Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,175,854 – 15,175,957 |
Length | 103 |
Max. P | 0.965295 |
Location | 15,175,854 – 15,175,957 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 107 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.68 |
Mean single sequence MFE | -31.89 |
Consensus MFE | -27.58 |
Energy contribution | -27.66 |
Covariance contribution | 0.09 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -3.82 |
Structure conservation index | 0.86 |
SVM decision value | 1.58 |
SVM RNA-class probability | 0.965295 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 15175854 103 - 20766785 ----AAUCACAGCCUUUAAUGUAGAGGGAAUAGUUGCUGUGCUGUAAGUUAAUAUACCAUAUCUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUGUACCUAAAGUGCCUAACAU ----.......(((((((.(((((((((((((((..(((((.((((..(...........)..)))).)))))..)))))))))))))))..))))).))....... ( -31.00) >DroPse_CAF1 11005 100 - 1 -----ACACCAGCCUUUGAAGUAGAGAGAAUAGUUGCUGUGCUAUAUGUCCUUCGACUC--UAUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUGUACCUAAAGUGCCAAACAG -----......(((((((...(((((((((((((..(((((.((((((((....)))..--.))))).)))))..)))))))))))))....))))).))....... ( -34.20) >DroGri_CAF1 2461 106 - 1 UGUGGUUUAUAGCCUUUAAUGUAAAGAGAAUAGAUGCUGUGCUGUAUGUUGAACG-UAUUGUCUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUGUACCAAAAGUGCCGUACAA .......((..((((((..((((((((((((((..((((((..(((((.....))-))).........))))))..))))))))))))))...)))).))..))... ( -25.60) >DroWil_CAF1 36261 99 - 1 -----A-ACCAGCCUUUAAAGUAGAGAGAAUAGUUGCUGUGUUUUAUGCCCUUUU--CAAUUUCAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUGUGCCUAAAGUGCCCCACAA -----.-....(((((((..((((((((((((((..(((((...((((.......--......)))).)))))..))))))))))))))...))))).))....... ( -31.02) >DroAna_CAF1 2250 98 - 1 ----GAUACCCGCCUUUAAAGUAGAGAGAAUAGUGGCUGUGCUGUAAGUUU-----CAAAAUCUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUGCACCUAAAGUGCCAAACAG ----.......(((((((..((((((((((((((.((((((.((((..((.-----...))..)))).)))))).))))))))))))))...))))).))....... ( -35.30) >DroPer_CAF1 10462 100 - 1 -----ACACCAGCCUUUGAAGUAGAGAGAAUAGUUGCUGUGCUAUAUGUCCUUCGACUC--UAUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUGUACCUAAAGUGCCAAACAG -----......(((((((...(((((((((((((..(((((.((((((((....)))..--.))))).)))))..)))))))))))))....))))).))....... ( -34.20) >consensus _____AUACCAGCCUUUAAAGUAGAGAGAAUAGUUGCUGUGCUGUAUGUCCUUCG_CAA__UCUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUGUACCUAAAGUGCCAAACAG ...........(((((((..(((((((((((((((((((((.((((.................)))).)))))))))))))))))))))...))))).))....... (-27.58 = -27.66 + 0.09)
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