Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,957,975 – 14,958,113 |
Length | 138 |
Max. P | 0.942874 |
Location | 14,957,975 – 14,958,078 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.36 |
Mean single sequence MFE | -27.83 |
Consensus MFE | -21.90 |
Energy contribution | -21.07 |
Covariance contribution | -0.83 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.44 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 1.21 |
SVM RNA-class probability | 0.931534 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14957975 103 + 20766785 CCUACGUU--UCGAAUCGUGCACUUAAUUAGGUAUCUCUGCCAAU--CGAGGCUCUGAUGCUCAGUGAAUGUGCGCAUAGCAAA-GAAGAUGUGCUUAG-UUGGACUUG ((.((...--.......((((((...(((..(((((...(((...--...)))...)))))..)))....))))))..((((..-.......))))..)-).))..... ( -28.00) >DroPse_CAF1 754 104 + 1 UCGCCAAUAAGCGAAU-GUGCACUUAAUUAGGUAUCUCUGCCAGA--CUAGGCAUUGAUACUCAGUAAAUGUGCGCAAAGAAAU-GAAGAUGUGCUCAA-AGGGAUUUG ((((......)))).(-((((((((.(((..(((((..((((...--...))))..)))))..))).)).))))))).......-..............-......... ( -29.60) >DroGri_CAF1 8473 106 + 1 CCAGCAU---UUCAGUUGUGCAUUUAAUUAGGUAUCUAUUCCCAAAUUACGGAAUUGAUGCUCAGUAACUGUGCGCAAAUCAAUUGAAGCUGUGCUCAAAAUGAAUUUC .((((..---(((((((((((((...(((..(((((.(((((........))))).)))))..)))....))))))).....))))))))))................. ( -28.70) >DroEre_CAF1 522 103 + 1 CCUCCGUU--CCCAAUCGUGCACUUAAUUAGGUAUCUCUGCCAAU--CGAGGCUCUGAUGCUCAGUGAAUGUGCGCAUAGCAAA-GAAGAUGUGCUCAG-UUGGCCUUG ........--.(((((.((((((...(((..(((((...(((...--...)))...)))))..)))....))))))..((((..-.......))))..)-))))..... ( -28.90) >DroAna_CAF1 1017 103 + 1 CUUUCCCA--UAUAGUCUCGCACUUAAUUAGGUAUCUCUGCCAUU--UGAGGCACUGAUGCUCAGUAAAUGUGCGAAAAUCAAA-GAAGAUGUGCUCAG-UUGGAUUGG (..(((((--(((..((((((((((.(((..(((((..((((...--...))))..)))))..))).)).))))))........-))..))))).....-..)))..). ( -28.31) >DroPer_CAF1 546 104 + 1 UCGCCGUUAAGCGAAU-GUGCACUUAAUUAGGUAUCUCUACCAGA--CUAGGCAUUGAUACUCAGUAAAUGUGCGCAAAGAAAU-GAAGAUGUGCUCAA-AGGGAUUUG ((.((.((.((((..(-((((((((.(((..(((((....((...--...))....)))))..))).)).))))))).(....)-.......)))).))-.)))).... ( -23.50) >consensus CCUCCGUU__UCGAAUCGUGCACUUAAUUAGGUAUCUCUGCCAAA__CGAGGCACUGAUGCUCAGUAAAUGUGCGCAAAGCAAA_GAAGAUGUGCUCAA_AUGGAUUUG .................((((((...(((..(((((...(((........)))...)))))..)))....))))))................................. (-21.90 = -21.07 + -0.83)
Location | 14,958,003 – 14,958,113 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.79 |
Mean single sequence MFE | -31.27 |
Consensus MFE | -27.04 |
Energy contribution | -25.60 |
Covariance contribution | -1.44 |
Combinations/Pair | 1.36 |
Mean z-score | -1.76 |
Structure conservation index | 0.86 |
SVM decision value | 1.33 |
SVM RNA-class probability | 0.942874 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14958003 110 + 20766785 GGUAUCUCUGCCAAUCGAGGCUCUGAUGCUCAGUGAAUGUGCGCAUAGCAAAGAAGAUGUGCUUAGUUGGACUUGCUAC--AUUCCAUGCGUGGCCACACGGUACAAUUUCG ((((((...(((......)))...))))))..(.(((((((.(((...(((..(((.....)))..)))....))))))--)))))...((((....))))........... ( -29.30) >DroVir_CAF1 8691 106 + 1 GGUGUCUAUUUCCAAAACGAAAUUGACGCUCAGUAAAUGUGCGCAAAACAAUGAAGAUGUGCUCAAAUGUAUUUGUUAA--C----AUGCAAACGCAGACGGUACAAUUUCG ((((((.(((((......))))).)))))).......(((.......)))..((((.((((((....((..(((((...--.----..)))))..))...)))))).)))). ( -26.30) >DroPse_CAF1 783 106 + 1 GGUAUCUCUGCCAGACUAGGCAUUGAUACUCAGUAAAUGUGCGCAAAGAAAUGAAGAUGUGCUCAAAGGGAUUUGCACU--A----AUGCGAAUCCAUACGGUACAAUUUCC ((((((..((((......))))..))))))..(((....)))..........((((.((((((.....(((((((((..--.----.)))))))))....)))))).)))). ( -33.60) >DroYak_CAF1 548 110 + 1 GGUAUCUCUGCCAAUCGAGGCACUGAUGCUCAGUGAAUGUGCGCAUAGCAAAGAAGAUGUGCUUAGUUGGACUUGCUUC--AUUCCAUGCGAGGCCACACGGUACAAUUUCG ((((((..((((......))))..)))))).........(((.....)))..((((.((((((..(((((.(((((...--.......))))).))).)))))))).)))). ( -34.00) >DroAna_CAF1 1045 112 + 1 GGUAUCUCUGCCAUUUGAGGCACUGAUGCUCAGUAAAUGUGCGAAAAUCAAAGAAGAUGUGCUCAGUUGGAUUGGCUUCUCUUACCUUGCCAGUCCACACGGUACAAUUUCG ((((((..((((......))))..))))))..(((....)))..........((((.((((((..(((((((((((............))))))))).)))))))).)))). ( -36.70) >DroPer_CAF1 575 106 + 1 GGUAUCUCUACCAGACUAGGCAUUGAUACUCAGUAAAUGUGCGCAAAGAAAUGAAGAUGUGCUCAAAGGGAUUUGCACU--A----AUGCGAAUCCAUACGGUACAAUUUCC ((((....)))).......((((...(((...)))...))))..........((((.((((((.....(((((((((..--.----.)))))))))....)))))).)))). ( -27.70) >consensus GGUAUCUCUGCCAAACGAGGCACUGAUGCUCAGUAAAUGUGCGCAAAGCAAAGAAGAUGUGCUCAAAUGGAUUUGCUAC__A____AUGCGAAUCCACACGGUACAAUUUCG ((((((..((((......))))..))))))......................((((.((((((....(((.(((((............))))).)))...)))))).)))). (-27.04 = -25.60 + -1.44)
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