Locus 4436

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 14,578,318 – 14,578,428
Length 110
Max. P 0.611068
window7090

overview

Window 0

Location 14,578,318 – 14,578,428
Length 110
Sequences 6
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 73.03
Mean single sequence MFE -34.37
Consensus MFE -12.51
Energy contribution -13.43
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.00
Structure conservation index 0.36
SVM decision value 0.16
SVM RNA-class probability 0.611068
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14578318 110 - 20766785
UUUUUUUUUUGCGGU--GUGCGUGCGGUUGGUAUGCAAUUGAAGGUGA--CACUGAAAUUUGCAUAAUUCUGUUGUCACAUGUCGCAUACGCCAUGUAUGAUAGCCGCAAAA-GG
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>DroVir_CAF1 287221 108 - 1
AUCUGA-----GUGUGUGCGUGUGUGCGUGGCCUGCUUUUGAAUCUGAUGCGCCAGAAUUUGCAUAAUUCUGCUGUCAGAUGACGCAUACGCCGUGUAUGACAGCCGCUAAA-G-
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>DroPse_CAF1 206704 109 - 1
UCUCU----CUCUGUGUGUUUGUGUGUGUGGCAUGCAAUCGAAGGUGA--CACUGGAAUUUGCAUAAUGCUAUUGUCACCUGACGCAUAUUCCAUGCACUAUAGCCGCGAAAGGG
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>DroEre_CAF1 217382 106 - 1
UUU----UUUGCGGU--GUGCGUGCGGUUGGUAUGCAAUUGAAGGUGA--CACUGAAAUUUGCAUAAUUCUGUUGUCACAUGUCGCAUACGCCAUGUAUGAUAGCCGCAAAA-GG
.((----((((((((--...((((((((..((((((....((..((((--((.(..((((.....))))..).))))))...)))))))))))..)))))...)))))))))-). ( -37.70)
>DroMoj_CAF1 349173 107 - 1
--CUGA----UUUGUGUGUGUGUGUGUAUGUCCUGCAAUUGAAGCUGAUGCGCCCAAAUUUGCAUAAUGCUUUUGUCAGAUGACGCAUACGCCGUGUAUGACAGCCGUGAAA-G-
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>DroAna_CAF1 249456 94 - 1
UUU--------------CUGCGUG----UGGCCUGCAAUUGGAGGUGA--CACUGAAAUUUGCAUAAUUCUGUUGUCACAUGUCGCAUACGCCAUGUAUGAUAGCCGCAAGG-GG
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>consensus
UUUU_______CUGU__GUGCGUGUGGGUGGCAUGCAAUUGAAGGUGA__CACUGAAAUUUGCAUAAUUCUGUUGUCACAUGACGCAUACGCCAUGUAUGAUAGCCGCAAAA_GG
..................((((...........(((((.....((((...)))).....))))).......(((((((((((.((....)).))))..)))))))))))...... (-12.51 = -13.43 +   0.92)

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secondary structure

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