Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,829,714 – 14,829,820 |
Length | 106 |
Max. P | 0.779944 |
Location | 14,829,714 – 14,829,820 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 116 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.35 |
Mean single sequence MFE | -31.35 |
Consensus MFE | -20.65 |
Energy contribution | -21.34 |
Covariance contribution | 0.69 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -2.40 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.55 |
SVM RNA-class probability | 0.779944 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14829714 106 + 20766785 UGAUGGCCGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUCACAUAUAGAGUGCAGGGCGCCGGAUGGAUGAGCAGGUAUGUAUGU--------AUAUAU--AAUAGCACUGGUCACAAUA ((.(((((((((.((((..(((((((....)))))))(((...(.((((...)))))..)))....)))).((((((....--------))))))--....)))).)))))))... ( -30.40) >DroSec_CAF1 2266 99 + 1 UGGUGGCCGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUCACAGAUAGAGUGCAGGGCGCCGGAUGGAUGAGCAGGUAUGUAUGU--------AUAUACAUAC---------ACACAAUA ..((((((.(((((.(((.(((((((....)))))))....))).))))).)))((((......)).))..((((((((..--------..))))))))---------.))).... ( -33.30) >DroSim_CAF1 2285 108 + 1 UGAUGGCCGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUCACAGAUAGAGUGCAGGGCGCCGGAUGGAUGAGCAGGUAUGUAUGU--------AUAUAUAUAAUAGCACUGGUCACAAUA .....(((.(((((.(((.(((((((....)))))))....))).))))).))).((....)).(((.(((((...(((((--------....)))))...)).))).)))..... ( -30.60) >DroEre_CAF1 2288 106 + 1 UGAUGGCCGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUCACAGAUAGAGUGCAGGGUGCCGGAUGGAUGAGCAGGUAUGUAUGU--------AUAUAU--AAUACCACUGGUCACAAUA ((.(((((((.(((.(...((((((..((...((((...)))).....))..))))))...).))).)).(((((((((..--------..))))--.)))))...)))))))... ( -29.90) >DroYak_CAF1 2324 114 + 1 UGAUGGCCGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUCACAGAUAGAGUGCAGGGCGCCGGAUGGAUGAGCAGGUAUGUAUGUACAAGUAUAUAUGU--AAUACCACUGGUCACAAUA .....(((.(((((.(((.(((((((....)))))))....))).))))).)))(((((.(((((..(((..(((((((......))))))))))--.)).))))))))....... ( -35.00) >DroAna_CAF1 5169 94 + 1 UGAUGGCUGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUUGCA----GAGUGCAGGAGAUGGCACCGAUGAGCAUUUA--CAUGC--------ACAGUU--G------AUGGUCAAAAUA ((((((((((((((((.....)))).((((((((((.((----..((((........))))...))))))))).--)))))--------))))))--.------...))))..... ( -28.90) >consensus UGAUGGCCGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUCACAGAUAGAGUGCAGGGCGCCGGAUGGAUGAGCAGGUAUGUAUGU________AUAUAU__AAUA_CACUGGUCACAAUA .....(((.(((((.(((.(((((((....)))))))....))).))))).))).((....)).(((.(((....(((((((......))))))).........))).)))..... (-20.65 = -21.34 + 0.69)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:22:26 2006