUCAACUUAAGUCGAAAUUUAAUAAUUUUAGAGCCCAGGCAAUAGGAGUUUAGCUGGGCUCGAAAAUUUUAAAUUCUCGCCUUGC___UACACCGAUGC (((((..............((((.((((((((((.((((((.((((((.(((............))))))))).))))))))))))).))).)))).........))))). (-21.40 = -22.60 + 1.20)
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