Locus 4646

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 15,176,003 – 15,176,107
Length 104
Max. P 0.978123
window7470 window7471

overview

Window 0

Location 15,176,003 – 15,176,107
Length 104
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.44
Mean single sequence MFE -34.33
Consensus MFE -28.85
Energy contribution -29.02
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.73
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.62
SVM RNA-class probability 0.968336
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15176003 104 + 20766785
UUGUGGACU--UUAAACAUGCGUUAUAAAGGAAAAUCACUGUGAUAUGUU---AG-GAAA-CAACUCAUAUCACAACGAUCGUUCCUUUUAGCGAAUGGCCCGA--UGAAUUU-----
(((.((...--.....(((.(((((.(((((((.(((..(((((((((..---.(-....-)....)))))))))..)))..)))))))))))).))).)))))--.......----- ( -29.30)
>DroPse_CAF1 11142 107 + 1
CUGUGGGCG--C-AGACAUGCGCUAUAAAGGAAAAUCACUGUGAUAUGUAACGGU-GAAU-UAACGCAUAUCACAACGAUCGUUCCUUUUAGCGUAUGGCCCCUA-GGAAGUU-----
(((.((((.--.-...(((((((((.(((((((.(((..((((((((((....((-....-..))))))))))))..)))..)))))))))))))))))))).))-)......----- ( -42.00)
>DroGri_CAF1 2762 111 + 1
UUUUGGGCA----GAGCACGCGCUAUAAAGGAAAAUCACUGUGAUAUGUAACGAUUUAAU-GAACGCAUAUCACAACGAUCGUUCCUUUUAGCGAGUGACCCAUAACGACUUU--AAC
...((((..----...(((.(((((.(((((((.(((..((((((((((...........-....))))))))))..)))..)))))))))))).))).))))..........--... ( -35.76)
>DroWil_CAF1 36399 109 + 1
UU--GGACAGAACAUGCAUGCGCUAUAAAGGAAAAUCACUGUGAUAUAUAACGGU-GAAUCUAACGCAUAUCACAACGAUCGUUCCUUUUAGCGAAUGGCCCAGA-AAAAAAC-----
((--((.((.....))(((.(((((.(((((((.(((..((((((((....((..-........)).))))))))..)))..)))))))))))).)))..)))).-.......----- ( -26.80)
>DroAna_CAF1 2386 111 + 1
UUUUGGACA--AC-UGCAUGCGUUAUAAAGGAAAAUCACUGUGAUAUGUAACGAG-GGAU-AAACGCAUAUCACAACGAUCGUUCCUUUUAGCGAAUGGUCCUU--AGAAUAUUUUAC
....((((.--..-..(((.(((((.(((((((.(((..((((((((((......-....-....))))))))))..)))..)))))))))))).)))))))..--............ ( -30.14)
>DroPer_CAF1 10599 107 + 1
CUGUGGGCG--C-AGACAUGCGCUAUAAAGGAAAAUCACUGUGAUAUGUAACGGU-GAAU-UAACGCAUAUCACAACGAUCGUUCCUUUUAGCGUAUGGCCCCUA-GGAAGUU-----
(((.((((.--.-...(((((((((.(((((((.(((..((((((((((....((-....-..))))))))))))..)))..)))))))))))))))))))).))-)......----- ( -42.00)
>consensus
UUGUGGACA__A_AAACAUGCGCUAUAAAGGAAAAUCACUGUGAUAUGUAACGAU_GAAU_UAACGCAUAUCACAACGAUCGUUCCUUUUAGCGAAUGGCCCAUA_AGAAUUU_____
....((((........(((.(((((.(((((((.(((..((((((((((................))))))))))..)))..)))))))))))).)))))))................ (-28.85 = -29.02 +   0.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 15,176,003 – 15,176,107
Length 104
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.44
Mean single sequence MFE -34.54
Consensus MFE -33.68
Energy contribution -33.07
Covariance contribution -0.61
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -3.96
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 1.81
SVM RNA-class probability 0.978123
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15176003 104 - 20766785
-----AAAUUCA--UCGGGCCAUUCGCUAAAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUGAGUUG-UUUC-CU---AACAUAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUAACGCAUGUUUAA--AGUCCACAA
-----.......--..(((((((.((.(((((((((.(((((((((((((((.....-....-..---..)))))))))))))))))))))).)).)).))).....--.)))).... ( -28.22)
>DroPse_CAF1 11142 107 - 1
-----AACUUCC-UAGGGGCCAUACGCUAAAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUGCGUUA-AUUC-ACCGUUACAUAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUAGCGCAUGUCU-G--CGCCCACAG
-----.......-..((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((...((-((..-...)))))))))))))))))))))))))).))))).)))...-)--).))).... ( -38.20)
>DroGri_CAF1 2762 111 - 1
GUU--AAAGUCGUUAUGGGUCACUCGCUAAAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUGCGUUC-AUUAAAUCGUUACAUAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUAGCGCGUGCUC----UGCCCAAAA
...--..........((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((...-.......))...)))))))))))))))))))))).))))).)))...----.)))))... ( -39.70)
>DroWil_CAF1 36399 109 - 1
-----GUUUUUU-UCUGGGCCAUUCGCUAAAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUGCGUUAGAUUC-ACCGUUAUAUAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUAGCGCAUGCAUGUUCUGUCC--AA
-----.......-..((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((........-..)))...))))))))))))))))))))).))))).)))........))))--). ( -33.80)
>DroAna_CAF1 2386 111 - 1
GUAAAAUAUUCU--AAGGACCAUUCGCUAAAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUGCGUUU-AUCC-CUCGUUACAUAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUAACGCAUGCA-GU--UGUCCAAAA
............--..(((((((.((.(((((((((.(((((((((((((((((...-....-..))...)))))))))))))))))))))).)).)).)))..-..--.)))).... ( -29.10)
>DroPer_CAF1 10599 107 - 1
-----AACUUCC-UAGGGGCCAUACGCUAAAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUGCGUUA-AUUC-ACCGUUACAUAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUAGCGCAUGUCU-G--CGCCCACAG
-----.......-..((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((...((-((..-...)))))))))))))))))))))))))).))))).)))...-)--).))).... ( -38.20)
>consensus
_____AAAUUCC_UAGGGGCCAUUCGCUAAAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUGCGUUA_AUUC_ACCGUUACAUAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUAGCGCAUGCAU_G__UGCCCACAA
................(((((((.((((((((((((.(((((((((((((((..................)))))))))))))))))))))).))))).)))........)))).... (-33.68 = -33.07 +  -0.61)

alignment

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secondary structure

Postscript

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