Locus 4427

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	14,543,620 – 14,543,764
Length	144
Max. P	0.698913

overview

Window 6

Location	14,543,620 – 14,543,726
Length	106
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.45
Mean single sequence MFE	-38.40
Consensus MFE	-25.09
Energy contribution	-24.78
Covariance contribution	-0.30
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-2.16
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	0.35
SVM RNA-class probability	0.698913
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14543620 106 + 20766785
CUGC---GAUUCCAGACGAUUUGGCUGAGAUUGCUA------GUCGUGUCCACCAGCUGGGUGAGAUUGCCAUUCAGCUCGAUGAAGAGGCUCUCGUUGAGCAAAAUGGCUGGCA
..((---(((..(((.(......))))..)))))..------(((..(((((((.....)))).))).((((((..(((((((((........)))))))))..)))))).))). ( -40.00)
>DroVir_CAF1 225505 103 + 1
UUGAUAAUGUUCCAGUUGUUUUGGUU---AAUGUUG---------CUGCCAUCCAGCUGGGUCAGGCUGCCAUUCAGUUCAAUGAAGAGGCUCUCAUUGAACAAUAUUGCUGGCA
.......((..(((((((...((((.---.......---------..))))..)))))))..)).(((((.((...(((((((((........)))))))))...)).)).))). ( -31.00)
>DroPse_CAF1 171381 106 + 1
CUGC---GAUUCCAAAUGAUUUGGCUCAAAUUGGUG------GUCGUGCCUUCGAACUGGGUUAGAUUGCCAUUCAGCUCGAUGAAGAGGCUCUCGUUGAGCAAAAUGGCAGGCA
..((---..........(((((((((((..((((.(------(.....)).))))..)))))))))))((((((..(((((((((........)))))))))..))))))..)). ( -38.60)
>DroYak_CAF1 189116 112 + 1
CUGC---GAUUCCACACGAUUUGGCUGAGAUUGGUGGUGUUGGUCGUGUCCACCAGCUGGGUGAGAUUGCCAUUCAGCUCGAUGAAGAGGCUCUCGUUGAGCAAAAUGGCUGGCA
...(---(((.((((.((((((.....)))))))))).))))(((..(((((((.....)))).))).((((((..(((((((((........)))))))))..)))))).))). ( -42.80)
>DroAna_CAF1 207197 109 + 1
CUGC---GAUUCCAGAUGAUUUGGCUGAGAUUGGUGCCG---AUGGUGUCCUCCAGCUGGGUGAGAUUGCCAUUCAGCUCGAUGAAGAGGCUGUCGUUGAGCAAAAUGGCUGGCA
..((---.........(.(((..((((.((..((..((.---..))..)).))))))..))).)....((((((..(((((((((........)))))))))..))))))..)). ( -38.60)
>DroPer_CAF1 173681 106 + 1
CUGC---GAUUCCAAAUGAUUUGGCUCAAAUUGGUG------GUCGUGCCUUCCAACUGGGUUAGAUUGCCAUUCAGCUCGAUGAAGAGGCUCUCGUUGAGCAAAAUGGCAGGCA
..((---..........(((((((((((..((((.(------(.....))..)))).)))))))))))((((((..(((((((((........)))))))))..))))))..)). ( -39.40)
>consensus
CUGC___GAUUCCAGAUGAUUUGGCUGAGAUUGGUG______GUCGUGCCCUCCAGCUGGGUGAGAUUGCCAUUCAGCUCGAUGAAGAGGCUCUCGUUGAGCAAAAUGGCUGGCA
...........((((.....))))......................((((..((....))........((((((..(((((((((........)))))))))..)))))).)))) (-25.09 = -24.78 +  -0.30)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	14,543,653 – 14,543,764
Length	111
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.37
Mean single sequence MFE	-35.40
Consensus MFE	-24.09
Energy contribution	-23.53
Covariance contribution	-0.55
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-1.88
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.28
SVM RNA-class probability	0.664206
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14543653 111 + 20766785
GUCGUGUC---CACCAGCUGGGUGAGAUUGCCAUUCAGCUCGAUGAAGAGGCUCUCGUUGAGCAAAAUGGCUGGCAGUUCUAUUUCCAAAAUGCUCGCUGGGACAUCGUCA-UCG-
(.((((((---(..((((.((((......((((((..(((((((((........)))))))))..))))))(((.((......)))))....))))))))))))).)).).-...- ( -40.30)
>DroVir_CAF1 225538 106 + 1
---CUGCC---AUCCAGCUGGGUCAGGCUGCCAUUCAGUUCAAUGAAGAGGCUCUCAUUGAACAAUAUUGCUGGCAGUUCUAUUUCCAAAAUGCU---UGGAACAUCACCAAUUG-
---(((((---(..(((((......))))).......(((((((((........)))))))))........))))))......((((((.....)---)))))............- ( -30.60)
>DroPse_CAF1 171414 111 + 1
GUCGUGCC---UUCGAACUGGGUUAGAUUGCCAUUCAGCUCGAUGAAGAGGCUCUCGUUGAGCAAAAUGGCAGGCAGUUCUAUUUCAAAAAUGCUCGUGGGGACAUCGUCA-UCC-
...((.((---(.(((.(((((.((((((((((((..(((((((((........)))))))))..)))))))).....)))).)))).....).))).))).)).......-...- ( -34.50)
>DroGri_CAF1 202376 106 + 1
---UUGCC---AUCGAGCUGCGUGAGGCUGCCAUUCAGUUCAAUGAAGAGACUCUCGUUGAACAAUAUUGCUGGCAGUUCUAUUUCCAAAAUGCU---UGGCACAUCACCAAUUG-
---.((((---(...(((..(....)(((((((..(((((((((((........))))))))).....)).)))))))..............)))---)))))............- ( -28.80)
>DroMoj_CAF1 283835 109 + 1
---CUGCCAGCAUCCAGCUGGGUUAGGCUGCCAUUCAGUUCAAUGAAGAGGCUCUCGUUGAACAAUAUGGCUGGCAGUUCUAUUUCCAAAAUGCU---UGGGACAUCACCAAUUG-
---((((((((...(((((......))))).(((...(((((((((........)))))))))...)))))))))))......((((((.....)---)))))............- ( -37.60)
>DroAna_CAF1 207233 112 + 1
AUGGUGUC---CUCCAGCUGGGUGAGAUUGCCAUUCAGCUCGAUGAAGAGGCUGUCGUUGAGCAAAAUGGCUGGCAGUUCUAUUUCCAAAAUGCUCGCUGGGACGUCGACA-UCCA
..((((((---..(...((.((((((...((((((..(((((((((........)))))))))..))))))(((.((......))))).....)))))).))..)..))))-)).. ( -40.60)
>consensus
___GUGCC___AUCCAGCUGGGUGAGACUGCCAUUCAGCUCAAUGAAGAGGCUCUCGUUGAACAAAAUGGCUGGCAGUUCUAUUUCCAAAAUGCU___UGGGACAUCACCA_UCG_
..................((((..(((((((((.((((((((((((........)))))))))....))).)))))).)))...))))............................ (-24.09 = -23.53 +  -0.55)

alignment

secondary structure

dotplot

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