Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,975,232 – 14,975,392 |
Length | 160 |
Max. P | 0.938750 |
Location | 14,975,232 – 14,975,352 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.25 |
Mean single sequence MFE | -54.85 |
Consensus MFE | -50.97 |
Energy contribution | -50.60 |
Covariance contribution | -0.37 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.88 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 0.77 |
SVM RNA-class probability | 0.845545 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14975232 120 - 20766785 CUCGCCACCACCGCCGAAUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGGUGGUGGUGUUGGUGGCUGUGCUGGUGCGAGUGAUUGGUGUUGGCCGCUGAC ...((((((((((((...(((((....)))))...))).......(((((((......)))))))..)))))))))((..(((((((..(..((.......))..)..).))))))..)) ( -55.50) >DroSim_CAF1 5909 120 - 1 CUCGCCACCACCGCAGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUGGUGGCUGUGCUGGUGCGAGUGAUUGGUGUUGGCCGCUGAC ...(((((((.(((.......(((((.....))))).(((((((((((((((......))))))).))))))))))).))))))).((((..(..(((....)).)..)..).))).... ( -52.50) >DroEre_CAF1 5557 120 - 1 CCGGCCACCGCCGCCGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUGGUGGCUGUGCUGGUGCGAGUGAUUGGUGUUGGCCGCUGAC .((((((.((((.(((..(((((....))))).))).(((((((((((((((......))))))).))))))))(..(..((......))..)..)........)))).))))))..... ( -56.80) >DroYak_CAF1 5222 120 - 1 CCGGCCACUGCCGCCGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUGGUGGCUGUGCUGGUGCGAGUGAUUGGUGUUGGCCGCUGAC .((((((..(((.(((..(((((....))))).))).(((((((((((((((......))))))).))))))))(..(..((......))..)..)........)))..))))))..... ( -54.60) >consensus CCCGCCACCACCGCCGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUGGUGGCUGUGCUGGUGCGAGUGAUUGGUGUUGGCCGCUGAC .(((((((((((((....(((((....))))))))).(((((((((((((((......))))))).))))))))....))))))))).((..(..(((....)).)..)..))....... (-50.97 = -50.60 + -0.37)
Location | 14,975,272 – 14,975,392 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.28 |
Mean single sequence MFE | -53.88 |
Consensus MFE | -51.46 |
Energy contribution | -52.27 |
Covariance contribution | 0.81 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.99 |
Structure conservation index | 0.96 |
SVM decision value | 1.29 |
SVM RNA-class probability | 0.938750 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14975272 120 - 20766785 ACUGCCGGGGGUGUGGUGAUGGUGGUGGUUAAUCGCUGAGCUCGCCACCACCGCCGAAUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGGUGGUGGUGUUG ((..((((.(((((((((.(((((((((((........))).)))))))).))))......(((((.....)))))))))).)).(((((((......)))))))..))..))....... ( -54.90) >DroSim_CAF1 5949 120 - 1 GCUGCCGGGGGUGUGGUGAUGGUGGUGGUUAAUCGCUGAGCUCGCCACCACCGCAGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUG (((.((((.((((((((...((((((((((........))).)))))))))))))......)).))))...))).(.(((((((((((((((......))))))).)))))))).).... ( -52.60) >DroEre_CAF1 5597 120 - 1 GCUGCCGGGGGUGUGGUGAUGGUGGUGGUUAAUCGCUGUGCCGGCCACCGCCGCCGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUG .(((((((.((((((((..(((((((((....)))))..)))))))).)))).)))..(((((....))))))))).(((((((((((((((......))))))).))))))))...... ( -54.00) >DroYak_CAF1 5262 120 - 1 GCUGCCGGGGGUGUGGUGAUGGUGGUGGUUAAUCGCUGUGCCGGCCACUGCCGCCGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUG .(((((((.((((((((..(((((((((....)))))..))))))))).))).)))..(((((....))))))))).(((((((((((((((......))))))).))))))))...... ( -54.00) >consensus GCUGCCGGGGGUGUGGUGAUGGUGGUGGUUAAUCGCUGAGCCCGCCACCACCGCCGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUG .(((((((.(((((((((((((((((.....)))))))...))))))).))).)))..(((((....))))))))).(((((((((((((((......))))))).))))))))...... (-51.46 = -52.27 + 0.81)
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