Locus 4653

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 15,181,912 – 15,182,032
Length 120
Max. P 0.599487
window7482

overview

Window 2

Location 15,181,912 – 15,182,032
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.56
Mean single sequence MFE -35.13
Consensus MFE -30.35
Energy contribution -29.97
Covariance contribution -0.39
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.599487
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15181912 120 + 20766785
UGAUUUCAUCCGUGAUGUUCAUGCCGCGAUUGAACUCGGUCAAUAUGACCUUCUUGGUGGAUUCGGACACAUUAAAUGUGGAAUUCUGUUGUGGGUAUGCGGGCGUAAUAAUGGGCAUCA
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>DroVir_CAF1 10613 120 + 1
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>DroGri_CAF1 8908 120 + 1
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>DroWil_CAF1 46373 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 10580 120 + 1
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>DroAna_CAF1 9346 120 + 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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