Locus 4443

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	14,605,911 – 14,606,020
Length	109
Max. P	0.877448

overview

Window 0

Location	14,605,911 – 14,606,020
Length	109
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.78
Mean single sequence MFE	-51.12
Consensus MFE	-34.75
Energy contribution	-35.42
Covariance contribution	0.67
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-1.41
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.00
SVM RNA-class probability	0.534868
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14605911 109 + 20766785
ACUGGCCACCGCCGCUUUGGCAGCGGCAGCCGCCAGUGCCUCGGUGGCGGCAGCGGCUGCCAGGAUCACCGCCAAGGCGGCACACAGGGCACUGACCACCA-AGCAGGAU----------
.(((......(((((((((((...(((((((((...((((.....))))...))))))))).((....)))))))))))))...(((....))).......-..)))...---------- ( -57.70)
>DroPse_CAF1 233671 120 + 1
CCUGACCACAGCCGCCCUAGCCGCAGCUGCAGCGAGUGCCUCAGUGGCCGCCGCAGCAGCCAGGAUCACAGCCAAGGCUGCCCACCGAGCUCUGACCACCGCAGGAGGAUCGAGCAAUGG
((((......((.((....)).)).(((((.(((.(((((.....)).)))))).)))))))))....((((....))))....(((.((((.((((.((...)).)).))))))..))) ( -44.10)
>DroSec_CAF1 237879 109 + 1
ACUGGCCACCGCAGCUUUGGCAGCGGCAGCCGCCAGUGCCUCGGUGGCGGCAGCGGCUGCCAGGAUCACCGCUAAGGCGGCACACAGAGCACUGACCACCA-AGCAGGAU----------
.((((((.((..(((..(((((((.((.(((((((.((...)).))))))).)).)))))))((....)))))..)).)))...(((....))).......-..)))...---------- ( -53.00)
>DroEre_CAF1 245736 109 + 1
ACUGGCCACCGCCGCUUUGGCAGCGGCAGCAGCCAGUGCCUCGGUGGCGGCAGCGGCUGCCAGGAUCACGGCCAAGGCGGCGCACAGGGCACUGACCACGA-AGCAGGAU----------
.((((((..((((((((((((...((((((.((...((((.....))))...)).)))))).(.....).)))))))))))).....))).((........-)))))...---------- ( -51.70)
>DroYak_CAF1 253891 109 + 1
CCUGGCCACCGCCGCUUUGGCAGCGGCAGCUGCCAGUGCCUCAGUGGCGGCAGCGGCUGCCAGGAUCACGGCCAAGGCGGCGCACAGGGCACUGACCAGCA-AGCAGGAU----------
(((((((..((((((((((((.(((((.((((((...(((.....))))))))).)))))..(.....).)))))))))))).....))).((........-))))))..---------- ( -58.30)
>DroPer_CAF1 236168 120 + 1
CCUGACCACAGCCGCACUAGCCGCAGCGGCAGCGAGUGCCUCAGUGGCCGCCGCAGCAGCCAGGAUCACAGCCAAGGCUGCCCACCGAGCUCUGACCACCGCAGGAGGAUCGAGCAAUGG
.....(((..(((((..........))))).(((.(((((.....)).)))))).((((((.((.......))..)))))).......((((.((((.((...)).)).))))))..))) ( -41.90)
>consensus
ACUGGCCACCGCCGCUUUGGCAGCGGCAGCAGCCAGUGCCUCAGUGGCGGCAGCGGCUGCCAGGAUCACAGCCAAGGCGGCACACAGAGCACUGACCACCA_AGCAGGAU__________
.....((.(((((....(((((((.((.((.((((.((...)).)))).)).)).)))))))((.......))..)))))....(((....)))............))............ (-34.75 = -35.42 +   0.67)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	14,605,911 – 14,606,020
Length	109
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.78
Mean single sequence MFE	-58.80
Consensus MFE	-48.78
Energy contribution	-48.70
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-1.99
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.90
SVM RNA-class probability	0.877448
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14605911 109 - 20766785
----------AUCCUGCU-UGGUGGUCAGUGCCCUGUGUGCCGCCUUGGCGGUGAUCCUGGCAGCCGCUGCCGCCACCGAGGCACUGGCGGCUGCCGCUGCCAAAGCGGCGGUGGCCAGU
----------......((-((((((((((((..((((.((((((....))))))......)))).)))))..)))))))))..((((((.(((((((((.....))))))))).)))))) ( -62.60)
>DroPse_CAF1 233671 120 - 1
CCAUUGCUCGAUCCUCCUGCGGUGGUCAGAGCUCGGUGGGCAGCCUUGGCUGUGAUCCUGGCUGCUGCGGCGGCCACUGAGGCACUCGCUGCAGCUGCGGCUAGGGCGGCUGUGGUCAGG
((((.((((...((.((...)).))...))))...))))(((((....)))))...(((((((((((((((((((.....)))...))))))))).((((((.....))))))))))))) ( -59.30)
>DroSec_CAF1 237879 109 - 1
----------AUCCUGCU-UGGUGGUCAGUGCUCUGUGUGCCGCCUUAGCGGUGAUCCUGGCAGCCGCUGCCGCCACCGAGGCACUGGCGGCUGCCGCUGCCAAAGCUGCGGUGGCCAGU
----------((((((((-.(((((((((....)))...))))))..))))).)))...(((((...)))))(((((((.(((..(((((((....)))))))..))).))))))).... ( -57.70)
>DroEre_CAF1 245736 109 - 1
----------AUCCUGCU-UCGUGGUCAGUGCCCUGUGCGCCGCCUUGGCCGUGAUCCUGGCAGCCGCUGCCGCCACCGAGGCACUGGCUGCUGCCGCUGCCAAAGCGGCGGUGGCCAGU
----------.....(((-((((((((((((..((((.(((.((....)).)))......)))).)))))..)))).))))))((((((..((((((((.....))))))))..)))))) ( -59.00)
>DroYak_CAF1 253891 109 - 1
----------AUCCUGCU-UGCUGGUCAGUGCCCUGUGCGCCGCCUUGGCCGUGAUCCUGGCAGCCGCUGCCGCCACUGAGGCACUGGCAGCUGCCGCUGCCAAAGCGGCGGUGGCCAGG
----------..((((..-.((((.(((((((((.(((.((.((..((((.((.......)).))))..)).))))).).)))))))))))).(((((((((.....))))))))))))) ( -57.50)
>DroPer_CAF1 236168 120 - 1
CCAUUGCUCGAUCCUCCUGCGGUGGUCAGAGCUCGGUGGGCAGCCUUGGCUGUGAUCCUGGCUGCUGCGGCGGCCACUGAGGCACUCGCUGCCGCUGCGGCUAGUGCGGCUGUGGUCAGG
(((((((..(.....)..)))))))...((.(.((((.((((((....)))))....((((((((.((((((((....(((...))))))))))).))))))))..).)))).).))... ( -56.70)
>consensus
__________AUCCUGCU_UGGUGGUCAGUGCCCUGUGCGCCGCCUUGGCCGUGAUCCUGGCAGCCGCUGCCGCCACCGAGGCACUGGCUGCUGCCGCUGCCAAAGCGGCGGUGGCCAGG
..............((((.(((((((...((((.....((((((....)))))).....))))((....)).))))))).))))(((((..((((((((.....))))))))..))))). (-48.78 = -48.70 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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