Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,124,736 – 15,124,838 |
Length | 102 |
Max. P | 0.938312 |
Location | 15,124,736 – 15,124,838 |
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Length | 102 |
Sequences | 5 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 88.97 |
Mean single sequence MFE | -27.98 |
Consensus MFE | -25.18 |
Energy contribution | -26.10 |
Covariance contribution | 0.92 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -1.66 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 1.27 |
SVM RNA-class probability | 0.938312 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 15124736 102 + 20766785 CAUGGCUGUUCGAGCAUUGCUAUCAAUAACGCGAUAU------AUAUCCCAUAUACAAUAA-----------AACGGGGCCAACGAUAUAGCCCAUUAUGUUCAGUUGGCCAACUGUGA ((((((((((.....(((((..........))))).(------((((...)))))......-----------)))))((((((((((((((....)))))))..)))))))..))))). ( -22.40) >DroSec_CAF1 101382 102 + 1 CAUGGCUGGCCGAGCGUUGCUAUCAAUAACGCGAUAU------AUAUCCCAUAUACAAUAA-----------AACGGGGCCAACGAUAUAGCCCAUUAUGUCCAGUUGGUCAACUGUGA (((((.(((((((((((((.......))))))(((((------(...........(.....-----------...)((((..........))))..))))))...))))))).))))). ( -27.20) >DroSim_CAF1 85343 102 + 1 CAUGGCUGGCCGAGCGUUGCUAUCAAUAACGCGAUAC------AUAUCCCAUAUACAAUAA-----------AACGGGGCCAACGAUAUAGCCCAUUAUGUCCAGUUGGCCAACUGUGA (((((....(((.((((((.......))))))(((..------..))).............-----------..)))((((((((((((((....)))))))..)))))))..))))). ( -28.80) >DroEre_CAF1 104171 108 + 1 CAUGGCUGGCCGAGCGUUGCUAUCAAUAACGCGAUAUACGAGUAUAUCCCACAUACAAUAA-----------AACGGGGCCAACGAUUUAGCCCAUUAUGGCCAGUUGGCCAACUGCGA ....((.(.(((.((((((.......))))))((((((....)))))).............-----------..)))(((((((......(((......)))..)))))))..).)).. ( -32.10) >DroYak_CAF1 105786 113 + 1 CAUGGCUGGCCGAGCGUUGCUAUCAAUAACGCGAUAU------AUAUCCCACAUAUAAUAAAACAACAAAAAAACGGGGCCAACGAUAUAGUCCAUUAUGGCCAGUUGGCCAACUGUGA (((((.(((((((((((((.......)))))).....------..................................(((((((......))......)))))..))))))).))))). ( -29.40) >consensus CAUGGCUGGCCGAGCGUUGCUAUCAAUAACGCGAUAU______AUAUCCCAUAUACAAUAA___________AACGGGGCCAACGAUAUAGCCCAUUAUGUCCAGUUGGCCAACUGUGA (((((....(((.((((((.......))))))((((((....))))))..........................)))((((((((((((((....)))))))..)))))))..))))). (-25.18 = -26.10 + 0.92)
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