Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,915,197 – 14,915,304 |
Length | 107 |
Max. P | 0.762015 |
Location | 14,915,197 – 14,915,304 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.00 |
Mean single sequence MFE | -42.84 |
Consensus MFE | -30.58 |
Energy contribution | -29.42 |
Covariance contribution | -1.16 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.69 |
Structure conservation index | 0.71 |
SVM decision value | 0.50 |
SVM RNA-class probability | 0.762015 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14915197 107 + 20766785 UCGGCAUUGCGCAGCGAUACGUUGAUAAGAAUUUCGAUGGUUGCAGGUGACUG---UGUGGCCGUCGGCGUGGGUGAGCUGCUCAAGGUCAACUUGACGUGCUUGCCCUG ........((((((((...))))...........((((((((((((....)))---)..))))))))))))(((..(((.(((((((.....))))).)))))..))).. ( -44.00) >DroPse_CAF1 1339 110 + 1 UCGGCGUUGCGCAGCGACACAUUGAUCAGAACCUCAAUGGUCGUGGGGGUCGGAGAUGUAGCGCCAGCCAGGGGCGAGCUGCUCAAGGUCAGCCUGACAUGUUUGCCCGG ..((((((((((..((((.(((.(((((.........))))))))...))))..).)))))))))......((((((((((.(((.((....))))))).)))))))).. ( -45.50) >DroSim_CAF1 1616 107 + 1 UCGGCAUUGCGCAGCGAUACAUUGAUAAGAAUUUCGAUGGUUGCUGGUGAUUG---UGUGGCCGUCGGCGUGGGUGAGCUGCUCAAAGUCAACUUGACGUGCUUGCCCUG .((((((..(.(((((((.((((((........))))))))))))))..))..---....)))).......(((..(((.((((((.......)))).)))))..))).. ( -38.20) >DroEre_CAF1 1791 107 + 1 UCGGCAUUGCGCAGCGACACGUUGAUAAGGAUUUCGAUCGUUGCUGGUGAUUG---CGUGGUUGUCGGCGUGGGUGAGCUGCUCAAGGUCAACUUGACGUGCUUGCCCUG (((((((..(((((((((..(((((........))))).))))).......))---))..).))))))...(((..(((.(((((((.....))))).)))))..))).. ( -41.51) >DroYak_CAF1 1606 101 + 1 UCGGCAUUGCGCAGCGAUACGUUGAUAAGAAUUUCGAUGGUUGCCGGU---------GUGGUUGUCGGCGUGGGUGAGCUGCUCAAGGUCAACUUGACGUGCUUGCCCUG (((((((..(((.(((((.((((((........)))))))))))..))---------)..).))))))...(((..(((.(((((((.....))))).)))))..))).. ( -42.30) >DroPer_CAF1 1334 110 + 1 UCGGCGUUGCGCAGCGACACAUUGAUCAGAACCUCAAUGGUCGUGGGGGUCGGAGAUGUAGCGCCAGCCAGGGGCGAGCUGCUCAAGGUCAGCCUGACAUGUUUGCCCGG ..((((((((((..((((.(((.(((((.........))))))))...))))..).)))))))))......((((((((((.(((.((....))))))).)))))))).. ( -45.50) >consensus UCGGCAUUGCGCAGCGACACAUUGAUAAGAAUUUCGAUGGUUGCGGGUGACUG___UGUGGCCGUCGGCGUGGGUGAGCUGCUCAAGGUCAACUUGACGUGCUUGCCCUG ...((.....)).(((((.((((((........)))))))))))...........................((((((((((.(((((.....))))))).)))))))).. (-30.58 = -29.42 + -1.16)
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