Locus 4525

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 14,818,378 – 14,818,538
Length 160
Max. P 0.999921
window7258 window7259 window7260

overview

Window 8

Location 14,818,378 – 14,818,498
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.65
Mean single sequence MFE -52.76
Consensus MFE -49.32
Energy contribution -50.12
Covariance contribution 0.80
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.58
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 4.56
SVM RNA-class probability 0.999921
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14818378 120 + 20766785
GGGUAUGAUACGCAUUGUUCCCAGUGGAGGCGGGGCCGCUGCUGCUGCUGCCACGCCACCCGGCAGCAUUGAGCAGCAACAGCAGCCGUCCCAGCAGCCGUACGCUCUGCAUACAUAACC
..(((((....((((((....))))((..(((((((.(((((((.((((((((.(((....))).....)).)))))).))))))).))))).))..))....))....)))))...... ( -52.60)
>DroSec_CAF1 20265 120 + 1
GGGUAUGAUACGCAUUGUUCCCAGCGGAAGCGGGGCCGCUGCUGCUGCUGCGACGCCCCCCGGCAGCCUUGAGCAGCAACAGCAGCCGCCCCAGCAGCCGUACGCUCUGCAUACAUAACC
((.((((.((.(((..((.....((((..(((((((.(((((((.((((((...(((....)))........)))))).))))))).))))).))..))))..))..))).)))))).)) ( -55.20)
>DroSim_CAF1 14501 120 + 1
GGGUAUGAUACGCAUUGUUCCCAGCGGAAGCGGGGCCGCUGCUGCUGCUGCCACGCCCCCCGGCAGCCUUGAGCAGCAACAGCAGCCGCCCCAGCAGCCGUACGCUCUGCAUACAUAACC
((.((((.((.(((..((.....((((..(((((((.(((((((.((((((((.(((....))).....)).)))))).))))))).))))).))..))))..))..))).)))))).)) ( -56.10)
>DroEre_CAF1 13188 117 + 1
GGGUAUGAUACGCAUUGUUCCCAGCGGAGGCGGGGCCGCUGCA---GCUGCCACUCCCCCAGGGACCCUUGAGCAGCAACAGCAGCCGCCCCAGCAGCCGUACGCUCUGCAUACAUAACC
((.((((.((.(((..((.....((((..(((((((.(((((.---(((((((.((((...))))....)).)))))....))))).))))).))..))))..))..))).)))))).)) ( -50.00)
>DroYak_CAF1 14452 117 + 1
GGGUAUGAUACGCAUUGUUCCCAGCGGAGGCGGGUCCGCUGCU---GCUGCCACGCCCCCCGGCACCAUUGAGCAGCAGCAGCAGCCGCCCCAGCAGCCGUACGCUCUGCAUACAUAACC
(((.(..((....))..).))).((((.(((((.(..((((((---(((((((.(((....))).....)).)))))))))))).)))))))((.(((.....))))))).......... ( -49.90)
>consensus
GGGUAUGAUACGCAUUGUUCCCAGCGGAGGCGGGGCCGCUGCUGCUGCUGCCACGCCCCCCGGCAGCCUUGAGCAGCAACAGCAGCCGCCCCAGCAGCCGUACGCUCUGCAUACAUAACC
((.((((.((.(((..((.....((((..(((((((.(((((((.((((((((.(((....))).....)).)))))).))))))).))))).))..))))..))..))).)))))).)) (-49.32 = -50.12 +   0.80)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 9

Location 14,818,378 – 14,818,498
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.65
Mean single sequence MFE -64.20
Consensus MFE -56.22
Energy contribution -58.62
Covariance contribution 2.40
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -3.53
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 4.40
SVM RNA-class probability 0.999888
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14818378 120 - 20766785
GGUUAUGUAUGCAGAGCGUACGGCUGCUGGGACGGCUGCUGUUGCUGCUCAAUGCUGCCGGGUGGCGUGGCAGCAGCAGCAGCGGCCCCGCCUCCACUGGGAACAAUGCGUAUCAUACCC
(((.(((((((((........((..((.(((.(.(((((((((((((((..((((..(...)..))))))))))))))))))).)))).))..))..((....)).)))))).)))))). ( -61.10)
>DroSec_CAF1 20265 120 - 1
GGUUAUGUAUGCAGAGCGUACGGCUGCUGGGGCGGCUGCUGUUGCUGCUCAAGGCUGCCGGGGGGCGUCGCAGCAGCAGCAGCGGCCCCGCUUCCGCUGGGAACAAUGCGUAUCAUACCC
(((.(((((((((...(.(((((..((.(((((.((((((((((((((....(((.(((....)))))))))))))))))))).)))))))..))).)).).....)))))).)))))). ( -68.80)
>DroSim_CAF1 14501 120 - 1
GGUUAUGUAUGCAGAGCGUACGGCUGCUGGGGCGGCUGCUGUUGCUGCUCAAGGCUGCCGGGGGGCGUGGCAGCAGCAGCAGCGGCCCCGCUUCCGCUGGGAACAAUGCGUAUCAUACCC
(((.(((((((((...(.(((((..((.(((((.(((((((((((((((....((.(((....)))))))))))))))))))).)))))))..))).)).).....)))))).)))))). ( -68.40)
>DroEre_CAF1 13188 117 - 1
GGUUAUGUAUGCAGAGCGUACGGCUGCUGGGGCGGCUGCUGUUGCUGCUCAAGGGUCCCUGGGGGAGUGGCAGC---UGCAGCGGCCCCGCCUCCGCUGGGAACAAUGCGUAUCAUACCC
(((.(((((((((.((((...(((....(((((.(((((.(((((..(((.(((...)))....)))..)))))---.))))).))))))))..))))(....)..)))))).)))))). ( -61.00)
>DroYak_CAF1 14452 117 - 1
GGUUAUGUAUGCAGAGCGUACGGCUGCUGGGGCGGCUGCUGCUGCUGCUCAAUGGUGCCGGGGGGCGUGGCAGC---AGCAGCGGACCCGCCUCCGCUGGGAACAAUGCGUAUCAUACCC
(((.(((((((((.(((.....)))((.((((((((((((((((((((.((....((((....)))))))))))---))))))))..))))))).))((....)).)))))).)))))). ( -61.70)
>consensus
GGUUAUGUAUGCAGAGCGUACGGCUGCUGGGGCGGCUGCUGUUGCUGCUCAAGGCUGCCGGGGGGCGUGGCAGCAGCAGCAGCGGCCCCGCCUCCGCUGGGAACAAUGCGUAUCAUACCC
(((.(((((((((...(.(((((..((.(((((.((((((((((((((.((....((((....)))))))))))))))))))).)))))))..))).)).).....)))))).)))))). (-56.22 = -58.62 +   2.40)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 0

Location 14,818,418 – 14,818,538
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.44
Mean single sequence MFE -47.54
Consensus MFE -37.28
Energy contribution -40.12
Covariance contribution 2.84
Combinations/Pair 1.02
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.73
SVM RNA-class probability 0.834166
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14818418 120 - 20766785
ACGAUAAGAGAACUUUGUUAUCGUUUGGUGCAGCUUUUUGGGUUAUGUAUGCAGAGCGUACGGCUGCUGGGACGGCUGCUGUUGCUGCUCAAUGCUGCCGGGUGGCGUGGCAGCAGCAGC
(((((((.((....)).))))))).....((((((.(((.(((..(((((((...)))))))...))).))).))))))((((((((((..((((..(...)..)))))))))))))).. ( -50.40)
>DroSec_CAF1 20305 119 - 1
ACGAUAAGAGAACUUUGUUAUCGUUUGCUGCAGCUG-UUGGGUUAUGUAUGCAGAGCGUACGGCUGCUGGGGCGGCUGCUGUUGCUGCUCAAGGCUGCCGGGGGGCGUCGCAGCAGCAGC
(((((((.((....)).)))))))..(((((.((((-(.(.(((..((((((...))))))(((.(((.(((((((.......)))))))..))).)))....))).).))))).))))) ( -50.90)
>DroSim_CAF1 14541 119 - 1
ACGAUAAGAGAACUUUGUUAUCGUUUGCUGCAGCUU-UUGGGUUAUGUAUGCAGAGCGUACGGCUGCUGGGGCGGCUGCUGUUGCUGCUCAAGGCUGCCGGGGGGCGUGGCAGCAGCAGC
(((((((.((....)).))))))).((((.((((..-...(((..(((((((...)))))))))))))).))))((((((((((((((((..((...))...))))..)))))))))))) ( -50.40)
>DroEre_CAF1 13228 116 - 1
ACGUUAAGAGAACUUUGUAAUCGUUUGCUGCAGCUU-UUGGGUUAUGUAUGCAGAGCGUACGGCUGCUGGGGCGGCUGCUGUUGCUGCUCAAGGGUCCCUGGGGGAGUGGCAGC---UGC
...(((((((......((((....)))).....)))-)))).....((((((...))))))((((((....))))))(((((..((.(((.(((...))).))).))..)))))---... ( -40.80)
>DroYak_CAF1 14492 116 - 1
ACAUUAAGAGAACUUUGUAAUCGUUUGCUGCAGCUU-UUGGGUUAUGUAUGCAGAGCGUACGGCUGCUGGGGCGGCUGCUGCUGCUGCUCAAUGGUGCCGGGGGGCGUGGCAGC---AGC
.........................((((.((((..-...(((..(((((((...)))))))))))))).))))((((((((..(.((((..((....))..)))))..)))))---))) ( -45.20)
>consensus
ACGAUAAGAGAACUUUGUUAUCGUUUGCUGCAGCUU_UUGGGUUAUGUAUGCAGAGCGUACGGCUGCUGGGGCGGCUGCUGUUGCUGCUCAAGGCUGCCGGGGGGCGUGGCAGCAGCAGC
(((((((.((....)).))))))).((((.((((......(((..(((((((...)))))))))))))).))))((((((((((((((........(((....))))))))))))))))) (-37.28 = -40.12 +   2.84)

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