Locus 4684

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 15,326,036 – 15,326,316
Length 280
Max. P 0.909757
window7538 window7539 window7540 window7541 window7542

overview

Window 8

Location 15,326,036 – 15,326,151
Length 115
Sequences 5
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.76
Mean single sequence MFE -32.88
Consensus MFE -27.56
Energy contribution -27.88
Covariance contribution 0.32
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.48
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.53
SVM RNA-class probability 0.771021
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15326036 115 - 20766785
UCUGAAUAUGGACUUGGGAUG-GGUGAGACUGAUAUGUGAUAUUAGUUUGAUCUAUUGUGAUUUCAUGCAGGGCUGCAACGUUCUCUGGAAAAUGAAUAAGUCCGCAAGAGGCACC
.........(((((((.((((-(((.((((((((((...)))))))))).))))))).....(((((.(((((..((...)).)))))....))))))))))))((.....))... ( -32.40)
>DroSec_CAF1 132010 115 - 1
UCUGAAUAUGGACUCGGGAUG-GGUGAGACUGAUAUGUGAUAUUAGUUUGAUCUAUUGUGAUUUCAUGCAGGGAUGCAACGUUCUCUGGAAAAUGAAUAAGCCCGCAAAAGGCACC
......((((((.(((.((((-(((.((((((((((...)))))))))).))))))).))).))))))((((((........))))))............(((.......)))... ( -35.30)
>DroSim_CAF1 109771 116 - 1
UCUGAAUAUGGACUCGGGAUGGGGUGAGACUGAUAUGUGAUAUUAGUUUGAUCUAUUGUGAUUUCAUGCAGGGAUGCAACGUUCUCUGGAAAAUGAAUAAGCCCGCAAAAGGCACC
......((((((.(((.((((((.(.((((((((((...)))))))))).))))))).))).))))))((((((........))))))............(((.......)))... ( -31.50)
>DroEre_CAF1 118645 115 - 1
CCUGAAUAUGGACUGUGGAUG-GGUGAGACUGAUAUGCGAUAUUAGUUUGAUCUAUUGUGAUUUCAUGCAGGGAUGCAGCGUUCCCUGGAAAAUGUAAAAGCCCGCAAGAGGCAGC
((((..((((((.....((((-(((.((((((((((...)))))))))).))))))).....))))))))))..((((...(((....)))..))))...((((....).)))... ( -36.20)
>DroYak_CAF1 122715 115 - 1
UCUGAAUAUGGACUUGGUAUG-GGUGAGACUGAUAUGCGAUAUUAGUUUGAUCUAUUGUGAUUUCAUGCAGGGAUGCAACGUUCUCUGGAAAAUGUCUAAGCCCGCAAAAGGCAGC
........(((((.....(((-(((.((((((((((...)))))))))).))))))..........(.((((((........)))))).)....))))).(((.......)))... ( -29.00)
>consensus
UCUGAAUAUGGACUCGGGAUG_GGUGAGACUGAUAUGUGAUAUUAGUUUGAUCUAUUGUGAUUUCAUGCAGGGAUGCAACGUUCUCUGGAAAAUGAAUAAGCCCGCAAAAGGCACC
......((((((.(((.((((.(((.((((((((((...)))))))))).))))))).))).))))))((((((........))))))............(((.......)))... (-27.56 = -27.88 +   0.32)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 9

Location 15,326,072 – 15,326,178
Length 106
Sequences 6
Columns 109
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.36
Mean single sequence MFE -27.75
Consensus MFE -16.83
Energy contribution -17.82
Covariance contribution 0.99
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.71
SVM RNA-class probability 0.829539
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15326072 106 - 20766785
ACUUAUGUAC--AUAUAUGCGUGUGUUCGUCUGAAUAUGGACUUGGGAUG-GGUGAGACUGAUAUGUGAUAUUAGUUUGAUCUAUUGUGAUUUCAUGCAGGGCUGCAAC
.....(((((--.....((((((...((((((......))))..(.((((-(((.((((((((((...)))))))))).))))))).)))...))))))..).)))).. ( -29.90)
>DroPse_CAF1 158093 80 - 1
GUACGU----------GUACAUGUAUGUGUC------------------G-GGGGGUACUGAUAUGUGAUAUUAGUUUGAUCUAUUGUGAUUUCGUUCAGGGCUGCAAA
((((((----------....)))))).....------------------.-.(.((..((((...((.(((.(((......))).))).)).....))))..)).)... ( -16.00)
>DroSec_CAF1 132046 108 - 1
ACUUAUGUACAUAUAUAUGCGUGUGUUCGUCUGAAUAUGGACUCGGGAUG-GGUGAGACUGAUAUGUGAUAUUAGUUUGAUCUAUUGUGAUUUCAUGCAGGGAUGCAAC
((.((((((....)))))).))((((((..(((..((((((.(((.((((-(((.((((((((((...)))))))))).))))))).))).)))))))))))))))... ( -31.90)
>DroSim_CAF1 109807 109 - 1
ACUUAUGUACGAAUAUAUGCGUGUGUUCGUCUGAAUAUGGACUCGGGAUGGGGUGAGACUGAUAUGUGAUAUUAGUUUGAUCUAUUGUGAUUUCAUGCAGGGAUGCAAC
.....((((((((((((....))))))))((((..((((((.(((.((((((.(.((((((((((...)))))))))).))))))).))).))))))))))..)))).. ( -31.70)
>DroEre_CAF1 118681 98 - 1
AGUUGU----------GUGCGUGUGUUCGCCUGAAUAUGGACUGUGGAUG-GGUGAGACUGAUAUGCGAUAUUAGUUUGAUCUAUUGUGAUUUCAUGCAGGGAUGCAGC
.(((((----------((.(..((((((....))))))...((((.((((-(((.((((((((((...)))))))))).)))))))(((....)))))))).))))))) ( -30.00)
>DroYak_CAF1 122751 98 - 1
AUUCGU----------AUGCGUGUGUUCGUCUGAAUAUGGACUUGGUAUG-GGUGAGACUGAUAUGCGAUAUUAGUUUGAUCUAUUGUGAUUUCAUGCAGGGAUGCAAC
((((..----------.((((((...((((((......)))).....(((-(((.((((((((((...)))))))))).))))))...))...)))))).))))..... ( -27.00)
>consensus
ACUUAU__________AUGCGUGUGUUCGUCUGAAUAUGGACUCGGGAUG_GGUGAGACUGAUAUGUGAUAUUAGUUUGAUCUAUUGUGAUUUCAUGCAGGGAUGCAAC
.................((((((...((((((......)))).........(((.((((((((((...)))))))))).)))......))...)))))).......... (-16.83 = -17.82 +   0.99)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 0

Location 15,326,151 – 15,326,258
Length 107
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.92
Mean single sequence MFE -35.47
Consensus MFE -23.54
Energy contribution -25.07
Covariance contribution 1.53
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.49
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.43
SVM RNA-class probability 0.734169
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15326151 107 + 20766785
CGAACACA-CGCAUAUAU--GUAC----------AUAAGUGCGACGAAGGGCUUGUCAGCGGGCCAUCUUUGUCGCCGCGGGCUCAGACAGAGGAGUGCACUGAGGAAAAUAGCGUGUUA
.....(((-(((......--....----------....(((((((((((((((((....))))))..)))))))).)))(.((((........)))).).............)))))).. ( -37.90)
>DroSec_CAF1 132125 109 + 1
CGAACACA-CGCAUAUAUAUGUAC----------AUAAGUGCGACGAAGGGCUUGUCAGCGGGCCAUCUUUGUCGCCGCGGGCUCAGACAGAGGACUGCACUGGGAAAAAUAGCGUGUUA
.....(((-(((............----------....(.(((((((((((((((....))))))..))))))))))((((.(((.....)))..)))).............)))))).. ( -40.00)
>DroSim_CAF1 109887 109 + 1
CGAACACA-CGCAUAUAUUCGUAC----------AUAAGUGCGACGAAGGGCUUGUCAGCGGGCCAUCUUUGUCGCCGCGGGCUCAGACAGAGGACUGCACUGAGAAAAAUAGCGUGUUA
.....(((-(((.(((.(((....----------....(.(((((((((((((((....))))))..))))))))))((((.(((.....)))..)))).....)))..))))))))).. ( -40.10)
>DroEre_CAF1 118760 99 + 1
CGAACACA-CGCAC--------------------ACAACUGCGACGAAGGACUUGUCAGCGGGCCAUCGUUGUCGCCGCGGGCUCAGACACAGGACUGCACUGAGCGAAAAAACGCCUUG
........-.((..--------------------.(..(.(((((((.((.((((....))))))....))))))).)..)((((((...((....))..))))))........)).... ( -26.90)
>DroYak_CAF1 122830 99 + 1
CGAACACA-CGCAU--------------------ACGAAUGCGACGAAGGGCUUGUCAGCGGGCCAUCGCUGUCGCCGCGGGCUCAGACACAGGACGGCACUAAGAAAAAUAACGUGUUA
..(((((.-(((((--------------------....)))))..((..((((((....)))))).))(((((((((...))).(.......)))))))...............))))). ( -29.90)
>DroAna_CAF1 105846 116 + 1
--AACUCAUCGUAUAUAU--GGACUAUGUGUAGAGCUACUGCGACGAAGGGCUUGUCAACAGGCCAUCUUUGUCGCCGCGGGCACUGACACAUGCAGGCACUGAGAGAAAUUACUGAUCA
--..((((..((.....(--(...(((((((((.(((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))....))).)).))))))))).))..))))............... ( -38.00)
>consensus
CGAACACA_CGCAUAUAU__GUAC__________ACAAGUGCGACGAAGGGCUUGUCAGCGGGCCAUCUUUGUCGCCGCGGGCUCAGACACAGGACUGCACUGAGAAAAAUAACGUGUUA
..(((((.................................(((((((((((((((....))))))..))))))))).((((.((........)).))))...............))))). (-23.54 = -25.07 +   1.53)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 1

Location 15,326,178 – 15,326,294
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.66
Mean single sequence MFE -41.00
Consensus MFE -21.67
Energy contribution -22.58
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 1.07
SVM RNA-class probability 0.909757
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15326178 116 + 20766785
GCGACGAAGGGCUUGUCAGCGGGCCAUCUUUGUCGCCGCGGGCUCAGACAGAGGAGUGCACUGAGGAAAAUAGCGUGUUAGUUAGGCAUAAGCUGCAUGCUAUAUGU----UUAAGCAAA
(((((((((((((((....))))))..))))))))).(((.((((........)))).)..........(((((((((.((((.......)))))))))))))....----....))... ( -42.70)
>DroSec_CAF1 132154 115 + 1
GCGACGAAGGGCUUGUCAGCGGGCCAUCUUUGUCGCCGCGGGCUCAGACAGAGGACUGCACUGGGAAAAAUAGCGUGUUAGUU-GGAAUAAGCUGCAUGCUGUAUGU----UUGAGCAAA
(((((((((((((((....))))))..))))))))).....(((((((((.((.......)).......(((((((((.((((-......))))))))))))).)))----))))))... ( -48.70)
>DroSim_CAF1 109916 115 + 1
GCGACGAAGGGCUUGUCAGCGGGCCAUCUUUGUCGCCGCGGGCUCAGACAGAGGACUGCACUGAGAAAAAUAGCGUGUUAGUU-GUAAUAAGCUUCAUGCUGUAUGU----UUGAGCAAA
(((((((((((((((....))))))..))))))))).....(((((((((.((.......)).......((((((((..((((-......)))).)))))))).)))----))))))... ( -47.00)
>DroEre_CAF1 118779 112 + 1
GCGACGAAGGACUUGUCAGCGGGCCAUCGUUGUCGCCGCGGGCUCAGACACAGGACUGCACUGAGCGAAAAAACGCCUUGGUU-AGCA--A-----GUCCUGUAUGUGCGACUUUGGAGC
(((((((.((.((((....)))))).)))))))..(((.((.(.((.(.((((((((((((..((((......)).))..)).-.)).--)-----))))))).).)).).)).)))... ( -41.30)
>DroYak_CAF1 122849 115 + 1
GCGACGAAGGGCUUGUCAGCGGGCCAUCGCUGUCGCCGCGGGCUCAGACACAGGACGGCACUAAGAAAAAUAACGUGUUAGUU-GGCAUAAGCUCUGUGCUGUAUGU----UUCAAGAGA
((((((...((((((....)))))).....))))))......(((.((.(((..(((((((..((.....((((......)))-).......))..))))))).)))----.))..))). ( -37.00)
>DroAna_CAF1 105882 97 + 1
GCGACGAAGGGCUUGUCAACAGGCCAUCUUUGUCGCCGCGGGCACUGACACAUGCAGGCACUGAGAGAAAUUACUGAUCAUCU-AACGU-------UUACUAU---------UG------
(((((((((((((((....))))))..)))))))))(.(((((.(((.(....)))))).))).)..................-.....-------.......---------..------ ( -29.30)
>consensus
GCGACGAAGGGCUUGUCAGCGGGCCAUCUUUGUCGCCGCGGGCUCAGACACAGGACUGCACUGAGAAAAAUAACGUGUUAGUU_GGCAUAAGCU_CAUGCUGUAUGU____UUGAGCAAA
(((((((((((((((....))))))..))))))))).((((.((........)).))))............................................................. (-21.67 = -22.58 +   0.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 15,326,218 – 15,326,316
Length 98
Sequences 4
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.43
Mean single sequence MFE -26.26
Consensus MFE -18.09
Energy contribution -18.02
Covariance contribution -0.06
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.20
SVM RNA-class probability 0.631444
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15326218 98 + 20766785
GGCUCAGACAGAGGAGUGCACUGAGGAAAAUAGCGUGUUAGUUAGGCAUAAGCUGCAUGCUAUAUGUUUAAGCAAAUAUGUUUUUAAAAAAGUCCUCU------------------
.((((........)))).....(((((....((((((((.(((((((((((((.....))).))))))).))).))))))))..........))))).------------------ ( -25.14)
>DroSec_CAF1 132194 96 + 1
GGCUCAGACAGAGGACUGCACUGGGAAAAAUAGCGUGUUAGUU-GGAAUAAGCUGCAUGCUGUAUGUUUGAGCAAAUAUGUUUUUAAAGAAGUCCUG-------------------
.(((((((((.((.......)).......(((((((((.((((-......))))))))))))).)))))))))........................------------------- ( -27.30)
>DroSim_CAF1 109956 96 + 1
GGCUCAGACAGAGGACUGCACUGAGAAAAAUAGCGUGUUAGUU-GUAAUAAGCUUCAUGCUGUAUGUUUGAGCAAAUAUGUUUUCAAAGAAGUUCUC-------------------
..........(((((((....((((((..((((((((..((((-......)))).))))))))((((((....)))))).))))))....)))))))------------------- ( -26.20)
>DroYak_CAF1 122889 115 + 1
GGCUCAGACACAGGACGGCACUAAGAAAAAUAACGUGUUAGUU-GGCAUAAGCUCUGUGCUGUAUGUUUCAAGAGAUAAGUUUUAAGAGAUGUCCAGUUUGGUCGCUUGUCAAGUU
(((.(((((...(((((((((..((.....((((......)))-).......))..)))))....(((((..((((....))))..))))))))).))))))))............ ( -26.40)
>consensus
GGCUCAGACAGAGGACUGCACUGAGAAAAAUAGCGUGUUAGUU_GGAAUAAGCUGCAUGCUGUAUGUUUGAGCAAAUAUGUUUUUAAAGAAGUCCUC___________________
..........(((((((....((((((..(((((((((.((((.......)))))))))))))((((((....)))))).))))))....)))))))................... (-18.09 = -18.02 +  -0.06)

alignment

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