Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,175,562 – 15,175,676 |
Length | 114 |
Max. P | 0.970286 |
Location | 15,175,562 – 15,175,676 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 116 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.09 |
Mean single sequence MFE | -33.68 |
Consensus MFE | -30.94 |
Energy contribution | -30.22 |
Covariance contribution | -0.72 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -3.80 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 1.66 |
SVM RNA-class probability | 0.970286 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 15175562 114 - 20766785 -CGAAAAUUGAAAAUUGUACAAAAAGAAGGGAACGGUUGCUGAUGAUGUAGUUUGAAACUCUCACA-AUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUGGCAAUCGAUCUACGUU -((...(((((...((((.((((.(((((((((((((..(((.((((((((.(((.........))-).)))))))))))..))))))))))))).)))))))))))))...)).. ( -37.60) >DroPse_CAF1 10706 111 - 1 ----AAAUUGAAAAUUGUUCAAAAAGAAGGGAACGGUUGCUGCUGAUGUAGUUCAAGUUUUGCACA-AUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUGCCAAUCGAUCACCGAU ----....(((..((((..((((.(((((((((((((..(((.((((((((.....(.....)...-..)))))))))))..))))))))))))).)))).))))...)))..... ( -33.10) >DroGri_CAF1 2150 112 - 1 ---CCACUCAUAAAUUGUUUAAAAGGAAGAGAACGCUCGCUGCUGAUGUAGUUCAUGAU-UCAAAUAUUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUAUCAAUGAUUCAACUUU ---..........((((..((((..(((((((((((.(((((.((((((((........-.........))))))))))))))).)))))))))..)))).))))........... ( -28.83) >DroMoj_CAF1 3563 112 - 1 ---GUGGCCGUAAAUUGCUUAAAGAGAAGAGAACGUUCGCUGUUGAUGUAGUCGAAUUCAUUUAAU-CUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUAACAAUUUUUCAACGUU ---.....(((((((((.(((((.(((((((((((..((((((.(((((((...............-..)))))))))))))..))))))))))).)))))))))))....))).. ( -33.63) >DroAna_CAF1 1940 111 - 1 ACAGAAAUUGAAAAUUGUUCAAAAAGAAGGGAACGGUCGCUGCUGAUGUAGUU----AUUCGCAUC-AUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUGCCAAUCGAUCUACGUU ..(((..((((...(((..((((.((((((((((((((((((.((((((((..----.........-..)))))))))))))))))))))))))).)))).))))))))))..... ( -34.82) >DroPer_CAF1 10163 111 - 1 ----AAAUUGAAAAUUGUUCAAAAAGAAGGGAACGGUUGCUGCUGAUGUAGUUCAAGUUUCGCACA-AUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUGCCAAUCGAUCAACGAU ----...((((..((((..((((.(((((((((((((..(((.((((((((.....(.....)...-..)))))))))))..))))))))))))).)))).))))...)))).... ( -34.10) >consensus ____AAAUUGAAAAUUGUUCAAAAAGAAGGGAACGGUCGCUGCUGAUGUAGUUCAAGAUUCGCACA_AUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUGCCAAUCGAUCAACGUU .............((((..((((.((((((((((((((((((.((((((((..................)))))))))))))))))))))))))).)))).))))........... (-30.94 = -30.22 + -0.72)
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