Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,079,735 – 15,079,847 |
Length | 112 |
Max. P | 0.840602 |
Location | 15,079,735 – 15,079,847 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.98 |
Mean single sequence MFE | -30.87 |
Consensus MFE | -27.94 |
Energy contribution | -28.17 |
Covariance contribution | 0.22 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -1.71 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 0.75 |
SVM RNA-class probability | 0.840602 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 15079735 112 + 20766785 UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCCACAAUUGGCAA-UUCCCAUUUACAUAC----UAUC--UUUUUCA- (((((.....)))))....((((((.....))))))(((((..(((((..((((...)))).....((((((((((....))))..-.))))))........----))))--)))))).- ( -32.40) >DroSim_CAF1 34512 112 + 1 UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCCACAAUUGGCAA-UUCCCAUUUCCAUAC----UAUG--UUUUUCA- .((((((((((((.......)))))....(((((.(....))))))....((((...))))....)))))))((((....))))..-...............----....--.......- ( -31.20) >DroEre_CAF1 56818 112 + 1 UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCCACGAAUGGCGA-CUCACAUUUUCAUAG----UUCG--UUUUUCA- (((((((((((((.......)))))....(((((.(....))))))....((((...))))....))))))))....(((..((((-((...........))----.)))--)..))).- ( -31.80) >DroWil_CAF1 107595 103 + 1 UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCUAUGGAUA---UGCUCCUAAUAUCA--------------UCAUCAU (((((.....)))))..((((((((.....))))))...(((...((((((((((..(((.......)))..)))).)))))---)))).......)).--------------....... ( -29.70) >DroYak_CAF1 57954 112 + 1 UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCCACAAUUGGCAG-UUCACAUUUUCAUAG----UUUG--UUUUUCA- .((((((((((((.......)))))....(((((.(....))))))....((((...))))....)))))))((((....))))..-...............----....--.......- ( -31.20) >DroAna_CAF1 58626 119 + 1 UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCCACAAGUGCCUAGCUCCAAAUAUCAUACAUAGAUAGUUCUUUCCC- (((((.....)))))........((((..(((((((....))).(((((.((((...))))........(((((((....))....)))))..))))).....))))..))))......- ( -28.90) >consensus UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCCACAAUUGGCAA_CUCCCAUUUUCAUAC____UUUG__UUUUUCA_ .((((((((((((.......)))))....(((((.......)))))....((((...))))....)))))))((((....)))).................................... (-27.94 = -28.17 + 0.22)
Location | 15,079,735 – 15,079,847 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.98 |
Mean single sequence MFE | -37.02 |
Consensus MFE | -31.56 |
Energy contribution | -31.78 |
Covariance contribution | 0.22 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 0.53 |
SVM RNA-class probability | 0.773010 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 15079735 112 - 20766785 -UGAAAAA--GAUA----GUAUGUAAAUGGGAA-UUGCCAAUUGUGGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA -(((((.(--((((----........((((((.-..((((....)))))))))).(((((....)))))...)))))...)))))((((....(((.(((.......)))))).)))).. ( -37.20) >DroSim_CAF1 34512 112 - 1 -UGAAAAA--CAUA----GUAUGGAAAUGGGAA-UUGCCAAUUGUGGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA -.......--((((----((.(((.(((....)-)).)))))))))..((((((((((((....)))).........(((((((.....)))))))((((.......)))))))))))). ( -36.90) >DroEre_CAF1 56818 112 - 1 -UGAAAAA--CGAA----CUAUGAAAAUGUGAG-UCGCCAUUCGUGGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA -.......--((((----((......(((.(((-((((.....))))))).))).(((((....)))))......(.(((((((.....))))))).))))))).(((((.....))))) ( -37.00) >DroWil_CAF1 107595 103 - 1 AUGAUGA--------------UGAUAUUAGGAGCA---UAUCCAUAGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA .(((.((--------------(.((((..(((((.---........))))).)))).)))....((((((.....)))))).)))((((....(((.(((.......)))))).)))).. ( -32.90) >DroYak_CAF1 57954 112 - 1 -UGAAAAA--CAAA----CUAUGAAAAUGUGAA-CUGCCAAUUGUGGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA -(((((..--...(----(((.((..(((((..-..((((....))))...)))))..)))))).(((((.....))))))))))((((....(((.(((.......)))))).)))).. ( -35.30) >DroAna_CAF1 58626 119 - 1 -GGGAAAGAACUAUCUAUGUAUGAUAUUUGGAGCUAGGCACUUGUGGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA -(((((.(((((..........(((((((((.(((((((...(((((...)))))..)))))))..))).)))))).(((((((.....)))))))..)))))..))))).......... ( -42.80) >consensus _UGAAAAA__CAAA____GUAUGAAAAUGGGAA_UUGCCAAUUGUGGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA ....................................((((....))))((((((((((((....)))).........(((((((.....)))))))((((.......)))))))))))). (-31.56 = -31.78 + 0.22)
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