Locus 4595

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 14,979,208 – 14,979,300
Length 92
Max. P 0.999911
window7386

overview

Window 6

Location 14,979,208 – 14,979,300
Length 92
Sequences 5
Columns 94
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.65
Mean single sequence MFE -25.46
Consensus MFE -24.50
Energy contribution -23.98
Covariance contribution -0.52
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.39
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 4.50
SVM RNA-class probability 0.999911
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14979208 92 - 20766785
--AUGCGCGCGUAUACGUGUGCAUAAAAGUAUGAAUAAAUUUUGUUCGUUUUGUGUAUUUUGUGGCACAACAAUCACAAUUCAGGCGCAGCUUU
--(((((((((....))))))))).((((((((((((.....)))))))..(((((...((((((........)))))).....)))))))))) ( -27.80)
>DroSec_CAF1 2008 92 - 1
--AUGCGCGCGUAUACGUGUGCAUAAAAGUAUGAAUAAAUUUUGUUCGUUUUGUGUAUUUUGUGGCACAACAAUCACAAUUCAGGCGCAGCUUU
--(((((((((....))))))))).((((((((((((.....)))))))..(((((...((((((........)))))).....)))))))))) ( -27.80)
>DroSim_CAF1 9781 92 - 1
--AUGCGCGCGUAUACGUGUGCAUAAAAGUAUGAAUAAAUUUUGUUCGUUUUGUGUAUUUUGUGGCACAACAAUCACAAUUCAGGCGCAGCUUU
--(((((((((....))))))))).((((((((((((.....)))))))..(((((...((((((........)))))).....)))))))))) ( -27.80)
>DroEre_CAF1 9575 94 - 1
GAAUGCGUGUGUAUUUGUGUGCAUAAAAGUAUGAAUAAAUUUUGUUCGUUUUGUGUAUUUUGUGGCACAGCAAUCACAAUUCUGGCGCAGCUUU
((.(((.(((((......(((((((((...(((((((.....))))))))))))))))......)))))))).))................... ( -23.00)
>DroYak_CAF1 9250 94 - 1
GAAUGCGCGCGUAUUUGUGUGAAUAAAAGUAUGAAUAAAUUUUGUUCGUUUUGUGUAUUUUGUGGCACAGCAAUCACAAUUCAGGCACAGCUUU
.....((((((....))))))....((((((((((((.....)))))))..(((((...((((((........)))))).....)))))))))) ( -20.90)
>consensus
__AUGCGCGCGUAUACGUGUGCAUAAAAGUAUGAAUAAAUUUUGUUCGUUUUGUGUAUUUUGUGGCACAACAAUCACAAUUCAGGCGCAGCUUU
..(((((((((....))))))))).((((((((((((.....)))))))..(((((...((((((........)))))).....)))))))))) (-24.50 = -23.98 +  -0.52)

alignment

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secondary structure

Postscript

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