| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,998,352 – 14,998,466 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.754604 |
| Location | 14,998,352 – 14,998,466 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.83 |
| Mean single sequence MFE | -42.01 |
| Consensus MFE | -25.24 |
| Energy contribution | -26.30 |
| Covariance contribution | 1.06 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -1.78 |
| Structure conservation index | 0.60 |
| SVM decision value | 0.48 |
| SVM RNA-class probability | 0.754604 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14998352 114 + 20766785 AUUGUCGGAGGCCUAGCAACGACAGCACCUCCCGGCUGUCGGAGCUCUCUCUUCUAUGCCGCUCACUAACCAGCCAGCAGGGCUCCCAGCGGCGUAAGAAGAGCAGGCUGUCCA ......(((((((((((..(((((((........)))))))..)))..(((((((((((((((........((((.....))))...)))))))).))))))).))))).))). ( -52.80) >DroPse_CAF1 20733 114 + 1 ACCGUCACACGGCCAGCAAUGACGGUAGCAGCAAGCUGUCAGAUCUUUCGCUUAUGUGUCGAUCCCUAACCAGUCAGCAUGGCUCUCAGCGGCGCAAAAAGAGCAGGCUGUCCA ........((((((.((..(((((((.((((....))))..((((...(((....)))..))))....))).))))))...(((((..((...))....))))).))))))... ( -33.00) >DroSec_CAF1 16324 114 + 1 AUUGUCGGAGGCCUAGCAACGACAGCACCUCCCGGCUGUCGGAGCUCUCUCUUCUAUGUCGCUCACUAACCAGCCAGCAGGGCUCCCAGCGGCGUAAGAAGAGCAGGCUGUCCA ......(((((((((((..(((((((........)))))))..)))..(((((((((((((((........((((.....))))...)))))))).))))))).))))).))). ( -50.10) >DroEre_CAF1 12981 114 + 1 GUUGUCGGAGGCCCAGCAACGACAGCACCUCCCGGCUGUCGGAGCUCUCUCUUCUAUGUCGCUCACUAACCAGCCAGCAGGGCUCCCAGCGGCGUAAGAAGAGCAGGCUGUCCA ......(((((((.(((..(((((((........)))))))..)))..(((((((((((((((........((((.....))))...)))))))).)))))))..)))).))). ( -48.60) >DroWil_CAF1 31059 108 + 1 ACUCACAAAUGGCCAGA------AGCAGCUCAAAGCUGUCUGAGCUAUCACUAUUAUGCCGCUCAUUAACCAGUCAGCAGGGAUCUCAAAGGCGCAAGAAGAGCAGAUUGUCAA ....((((((((((((.------.(((((.....)))))))).)))))............((((.....((........))...........(....)..))))...))))... ( -24.30) >DroAna_CAF1 27636 114 + 1 ACUGCCGCACGGUCAGCCAUGACAGCAGCUCCCGGCUGUCGGAGCUCUCGAUGCUCUGCCGCUCCCUGACCAGCCAGCAGGGGUCACAGAGGCGCAAGAAGAGCCGCCUGUCCA .((((.((..((((((....((((((........))))))(((((...............))))))))))).))..)))).((..((((.(((.(.....).)))..)))))). ( -43.26) >consensus ACUGUCGGAGGCCCAGCAACGACAGCACCUCCCGGCUGUCGGAGCUCUCUCUUCUAUGCCGCUCACUAACCAGCCAGCAGGGCUCCCAGCGGCGCAAGAAGAGCAGGCUGUCCA .............((((..(((((((........)))))))..(((((...(..(((((((((......((........))......)))))))))..))))))..)))).... (-25.24 = -26.30 + 1.06)
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