Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,176,447 – 15,176,544 |
Length | 97 |
Max. P | 0.966624 |
Location | 15,176,447 – 15,176,544 |
---|---|
Length | 97 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.97 |
Mean single sequence MFE | -37.94 |
Consensus MFE | -29.00 |
Energy contribution | -28.25 |
Covariance contribution | -0.75 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -4.74 |
Structure conservation index | 0.76 |
SVM decision value | 1.60 |
SVM RNA-class probability | 0.966624 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 15176447 97 - 20766785 --UGAGCCACCUAA-GGUCCCGAUCCUGGGAUGCAUCUUGUGCAGUUAUGUUUCAA---------UCUCACAUCACUGGGCAAAGUGUGUCUCAAGAUCCUGG---CCACAU --............-((((..((((.(((((((((..((((.((((.((((.....---------....)))).)))).))))..))))))))).))))..))---)).... ( -36.40) >DroSec_CAF1 6897 97 - 1 --UGAAUCACCAAA-GGUCCCGAUCCUGGGAUGCAUCUUGUGCAGUUAUGUUUCAA---------UCUCACAUCACUGGGCAAAGUGUGUCUCAAGAUCCUGG---CCACAU --............-((((..((((.(((((((((..((((.((((.((((.....---------....)))).)))).))))..))))))))).))))..))---)).... ( -36.40) >DroEre_CAF1 6902 97 - 1 --UGAACCCACCAA-GGUCCUGAUCCUGGGAUGCAUCUUGUGCAGUUAUGUUUCUA---------UCUCACAUCACUGGGCAAAGUGUGUCUCAAGAUCCUGG---CCACUU --............-((((..((((.(((((((((..((((.((((.((((.....---------....)))).)))).))))..))))))))).))))..))---)).... ( -36.50) >DroWil_CAF1 36868 111 - 1 AGUAAUCGAAUUUA-GACCAUGAUUUUGGGAUGCAUUUUGUGCAGUUAUGUCUUCAUGUGAUAAUUCUCUCAUCACUGGGCAAAGUGUGUCUCAUAAUUUUGGUAACCAUAU ..............-.((((.((((.(((((((((((((((.((((.(((.....((......)).....))).)))).))))))))))))))).)))).))))........ ( -34.00) >DroYak_CAF1 6911 97 - 1 --UGAACCAUCAAA-GGUCCUGAUCCUGGGAUGCAUCUUGUGCAGUCAUGUUUCCA---------UCUCACAUCACUGGGCAAAGUGUGUCUCAAGAUCUUGG---CCACUU --............-((((..((((.(((((((((..((((.((((.((((.....---------....)))).)))).))))..))))))))).))))..))---)).... ( -37.40) >DroAna_CAF1 2845 102 - 1 --UGAGCCCCCAACUGGCUACGAUCUUGGGACGCAUUUUGUGCAGUUAUGCACCAA---AAAUA-UAUC-CAUCACUGGGCAAAGUGUGUCUCAGGAUCUUGG---CCAUCU --............((((((.((((((((((((((((((((.((((.(((......---.....-....-))).)))).)))))))))))))))))))).)))---)))... ( -46.96) >consensus __UGAACCACCAAA_GGUCCCGAUCCUGGGAUGCAUCUUGUGCAGUUAUGUUUCAA_________UCUCACAUCACUGGGCAAAGUGUGUCUCAAGAUCCUGG___CCACAU ...............((((..((((.((((((((((.((((.((((.(((....................))).)))).)))).)))))))))).))))..))...)).... (-29.00 = -28.25 + -0.75)
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