Locus 4462

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	14,675,431 – 14,675,624
Length	193
Max. P	0.993837

overview

Window 2

Location	14,675,431 – 14,675,546
Length	115
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.28
Mean single sequence MFE	-51.53
Consensus MFE	-30.92
Energy contribution	-34.17
Covariance contribution	3.25
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.56
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	2.43
SVM RNA-class probability	0.993837
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14675431 115 + 20766785
GGGUGGUCCAGGUGGCCCACCGGCUCCUGCUCCGCCCCCGCCACCACCCAGUUUUGGUGGAGCUGCUGGAGGAGGACCACCACCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUCAACGGCGCA
((((((..((((.((((....))))))))..)))))).((((........((((((((((.((((.(((.((.......)).))).)))).)))))).)))).......)))).. ( -53.16)
>DroGri_CAF1 5819 97 + 1
GGGUGGUCCCGGGCAAGUAGGUGCUCCAGCGCCGCCGCCACCGCCACCCACAUUCGGUGGUGCA------------------CCGCCGGCACCACCCCAACUGUUUAACGGAGCA
(((((((.((((.(.....(((((....)))))((.(((((((...........))))))))).------------------..))))).)))))))...(((.....))).... ( -44.80)
>DroSec_CAF1 6711 115 + 1
GGGCGGUCCAGGUGGCCCACCGGCUCCUGCUCCGCCCCCGCCACCACCCAGUUUUGGUGGAGCUGCUGGAGGAGGACCACCGCCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUCAACGGCGCA
((((((..((((.((((....))))))))..)))))).((((........((((((((((.((((.(((.((.......)).))).)))).)))))).)))).......)))).. ( -55.56)
>DroSim_CAF1 1788 115 + 1
GGGCGGUCCAGGUGGCCCACCGGCUCCUGCUCCGCCCCCGCCACCACCCAGUUUUGGUGGAGCUGCUGGAGGAGGACCACCGCCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUCAACGGCGCA
((((((..((((.((((....))))))))..)))))).((((........((((((((((.((((.(((.((.......)).))).)))).)))))).)))).......)))).. ( -55.56)
>DroWil_CAF1 8074 103 + 1
AGGAGGCGGCGUAGGAGUAGGAGCACCAGCACCUCCCCCACCACCGCCCACAUUUGGUGGUGGUG------------CACCGCCACCAGCGCCACCACAAAUGUUUAAUGGAAUU
..(.(((((.(..((.(.(((.((....)).))).).))..).))))))(((((((.((((((((------------(..........))))))))))))))))........... ( -42.40)
>DroYak_CAF1 5292 112 + 1
AGGUGGUCCGGGUGGCCCACCAGCUCCUGCUCCACCGCCGCCACCACCCAGUUUUGGCGGAGCUGCUGGA---GGGCCACCGCCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUUAACGGCGCA
.((((((...((((((((.(((((....(((((...((((..((......))..))))))))).))))).---)))))))))))))).((.(((..((....))....))).)). ( -57.70)
>consensus
GGGUGGUCCAGGUGGCCCACCGGCUCCUGCUCCGCCCCCGCCACCACCCAGUUUUGGUGGAGCUGCUGGA___GGACCACCGCCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUCAACGGCGCA
.(((((..((((.((((....))))))))..)))))..((((......((....((((((.((((.(((....((....)).))).)))).))))))....))......)))).. (-30.92 = -34.17 +   3.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	14,675,431 – 14,675,546
Length	115
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.28
Mean single sequence MFE	-56.88
Consensus MFE	-36.02
Energy contribution	-38.47
Covariance contribution	2.45
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-1.95
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	1.67
SVM RNA-class probability	0.970893
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14675431 115 - 20766785
UGCGCCGUUGAACAUCUGUGGCGGGGCUGGUGGUGGUGGUCCUCCUCCAGCAGCUCCACCAAAACUGGGUGGUGGCGGGGGCGGAGCAGGAGCCGGUGGGCCACCUGGACCACCC
..(((((..(..((....(((.(((((((.(((.((.......)).))).))))))).)))....))..)..))))).(((.((..((((.(((....)))..))))..)).))) ( -57.00)
>DroGri_CAF1 5819 97 - 1
UGCUCCGUUAAACAGUUGGGGUGGUGCCGGCGG------------------UGCACCACCGAAUGUGGGUGGCGGUGGCGGCGGCGCUGGAGCACCUACUUGCCCGGGACCACCC
..................(((((((.(((((((------------------((...)))))...(((((((.(..(((((....)))))..))))))))....)))).))))))) ( -44.90)
>DroSec_CAF1 6711 115 - 1
UGCGCCGUUGAACAUCUGUGGCGGGGCUGGUGGCGGUGGUCCUCCUCCAGCAGCUCCACCAAAACUGGGUGGUGGCGGGGGCGGAGCAGGAGCCGGUGGGCCACCUGGACCGCCC
..(((((..(..((....(((.(((((((.(((.((.......)).))).))))))).)))....))..)..))))).((((((..((((.(((....)))..))))..)))))) ( -62.10)
>DroSim_CAF1 1788 115 - 1
UGCGCCGUUGAACAUCUGUGGCGGGGCUGGUGGCGGUGGUCCUCCUCCAGCAGCUCCACCAAAACUGGGUGGUGGCGGGGGCGGAGCAGGAGCCGGUGGGCCACCUGGACCGCCC
..(((((..(..((....(((.(((((((.(((.((.......)).))).))))))).)))....))..)..))))).((((((..((((.(((....)))..))))..)))))) ( -62.10)
>DroWil_CAF1 8074 103 - 1
AAUUCCAUUAAACAUUUGUGGUGGCGCUGGUGGCGGUG------------CACCACCACCAAAUGUGGGCGGUGGUGGGGGAGGUGCUGGUGCUCCUACUCCUACGCCGCCUCCU
...........((((((((((((((((((....)))))------------)..))))).)))))))((((((((.(((((((((.((....)).))).))))))))))))))... ( -52.40)
>DroYak_CAF1 5292 112 - 1
UGCGCCGUUAAACAUCUGUGGCGGGGCUGGUGGCGGUGGCCC---UCCAGCAGCUCCGCCAAAACUGGGUGGUGGCGGCGGUGGAGCAGGAGCUGGUGGGCCACCCGGACCACCU
.((.((((((........)))))).)).((((((((((((((---.(((((.((((((((....(((........))).))))))))....))))).))))))))..).))))). ( -62.80)
>consensus
UGCGCCGUUAAACAUCUGUGGCGGGGCUGGUGGCGGUGGUCC___UCCAGCAGCUCCACCAAAACUGGGUGGUGGCGGGGGCGGAGCAGGAGCCGGUGGGCCACCUGGACCACCC
..(((((..(..((....(((.(((((((.(((.............))).))))))).)))....))..)..))))).((((((..((((.(((....)))..))))..)))))) (-36.02 = -38.47 +   2.45)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	14,675,466 – 14,675,584
Length	118
Sequences	4
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.05
Mean single sequence MFE	-54.35
Consensus MFE	-51.46
Energy contribution	-51.02
Covariance contribution	-0.44
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.58
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	0.33
SVM RNA-class probability	0.692617
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14675466 118 + 20766785
CCCCGCCACCACCCAGUUUUGGUGGAGCUGCUGGAGGAGGACCACCACCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUCAACGGCGCACCGCCGCCGCCAGCCAUGGGCGGUGGACCACCGCCGGC
....(((........((((((((((.((((.(((.((.......)).))).)))).)))))).)))).......((((.....((((((((.......)))))))).....))))))) ( -52.40)
>DroSec_CAF1 6746 118 + 1
CCCCGCCACCACCCAGUUUUGGUGGAGCUGCUGGAGGAGGACCACCGCCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUCAACGGCGCACCGCCGCCGCCAGCCAUGGGUGGUGGACCACCGCCGGC
..(((((((((((((...(((((((.((.(((((.((.((....)).)).)))))...)).............(((((...))))))))))))...))))))))))........))). ( -54.30)
>DroSim_CAF1 1823 118 + 1
CCCCGCCACCACCCAGUUUUGGUGGAGCUGCUGGAGGAGGACCACCGCCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUCAACGGCGCACCGCCGCCGCCAGCCAUGGGUGGUGGACCACCGCCGGC
..(((((((((((((...(((((((.((.(((((.((.((....)).)).)))))...)).............(((((...))))))))))))...))))))))))........))). ( -54.30)
>DroYak_CAF1 5327 115 + 1
CGCCGCCACCACCCAGUUUUGGCGGAGCUGCUGGA---GGGCCACCGCCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUUAACGGCGCACCGCCGCCGCCAGCCAUGGGCGGUGGACCACCGCCGGC
....(((........((((((((((.((((.(((.---((....)).))).)))).)))))).)))).......((((.....((((((((.......)))))))).....))))))) ( -56.40)
>consensus
CCCCGCCACCACCCAGUUUUGGUGGAGCUGCUGGAGGAGGACCACCGCCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUCAACGGCGCACCGCCGCCGCCAGCCAUGGGCGGUGGACCACCGCCGGC
....(((........((((((((((.((((.(((....((....)).))).)))).)))))).)))).......((((.....((((((((.......)))))))).....))))))) (-51.46 = -51.02 +  -0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	14,675,506 – 14,675,624
Length	118
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.56
Mean single sequence MFE	-44.35
Consensus MFE	-26.67
Energy contribution	-29.73
Covariance contribution	3.06
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-1.28
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	-0.05
SVM RNA-class probability	0.508586
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14675506 118 + 20766785
ACCACCACCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUCAACGGCGCACCGCCGCCGCCAGCCAUGGGCGGUGGACCACCGCCGGCUCCACCGGCACCGCCAGCAAUGGGUGGCGGACCACCGCCA
......................((...(((...(((((......)))))..)))..))((((((((......(((((.....))))).((((((.(....).)))))).)))))))). ( -50.40)
>DroVir_CAF1 4892 90 + 1
-------GCGCCAGCCCCGCCACAGAUGUUUAAUGGAGCUCCAGCGCCACCG---------------CAGCCGCCGGCACCGCCUGCGCUACCGGCUC-AGG--GGGGGCCGU---CA
-------(((...(((((.((.((.........))(((((..(((((...((---------------..(((...)))..))...)))))...)))))-.))--.))))))))---.. ( -34.50)
>DroGri_CAF1 5883 93 + 1
-------CCGCCGGCACCACCCCAACUGUUUAACGGAGCACCAGCGCCGCCA---------------CAGCCUCCGGCACCACCGGCGCCACCUGCCAUAGGUGGCGGCCCAC---CA
-------..((((.((((.......(((.....))).(((...((((((...---------------..(((...))).....))))))....)))....)))).))))....---.. ( -35.10)
>DroSec_CAF1 6786 118 + 1
ACCACCGCCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUCAACGGCGCACCGCCGCCGCCAGCCAUGGGUGGUGGACCACCGCCGGCUCCACCAGCACCGCCAGCAAUGGGUGGCGGACCACCGCCA
....((((((((....(((((((..........(((((......)))))(((....))))))))))......((.(((............))).))....)))))))).......... ( -48.50)
>DroSim_CAF1 1863 118 + 1
ACCACCGCCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUCAACGGCGCACCGCCGCCGCCAGCCAUGGGUGGUGGACCACCGCCGGCUCCACCAGCACCGCCAGCAAUGGGUGGCGGACCACCGCCA
....((((((((....(((((((..........(((((......)))))(((....))))))))))......((.(((............))).))....)))))))).......... ( -48.50)
>DroYak_CAF1 5364 118 + 1
GCCACCGCCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUUAACGGCGCACCGCCGCCGCCAGCCAUGGGCGGUGGACCACCGCCGGCUCCACCAGCACCGCCAGCCAUGGGUGGCGGACCACCGCCA
....((((((((.((...((.............(((((.....((((((((.......)))))))).....)))))(((.....)))...))..))....)))))))).......... ( -49.10)
>consensus
ACCACCGCCACCAGCCCCGCCACAGAUGUUCAACGGCGCACCGCCGCCGCCAGCCAUGGG_GGUGGACCACCGCCGGCUCCACCAGCACCGCCAGCAAUGGGUGGCGGACCACCGCCA
................(((((((..........(((((.....((((((((.......)))))))).....)))))(((.....)))..............))))))).......... (-26.67 = -29.73 +   3.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	14,675,506 – 14,675,624
Length	118
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.56
Mean single sequence MFE	-58.43
Consensus MFE	-37.57
Energy contribution	-40.13
Covariance contribution	2.56
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-1.19
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.16
SVM RNA-class probability	0.610315
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14675506 118 - 20766785
UGGCGGUGGUCCGCCACCCAUUGCUGGCGGUGCCGGUGGAGCCGGCGGUGGUCCACCGCCCAUGGCUGGCGGCGGCGGUGCGCCGUUGAACAUCUGUGGCGGGGCUGGUGGUGGUGGU
((((((....)))))).((((..(((.((((.((((((((.(((....)))))))))(((.((((.((.((((((((...))))))))..)).))))))))).)))).)))..)))). ( -65.30)
>DroVir_CAF1 4892 90 - 1
UG---ACGGCCCCC--CCU-GAGCCGGUAGCGCAGGCGGUGCCGGCGGCUG---------------CGGUGGCGCUGGAGCUCCAUUAAACAUCUGUGGCGGGGCUGGCGC-------
..---.(((((((.--...-..(((((((.((....)).))))))).((..---------------(((((....(((....))).....)).)))..)))))))))....------- ( -46.00)
>DroGri_CAF1 5883 93 - 1
UG---GUGGGCCGCCACCUAUGGCAGGUGGCGCCGGUGGUGCCGGAGGCUG---------------UGGCGGCGCUGGUGCUCCGUUAAACAGUUGGGGUGGUGCCGGCGG-------
.(---(....))(((((((.....)))))))(((((((.((((...(((((---------------(.((((.((....)).))))...))))))..)))).)))))))..------- ( -49.70)
>DroSec_CAF1 6786 118 - 1
UGGCGGUGGUCCGCCACCCAUUGCUGGCGGUGCUGGUGGAGCCGGCGGUGGUCCACCACCCAUGGCUGGCGGCGGCGGUGCGCCGUUGAACAUCUGUGGCGGGGCUGGUGGCGGUGGU
((((((....)))))).(((((((((.((((.((((..(((((((((((((....)))))....))))))(((((((...))))))).....))..)..))).)))).))))))))). ( -63.30)
>DroSim_CAF1 1863 118 - 1
UGGCGGUGGUCCGCCACCCAUUGCUGGCGGUGCUGGUGGAGCCGGCGGUGGUCCACCACCCAUGGCUGGCGGCGGCGGUGCGCCGUUGAACAUCUGUGGCGGGGCUGGUGGCGGUGGU
((((((....)))))).(((((((((.((((.((((..(((((((((((((....)))))....))))))(((((((...))))))).....))..)..))).)))).))))))))). ( -63.30)
>DroYak_CAF1 5364 118 - 1
UGGCGGUGGUCCGCCACCCAUGGCUGGCGGUGCUGGUGGAGCCGGCGGUGGUCCACCGCCCAUGGCUGGCGGCGGCGGUGCGCCGUUAAACAUCUGUGGCGGGGCUGGUGGCGGUGGC
((((((....)))))).((((.((((.((((.((((((((.(((....)))))))))(((((((..((((((((......))))))))..))..)).))))).)))).)))).)))). ( -63.00)
>consensus
UGGCGGUGGUCCGCCACCCAUUGCUGGCGGUGCUGGUGGAGCCGGCGGUGGUCCACC_CCCAUGGCUGGCGGCGGCGGUGCGCCGUUAAACAUCUGUGGCGGGGCUGGUGGCGGUGGU
..........((((((((....(((....((((((.((..((((((.((((........)))).))))))..)).)))))).((((((........))))))))).)))))))).... (-37.57 = -40.13 +   2.56)

alignment

secondary structure

dotplot

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