Locus 4542

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 14,859,621 – 14,859,749
Length 128
Max. P 0.910535
window7282 window7283 window7284

overview

Window 2

Location 14,859,621 – 14,859,723
Length 102
Sequences 6
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 70.91
Mean single sequence MFE -22.42
Consensus MFE -13.72
Energy contribution -14.36
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 1.07
SVM RNA-class probability 0.910535
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14859621 102 + 20766785
----AAUCUC---UCUAGCCCUCGAUAUCC--UUGUUUUUAUACGCAUACCGUUAUUUAGUACAGGCAA--UU--CAGGUGGAAUAGGCU-CUGGAAAAUCCACCUGUUGCCUGAA
----......---.((((....((.(((.(--.(((....))).).))).))....))))..(((((((--..--((((((((.....(.-...)....))))))))))))))).. ( -24.90)
>DroSec_CAF1 31881 101 + 1
----AUUCUC---UCUAUCCCUCGAUAUCC--UUGUUUUUAUACGCAUACCGUUAUUUAGUACAGGCAA--AU--CAGGUGGAAUAGGCC-CUAGU-AAUCCACCUGUUGCCUGAA
----......---.(((.....((.(((.(--.(((....))).).))).)).....)))..(((((((--..--((((((((....((.-...))-..))))))))))))))).. ( -25.70)
>DroSim_CAF1 33482 101 + 1
----AUUCUC---UCUAUCCCUCGAUAUCC--UUGUUUUUAUAUGCAUACCGUUAUUUAGUGCAGGCAA--AU--CAGGUGGAAUAGGCC-CUAGU-AAUCCACCUGUUGCCUGAA
----.....(---.(((.....((.(((.(--.(((....))).).))).)).....))).)(((((((--..--((((((((....((.-...))-..))))))))))))))).. ( -25.50)
>DroEre_CAF1 31501 108 + 1
----UUUCUC-AAUCUAUUCCUCGAUAUACAAUCUAUUUUAUACGCAUACAAUUGUUUCGUACGGGCAA--GUGCCAGGUGGAGUAGGUCGCCGGG-AAUCCACCUGAUGCCUGAA
----......-..............................((((...((....))..))))((((((.--....((((((((...((...))...-..)))))))).)))))).. ( -24.80)
>DroYak_CAF1 32950 98 + 1
----UGUCUCUAAAAUAUUCCUCGAUAUCC--UUGUUUUUAUACGCAUACAAUUGUUUUGUACGGGCAAAAAUAGCAGGUGGAA-----------A-AAUCCACCUGAUGCCUGAA
----(((....((((((.............--.)))))).....)))(((((.....)))))((((((.......((((((((.-----------.-..)))))))).)))))).. ( -23.94)
>DroAna_CAF1 35046 92 + 1
AAACAAUC-C---U-CAAUCCUCGAUAAUC--UUAUCUUUAUACGCCAACAGUUAUUUCGUAGUGAUAA--G---CAGG----AUA---U-CUA----AUACCAUAACUGCUUCAG
........-.---.-........((((...--.))))............(((((((...(((..((((.--.---....----.))---)-)..----.))).)))))))...... (  -9.70)
>consensus
____AUUCUC___UCUAUCCCUCGAUAUCC__UUGUUUUUAUACGCAUACAGUUAUUUAGUACAGGCAA__AU__CAGGUGGAAUAGGCC_CUAGA_AAUCCACCUGUUGCCUGAA
..............................................................((((((.......((((((((................)))))))).)))))).. (-13.72 = -14.36 +   0.64)

alignment

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secondary structure

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Window 3

Location 14,859,621 – 14,859,723
Length 102
Sequences 6
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 70.91
Mean single sequence MFE -25.79
Consensus MFE -12.47
Energy contribution -13.47
Covariance contribution 1.00
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.71
Structure conservation index 0.48
SVM decision value 0.47
SVM RNA-class probability 0.750249
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14859621 102 - 20766785
UUCAGGCAACAGGUGGAUUUUCCAG-AGCCUAUUCCACCUG--AA--UUGCCUGUACUAAAUAACGGUAUGCGUAUAAAAACAA--GGAUAUCGAGGGCUAGA---GAGAUU----
..(((((((((((((((........-.......))))))))--..--)))))))..(((..(..((((((.(............--).))))))..)..))).---......---- ( -29.66)
>DroSec_CAF1 31881 101 - 1
UUCAGGCAACAGGUGGAUU-ACUAG-GGCCUAUUCCACCUG--AU--UUGCCUGUACUAAAUAACGGUAUGCGUAUAAAAACAA--GGAUAUCGAGGGAUAGA---GAGAAU----
..(((((((((((((((.(-(....-....)).))))))))--..--)))))))..(((..(..((((((.(............--).))))))..)..))).---......---- ( -30.10)
>DroSim_CAF1 33482 101 - 1
UUCAGGCAACAGGUGGAUU-ACUAG-GGCCUAUUCCACCUG--AU--UUGCCUGCACUAAAUAACGGUAUGCAUAUAAAAACAA--GGAUAUCGAGGGAUAGA---GAGAAU----
..(((((((((((((((.(-(....-....)).))))))))--..--)))))))..(((..(..((((((.(............--).))))))..)..))).---......---- ( -29.20)
>DroEre_CAF1 31501 108 - 1
UUCAGGCAUCAGGUGGAUU-CCCGGCGACCUACUCCACCUGGCAC--UUGCCCGUACGAAACAAUUGUAUGCGUAUAAAAUAGAUUGUAUAUCGAGGAAUAGAUU-GAGAAA----
(((.(((((((((((((..-...(....)....)))))))))...--.))))(((((((.....))))))).((((((......)))))).((((........))-))))).---- ( -26.00)
>DroYak_CAF1 32950 98 - 1
UUCAGGCAUCAGGUGGAUU-U-----------UUCCACCUGCUAUUUUUGCCCGUACAAAACAAUUGUAUGCGUAUAAAAACAA--GGAUAUCGAGGAAUAUUUUAGAGACA----
(((.((((.((((((((..-.-----------.)))))))).......))))(((((((.....)))))))............(--((((((......))))))).)))...---- ( -23.60)
>DroAna_CAF1 35046 92 - 1
CUGAAGCAGUUAUGGUAU----UAG-A---UAU----CCUG---C--UUAUCACUACGAAAUAACUGUUGGCGUAUAAAGAUAA--GAUUAUCGAGGAUUG-A---G-GAUUGUUU
...((((((((.....((----(.(-(---((.----....---(--(((((..((((.(((....)))..))))....)))))--)..))))...)))..-.---.-)))))))) ( -16.20)
>consensus
UUCAGGCAACAGGUGGAUU_ACUAG_GGCCUAUUCCACCUG__AU__UUGCCUGUACUAAAUAACGGUAUGCGUAUAAAAACAA__GGAUAUCGAGGAAUAGA___GAGAAU____
(((.(((((((((((((................))))))))......))))).(((((.......))))).......................))).................... (-12.47 = -13.47 +   1.00)

alignment

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Window 4

Location 14,859,648 – 14,859,749
Length 101
Sequences 6
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.77
Mean single sequence MFE -26.76
Consensus MFE -14.60
Energy contribution -15.57
Covariance contribution 0.97
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -1.54
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.05
SVM RNA-class probability 0.558260
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14859648 101 - 20766785
CGAAAUAGCAUUGUCUUGGCCAGCGUUUCAGGCAACAGGUGGAUUUUCCAG-AGCCUAUUCCACCUG--AA--UUGCCUGUACUAAAUAACGGUAUGCGUAUAAAA
.......((((.((....))...((((.(((((((((((((((........-.......))))))))--..--)))))))........))))..))))........ ( -27.66)
>DroSec_CAF1 31908 100 - 1
CGAAAUAGCUUUGUCUUGGCCAGCGUUUCAGGCAACAGGUGGAUU-ACUAG-GGCCUAUUCCACCUG--AU--UUGCCUGUACUAAAUAACGGUAUGCGUAUAAAA
.(((((.(((..((....)).))))))))((((((((((((((.(-(....-....)).))))))))--..--))))))(((((.......))))).......... ( -29.30)
>DroSim_CAF1 33509 100 - 1
CGAAAUAGCAUUGUCUUGGCCAGCGUUUCAGGCAACAGGUGGAUU-ACUAG-GGCCUAUUCCACCUG--AU--UUGCCUGCACUAAAUAACGGUAUGCAUAUAAAA
.......((((.......(((...(((((((((((((((((((.(-(....-....)).))))))))--..--)))))))....))))...)))))))........ ( -27.91)
>DroEre_CAF1 31532 103 - 1
CGAAAUCCCAUUGACUUGGCCAGCGUUUCAGGCAUCAGGUGGAUU-CCCGGCGACCUACUCCACCUGGCAC--UUGCCCGUACGAAACAAUUGUAUGCGUAUAAAA
.(((((.(((......))).....))))).(((((((((((((..-...(....)....)))))))))...--.))))(((((((.....)))))))......... ( -27.30)
>DroYak_CAF1 32980 94 - 1
CGAAAUCCCAUUAUCUUGGCCAGCGUUUCAGGCAUCAGGUGGAUU-U-----------UUCCACCUGCUAUUUUUGCCCGUACAAAACAAUUGUAUGCGUAUAAAA
.(((((.(((......))).....))))).((((.((((((((..-.-----------.)))))))).......))))(((((((.....)))))))......... ( -26.20)
>DroAna_CAF1 35075 89 - 1
CGACGGGUCGGCGUCUUGGCCAGCGUCUGAAGCAGUUAUGGUAU----UAG-A---UAU----CCUG---C--UUAUCACUACGAAAUAACUGUUGGCGUAUAAAG
.....((((((....)))))).(((((...(((((((((.(((.----..(-(---((.----....---.--.))))..)))...))))))))))))))...... ( -22.20)
>consensus
CGAAAUAGCAUUGUCUUGGCCAGCGUUUCAGGCAACAGGUGGAUU_ACUAG_GGCCUAUUCCACCUG__AU__UUGCCUGUACUAAAUAACGGUAUGCGUAUAAAA
......................((......(((((((((((((................))))))))......))))).(((((.......)))))))........ (-14.60 = -15.57 +   0.97)

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