Locus 4507

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 14,807,769 – 14,807,927
Length 158
Max. P 0.999992
window7216 window7217 window7218 window7219

overview

Window 6

Location 14,807,769 – 14,807,887
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.79
Mean single sequence MFE -40.26
Consensus MFE -34.96
Energy contribution -36.36
Covariance contribution 1.40
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -4.50
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 4.25
SVM RNA-class probability 0.999851
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14807769 118 + 20766785
CGCACACAUCCACAUACAAUUGGGAAGUGCACAGGUGUGGGUGGAUCUGCUCUGUGUGCAAAUAACAAAUUGUGAAAAACAACUCGCACACA--UGCAGAUCACCUAGUGCACCAAAUAA
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>DroSec_CAF1 9628 118 + 1
CGCACACAUCGCAAUACUUUUGGGAAGUGCGCAAGUGUGGGUGGAUCUGCUCUGUGUGCAAAUAACAAAUUAUGAAAAACAACUCGCACACA--UGCAGAUCACCUAGUGCACCAAAUAA
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>DroSim_CAF1 3900 118 + 1
CGCACACAUCCACAUACUUUUGGGAAGUGCGCAGGUGUGGGUGGAUCUGCUCUGUGUGCAAAUAACAAAUUGUGAAAAACAACUCGCACACA--UGCAGAUCACCUAGUGCACCAAAUAA
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>DroEre_CAF1 2541 119 + 1
UGCACACAAUCAUAUACCAUUGGGAACUGCGCAGGUGUGGGUGGAUCUGCUCUGUGUGCAAAUAACAAAUUGUGAAAAACAACUCGCACACACAAGC-GAUUACCUAGUGCACCAAAUAA
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>DroYak_CAF1 3709 120 + 1
UGCACACAGCCACAUACCUUUGAGAACUGCGCAGGUGUGGGUGGAUCUGCUCUGUGUGCAAAUAACAAAUUGUGAAAAACAACUCGCACACACAAGCAGAUCACCUAAUGCACCAAAUAA
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>consensus
CGCACACAUCCACAUACCUUUGGGAAGUGCGCAGGUGUGGGUGGAUCUGCUCUGUGUGCAAAUAACAAAUUGUGAAAAACAACUCGCACACA__UGCAGAUCACCUAGUGCACCAAAUAA
.((.(((.(((.((......))))).))).)).((((((((((.((((((..(((((((..((((....))))((........)))))))))...)))))))))))...)))))...... (-34.96 = -36.36 +   1.40)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 7

Location 14,807,769 – 14,807,887
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.79
Mean single sequence MFE -42.77
Consensus MFE -36.63
Energy contribution -37.59
Covariance contribution 0.96
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.87
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 4.24
SVM RNA-class probability 0.999846
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14807769 118 - 20766785
UUAUUUGGUGCACUAGGUGAUCUGCA--UGUGUGCGAGUUGUUUUUCACAAUUUGUUAUUUGCACACAGAGCAGAUCCACCCACACCUGUGCACUUCCCAAUUGUAUGUGGAUGUGUGCG
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>DroSec_CAF1 9628 118 - 1
UUAUUUGGUGCACUAGGUGAUCUGCA--UGUGUGCGAGUUGUUUUUCAUAAUUUGUUAUUUGCACACAGAGCAGAUCCACCCACACUUGCGCACUUCCCAAAAGUAUUGCGAUGUGUGCG
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>DroSim_CAF1 3900 118 - 1
UUAUUUGGUGCACUAGGUGAUCUGCA--UGUGUGCGAGUUGUUUUUCACAAUUUGUUAUUUGCACACAGAGCAGAUCCACCCACACCUGCGCACUUCCCAAAAGUAUGUGGAUGUGUGCG
......((((.....((((((((((.--(((((((((((..................)))))))))))..)))))).))))..)))).((((((.(((((......)).))).)))))). ( -47.47)
>DroEre_CAF1 2541 119 - 1
UUAUUUGGUGCACUAGGUAAUC-GCUUGUGUGUGCGAGUUGUUUUUCACAAUUUGUUAUUUGCACACAGAGCAGAUCCACCCACACCUGCGCAGUUCCCAAUGGUAUAUGAUUGUGUGCA
......((((.....(((.(((-(((((((((((((((((((.....))))))))).....))))))).))).)))..)))..)))).((((((((((....)).....))))))))... ( -33.40)
>DroYak_CAF1 3709 120 - 1
UUAUUUGGUGCAUUAGGUGAUCUGCUUGUGUGUGCGAGUUGUUUUUCACAAUUUGUUAUUUGCACACAGAGCAGAUCCACCCACACCUGCGCAGUUCUCAAAGGUAUGUGGCUGUGUGCA
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>consensus
UUAUUUGGUGCACUAGGUGAUCUGCA__UGUGUGCGAGUUGUUUUUCACAAUUUGUUAUUUGCACACAGAGCAGAUCCACCCACACCUGCGCACUUCCCAAAAGUAUGUGGAUGUGUGCG
......((((.....((((((((((...(((((((((((..................)))))))))))..)))))).))))..)))).((((((...(((........)))..)))))). (-36.63 = -37.59 +   0.96)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 8

Location 14,807,809 – 14,807,927
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.80
Mean single sequence MFE -27.04
Consensus MFE -25.88
Energy contribution -25.76
Covariance contribution -0.12
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -3.40
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 5.69
SVM RNA-class probability 0.999992
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14807809 118 + 20766785
GUGGAUCUGCUCUGUGUGCAAAUAACAAAUUGUGAAAAACAACUCGCACACA--UGCAGAUCACCUAGUGCACCAAAUAAAAGCAAUAAAUAAACACAUUUCCAAACGGGCAACAAGUUG
((((((((((..(((((((.....((.....))((........)))))))))--.)))))))......(((...........))).........))).....(((...(....)...))) ( -28.30)
>DroSec_CAF1 9668 118 + 1
GUGGAUCUGCUCUGUGUGCAAAUAACAAAUUAUGAAAAACAACUCGCACACA--UGCAGAUCACCUAGUGCACCAAAUAAAAGCAAUAAAUAAACACAUUUCCACACGGGCAACAAGUUG
((((((((((..(((((((..((((....))))((........)))))))))--.)))))))......(((...........))).........)))...........(....)...... ( -26.60)
>DroSim_CAF1 3940 118 + 1
GUGGAUCUGCUCUGUGUGCAAAUAACAAAUUGUGAAAAACAACUCGCACACA--UGCAGAUCACCUAGUGCACCAAAUAAAAGCAAUAAAUAAACACAUUUCCACACGGGCAACAAGUUG
((((((((((..(((((((.....((.....))((........)))))))))--.)))))))......(((...........))).........)))...........(....)...... ( -27.20)
>DroEre_CAF1 2581 119 + 1
GUGGAUCUGCUCUGUGUGCAAAUAACAAAUUGUGAAAAACAACUCGCACACACAAGC-GAUUACCUAGUGCACCAAAUAAAAGCAAUAAAUAAACACAUUCACACACAGGCAACAUGCCU
(((((((.(((.(((((((.....((.....))((........)))))))))..)))-))))......(((...........))).........)))..........((((.....)))) ( -24.10)
>DroYak_CAF1 3749 120 + 1
GUGGAUCUGCUCUGUGUGCAAAUAACAAAUUGUGAAAAACAACUCGCACACACAAGCAGAUCACCUAAUGCACCAAAUAAAAGCAAUAAAUAAACACAUUCACACACAGGCAACAUGUUG
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>consensus
GUGGAUCUGCUCUGUGUGCAAAUAACAAAUUGUGAAAAACAACUCGCACACA__UGCAGAUCACCUAGUGCACCAAAUAAAAGCAAUAAAUAAACACAUUUCCACACGGGCAACAAGUUG
((((((((((..(((((((..((((....))))((........)))))))))...)))))))......(((...........))).........)))...........(....)...... (-25.88 = -25.76 +  -0.12)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 14,807,809 – 14,807,927
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.80
Mean single sequence MFE -37.97
Consensus MFE -31.75
Energy contribution -32.51
Covariance contribution 0.76
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -3.86
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 3.61
SVM RNA-class probability 0.999450
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14807809 118 - 20766785
CAACUUGUUGCCCGUUUGGAAAUGUGUUUAUUUAUUGCUUUUAUUUGGUGCACUAGGUGAUCUGCA--UGUGUGCGAGUUGUUUUUCACAAUUUGUUAUUUGCACACAGAGCAGAUCCAC
..(((((.((((((..(((((..(((......)))...)))))..))).))).)))))(((((((.--(((((((((((..................)))))))))))..)))))))... ( -37.57)
>DroSec_CAF1 9668 118 - 1
CAACUUGUUGCCCGUGUGGAAAUGUGUUUAUUUAUUGCUUUUAUUUGGUGCACUAGGUGAUCUGCA--UGUGUGCGAGUUGUUUUUCAUAAUUUGUUAUUUGCACACAGAGCAGAUCCAC
..(((((.((((((.((((((..(((......)))...)))))).))).))).)))))(((((((.--(((((((((((.(((......))).....)))))))))))..)))))))... ( -37.90)
>DroSim_CAF1 3940 118 - 1
CAACUUGUUGCCCGUGUGGAAAUGUGUUUAUUUAUUGCUUUUAUUUGGUGCACUAGGUGAUCUGCA--UGUGUGCGAGUUGUUUUUCACAAUUUGUUAUUUGCACACAGAGCAGAUCCAC
..(((((.((((((.((((((..(((......)))...)))))).))).))).)))))(((((((.--(((((((((((..................)))))))))))..)))))))... ( -37.87)
>DroEre_CAF1 2581 119 - 1
AGGCAUGUUGCCUGUGUGUGAAUGUGUUUAUUUAUUGCUUUUAUUUGGUGCACUAGGUAAUC-GCUUGUGUGUGCGAGUUGUUUUUCACAAUUUGUUAUUUGCACACAGAGCAGAUCCAC
.((....(((((((((((..((((((.(((((((.(((...........))).))))))).)-))........(((((((((.....))))))))).)))..))))))).))))..)).. ( -38.70)
>DroYak_CAF1 3749 120 - 1
CAACAUGUUGCCUGUGUGUGAAUGUGUUUAUUUAUUGCUUUUAUUUGGUGCAUUAGGUGAUCUGCUUGUGUGUGCGAGUUGUUUUUCACAAUUUGUUAUUUGCACACAGAGCAGAUCCAC
.........(((((((((((((((....))))))).(((.......)))))).)))))((((((((((((((((((((((((.....))))))))).....))))))).))))))))... ( -37.80)
>consensus
CAACUUGUUGCCCGUGUGGAAAUGUGUUUAUUUAUUGCUUUUAUUUGGUGCACUAGGUGAUCUGCA__UGUGUGCGAGUUGUUUUUCACAAUUUGUUAUUUGCACACAGAGCAGAUCCAC
..(((((.((((((.((((((..(((......)))...)))))).))).))).)))))(((((((...(((((((((((..................)))))))))))..)))))))... (-31.75 = -32.51 +   0.76)

alignment

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