Locus 4606

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 15,021,154 – 15,021,291
Length 137
Max. P 0.999537
window7401 window7402 window7403

overview

Window 1

Location 15,021,154 – 15,021,251
Length 97
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.90
Mean single sequence MFE -30.70
Consensus MFE -26.87
Energy contribution -26.87
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.66
SVM RNA-class probability 0.814022
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15021154 97 + 20766785
---------------------CAAAAAAAAAAGUAGAUCCUUCUCCGUGACAAUGCAU--AUUGCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUC
---------------------..............((((((.....(((..(((((..--......)))))((((((.(((((.......))))).....))))))))).....)))))) ( -30.70)
>DroPse_CAF1 47447 112 + 1
UAAUA--AAAAAAAAACGAAACG----AAAAAAGAUGUC-CUCUCCGUGACAAUGCGUU-AUUGCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUC
.....--................----............-(((..(((...(((((((.-...)).)))))((((((.(((((.......))))).....))))))....)))..))).. ( -28.20)
>DroSec_CAF1 8364 117 + 1
CACUGCAAACAAAAUAGUGAGCA-AAAAAAAAGUAUAUCCUUCUCCGUGACAAUGCAU--AUUGCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUC
...(((..((......))..)))-............(((((.....(((..(((((..--......)))))((((((.(((((.......))))).....))))))))).....))))). ( -31.10)
>DroEre_CAF1 8379 99 + 1
CAC----------------UGC---AAAAAAAGCAGGUCCUUCUCCGUGACAAUGCGU--AUCUCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUC
..(----------------(((---.......))))..((....(((((.((((((..--......))))))..(((((((((.......))).)))))))))))((((...)))))).. ( -33.40)
>DroYak_CAF1 8334 111 + 1
CAA-----ACAAAAUAGUGAGCA--AAAAAAAGCAGAUCCUUCUCCGUGACAAUGCGU--AUCUCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUC
...-----............((.--.......)).((((((.....(((..(((((..--......)))))((((((.(((((.......))))).....))))))))).....)))))) ( -32.60)
>DroPer_CAF1 36632 115 + 1
UAAUACAAAAAAAAAACGAAACG----AAAAAAGAUGUC-CUCUCCGUGACAAUGCGUUAAUUGCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUC
.......................----............-(((..(((...(((((((.....)).)))))((((((.(((((.......))))).....))))))....)))..))).. ( -28.20)
>consensus
CAA_____A_AAAA_A___AGCA__AAAAAAAGCAGAUCCUUCUCCGUGACAAUGCGU__AUUGCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUC
..........................................(((((((..(((((..........)))))((((((.(((((.......))))).....)))))).....))))))).. (-26.87 = -26.87 +  -0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 2

Location 15,021,173 – 15,021,291
Length 118
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.46
Mean single sequence MFE -40.17
Consensus MFE -39.38
Energy contribution -38.93
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 3.70
SVM RNA-class probability 0.999537
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15021173 118 + 20766785
UUCUCCGUGACAAUGCAU--AUUGCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUAUGAAGGCACUUGAAUU
(((...(((.(..(((..--...))).(((.((((((((((((.......)))))(((.(((((.......)))))(((....)))....)))..))))))).)))..).)))..))).. ( -39.20)
>DroPse_CAF1 47480 119 + 1
CUCUCCGUGACAAUGCGUU-AUUGCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUACGAAGACACUUGAAAG
.(((.((((..(((((((.-...)).)))))((((((((((((.......)))))(((.(((((.......)))))(((....)))....)))..))))))))))).))).......... ( -40.90)
>DroSim_CAF1 7037 118 + 1
UUCUCCGUGACAAUGCAU--AUUGCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUAUGAAGGCACUUGAAUU
(((...(((.(..(((..--...))).(((.((((((((((((.......)))))(((.(((((.......)))))(((....)))....)))..))))))).)))..).)))..))).. ( -39.20)
>DroEre_CAF1 8400 118 + 1
UUCUCCGUGACAAUGCGU--AUCUCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUACGAAGGCACUUGAAUC
.(((.((((..(((((..--......)))))((((((((((((.......)))))(((.(((((.......)))))(((....)))....)))..))))))))))).))).......... ( -40.40)
>DroYak_CAF1 8367 118 + 1
UUCUCCGUGACAAUGCGU--AUCUCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUACGAAGGCACUUGAAUC
.(((.((((..(((((..--......)))))((((((((((((.......)))))(((.(((((.......)))))(((....)))....)))..))))))))))).))).......... ( -40.40)
>DroPer_CAF1 36667 120 + 1
CUCUCCGUGACAAUGCGUUAAUUGCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUACGAAGACACUUGAAAG
.(((.((((..(((((((.....)).)))))((((((((((((.......)))))(((.(((((.......)))))(((....)))....)))..))))))))))).))).......... ( -40.90)
>consensus
UUCUCCGUGACAAUGCGU__AUUGCAGCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUACGAAGGCACUUGAAUC
.(((.((((..(((((..........)))))((((((((((((.......)))))(((.(((((.......)))))(((....)))....)))..))))))))))).))).......... (-39.38 = -38.93 +  -0.44)

alignment

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secondary structure

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Window 3

Location 15,021,173 – 15,021,291
Length 118
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.46
Mean single sequence MFE -39.98
Consensus MFE -37.97
Energy contribution -38.30
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -0.84
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.592310
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15021173 118 - 20766785
AAUUCAAGUGCCUUCAUAGCCGUGAUCGUCUAGUGGUUAGGACCCCACGUUGUGGCCGUGGUAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUCACGGCAAUGCUGCAAU--AUGCAUUGUCACGGAGAA
...................(((((((......((((........))))......(((((((....(((((.......))))))))))))(((((......--..)))))))))))).... ( -38.10)
>DroPse_CAF1 47480 119 - 1
CUUUCAAGUGUCUUCGUAGCCGUGAUCGUCUAGUGGUUAGGACCCCACGUUGUGGCCGUGGUAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUCACGGCAAUGCUGCAAU-AACGCAUUGUCACGGAGAG
..........(((((((.(((((((....(((.((((((.(((.....))).)))))))))....(((((.......))))))))))))(((((......-...)))))...))))))). ( -41.30)
>DroSim_CAF1 7037 118 - 1
AAUUCAAGUGCCUUCAUAGCCGUGAUCGUCUAGUGGUUAGGACCCCACGUUGUGGCCGUGGUAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUCACGGCAAUGCUGCAAU--AUGCAUUGUCACGGAGAA
...................(((((((......((((........))))......(((((((....(((((.......))))))))))))(((((......--..)))))))))))).... ( -38.10)
>DroEre_CAF1 8400 118 - 1
GAUUCAAGUGCCUUCGUAGCCGUGAUCGUCUAGUGGUUAGGACCCCACGUUGUGGCCGUGGUAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUCACGGCAAUGCUGAGAU--ACGCAUUGUCACGGAGAA
...........((((((.(((((((....(((.((((((.(((.....))).)))))))))....(((((.......))))))))))))(((((......--..)))))...)))))).. ( -40.60)
>DroYak_CAF1 8367 118 - 1
GAUUCAAGUGCCUUCGUAGCCGUGAUCGUCUAGUGGUUAGGACCCCACGUUGUGGCCGUGGUAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUCACGGCAAUGCUGAGAU--ACGCAUUGUCACGGAGAA
...........((((((.(((((((....(((.((((((.(((.....))).)))))))))....(((((.......))))))))))))(((((......--..)))))...)))))).. ( -40.60)
>DroPer_CAF1 36667 120 - 1
CUUUCAAGUGUCUUCGUAGCCGUGAUCGUCUAGUGGUUAGGACCCCACGUUGUGGCCGUGGUAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUCACGGCAAUGCUGCAAUUAACGCAUUGUCACGGAGAG
..........(((((((.(((((((....(((.((((((.(((.....))).)))))))))....(((((.......))))))))))))(((((..........)))))...))))))). ( -41.20)
>consensus
AAUUCAAGUGCCUUCGUAGCCGUGAUCGUCUAGUGGUUAGGACCCCACGUUGUGGCCGUGGUAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUCACGGCAAUGCUGCAAU__ACGCAUUGUCACGGAGAA
...........((((((.(((((((....(((.((((((.(((.....))).)))))))))....(((((.......))))))))))))(((((..........)))))...)))))).. (-37.97 = -38.30 +   0.33)

alignment

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