Locus 4419

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	14,524,173 – 14,524,306
Length	133
Max. P	0.991679

overview

Window 4

Location	14,524,173 – 14,524,267
Length	94
Sequences	6
Columns	100
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.97
Mean single sequence MFE	-29.80
Consensus MFE	-25.43
Energy contribution	-25.10
Covariance contribution	-0.33
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.85
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	1.54
SVM RNA-class probability	0.962743
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14524173 94 + 20766785
AA------CAGCAAACCUCAGUGGCAACCGAAUUGGUAGCAGCAACUGUGGCAGCUACAGUUACAGGAUUUAUAUGUUGCCGCAUAAAUUUGUUUGCCGG
..------.............((((((.((((((.(..((((((.(((((((.......)))))))........))))))..)...)))))).)))))). ( -28.50)
>DroPse_CAF1 153259 77 + 1
----------------------GGCAACUGCGUU-GUGGCAGCAACUGUGGCAGCUACUGUUACAGGAUUUAUAUGUUGCCGCAUAAAUUUGUUUGCUAG
----------------------((((((.....(-(((((((((.(((((((((...)))))))))........)))))))))).......).))))).. ( -28.00)
>DroSec_CAF1 156468 100 + 1
AACAACAACGGCAAACCUCAGUGGCAACCGAAUUGGUAGCAGCAACUGUGGCAGCUACAGUUACAGGAUUUAUAUGUUGCCGCAUAAAUUUGUUUGCCGG
........((((((((....((.((.(((.....))).)).))...(((((((((...((((....)))).....))))))))).......)))))))). ( -32.90)
>DroSim_CAF1 157591 100 + 1
AACAACAACGGCAAACCUCAGUGGCAACCGAAUUGGUAGCAGCAACUGUGGCAGCUACAGUUACAGGAUUUAUAUGUUGCCGCAUAAAUUUGUUUGCCGG
........((((((((....((.((.(((.....))).)).))...(((((((((...((((....)))).....))))))))).......)))))))). ( -32.90)
>DroYak_CAF1 160526 94 + 1
--CAAAAAC----UACAUCAGUGGCAACCGAAUUGGUAGCAGCAACUGUGGCAGCUACAGUUACAGGAUUUAUAUGUUGCCGCAUAAAUUUGUUUGCCGG
--.......----........((((((.((((((.(..((((((.(((((((.......)))))))........))))))..)...)))))).)))))). ( -28.50)
>DroPer_CAF1 155465 77 + 1
----------------------GGCAACUGCGUU-GUGGCAGCAACUGUGGCAGCUACUGUUACAGGAUUUAUAUGUUGCCGCAUAAAUUUGUUUGCUAG
----------------------((((((.....(-(((((((((.(((((((((...)))))))))........)))))))))).......).))))).. ( -28.00)
>consensus
________C____AACCUCAGUGGCAACCGAAUUGGUAGCAGCAACUGUGGCAGCUACAGUUACAGGAUUUAUAUGUUGCCGCAUAAAUUUGUUUGCCGG
......................(((((.((((((.((.((((((.(((((((.......)))))))........)))))).))...)))))).))))).. (-25.43 = -25.10 +  -0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	14,524,173 – 14,524,267
Length	94
Sequences	6
Columns	100
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.97
Mean single sequence MFE	-25.62
Consensus MFE	-18.37
Energy contribution	-18.70
Covariance contribution	0.33
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.42
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.84
SVM RNA-class probability	0.865019
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14524173 94 - 20766785
CCGGCAAACAAAUUUAUGCGGCAACAUAUAAAUCCUGUAACUGUAGCUGCCACAGUUGCUGCUACCAAUUCGGUUGCCACUGAGGUUUGCUG------UU
.((((((((........(((((.(((((((.....))))..))).)))))..((((.((....(((.....))).)).))))..))))))))------.. ( -29.20)
>DroPse_CAF1 153259 77 - 1
CUAGCAAACAAAUUUAUGCGGCAACAUAUAAAUCCUGUAACAGUAGCUGCCACAGUUGCUGCCAC-AACGCAGUUGCC----------------------
...(((..........)))((((((.((((.....)))).(((((((((...)))))))))....-......))))))---------------------- ( -20.10)
>DroSec_CAF1 156468 100 - 1
CCGGCAAACAAAUUUAUGCGGCAACAUAUAAAUCCUGUAACUGUAGCUGCCACAGUUGCUGCUACCAAUUCGGUUGCCACUGAGGUUUGCCGUUGUUGUU
.((((((((........(((((.(((((((.....))))..))).)))))..((((.((....(((.....))).)).))))..))))))))........ ( -31.40)
>DroSim_CAF1 157591 100 - 1
CCGGCAAACAAAUUUAUGCGGCAACAUAUAAAUCCUGUAACUGUAGCUGCCACAGUUGCUGCUACCAAUUCGGUUGCCACUGAGGUUUGCCGUUGUUGUU
.((((((((........(((((.(((((((.....))))..))).)))))..((((.((....(((.....))).)).))))..))))))))........ ( -31.40)
>DroYak_CAF1 160526 94 - 1
CCGGCAAACAAAUUUAUGCGGCAACAUAUAAAUCCUGUAACUGUAGCUGCCACAGUUGCUGCUACCAAUUCGGUUGCCACUGAUGUA----GUUUUUG--
..(((((....(((((((.(....).))))))).(((.....(((((.((.......)).))))).....)))))))).........----.......-- ( -21.50)
>DroPer_CAF1 155465 77 - 1
CUAGCAAACAAAUUUAUGCGGCAACAUAUAAAUCCUGUAACAGUAGCUGCCACAGUUGCUGCCAC-AACGCAGUUGCC----------------------
...(((..........)))((((((.((((.....)))).(((((((((...)))))))))....-......))))))---------------------- ( -20.10)
>consensus
CCGGCAAACAAAUUUAUGCGGCAACAUAUAAAUCCUGUAACUGUAGCUGCCACAGUUGCUGCUACCAAUUCGGUUGCCACUGAGGUU____G________
..((((((((.(((((((.(....).)))))))..)))....(((((.((....)).)))))...........)))))...................... (-18.37 = -18.70 +   0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	14,524,201 – 14,524,306
Length	105
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.97
Mean single sequence MFE	-31.75
Consensus MFE	-15.65
Energy contribution	-14.57
Covariance contribution	-1.08
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-3.05
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	2.28
SVM RNA-class probability	0.991679
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14524201 105 + 20766785
GGUAGCAGCA---ACUGU-GGCAGCUA------CAGUUACAGGAUUUAUAUGUUGCCGCAUAAAUUUGUUUGCCGGCAAAUGUUGCGCAUACGCCACGUAUGUA-GUACAAAUACU
.(((((((((---.((((-(((.....------..)))))))..........((((((((..........)).)))))).))))))(((((((...))))))).-.)))....... ( -32.80)
>DroVir_CAF1 200303 92 + 1
---AGCAACAAGCACUGAAAGCAGCUG------CA-------GAUUUAUGUGUAAUCGCAUAAAUUUGUUUGCCAGCAAAUGUUGCGCAUACGCCAUGUA-----GCAC---CACU
---.((((((....(((...((((..(------((-------((((((((((....))))))))))))))))))))....))))))((.(((.....)))-----))..---.... ( -29.30)
>DroPse_CAF1 153271 104 + 1
-GUGGCAGCA---ACUGU-GGCAGCUA------CUGUUACAGGAUUUAUAUGUUGCCGCAUAAAUUUGUUUGCUAGCAAAUGUUGCGCAUACGCCAUGUAUGUA-CUACACAUACU
-(((((....---.((((-(((((...------))))))))).........(((((.(((...(((((((....)))))))..)))))).)))))))((((((.-....)))))). ( -35.30)
>DroGri_CAF1 178535 92 + 1
---AGCAACAAGCACUGAAAGCAGCUG------CA-------GAUUUAUGUGUAAUCGCAUAAAUUUGUUUGCCAGCAAAUGUUGCGCAUUUGCCAUGUA-----GCAC---UACU
---.((.(((..........((((..(------((-------((((((((((....)))))))))))))))))..(((((((.....)))))))..))).-----))..---.... ( -29.60)
>DroAna_CAF1 173695 112 + 1
AGUAGCGGCA---ACUGU-GCCAGCUAAAGUUACAGUUACACGAUUUAUAUGCUGCCGCAUAAAUUUGUUUGCCGACAAAUGUUGCGCAUACGCCAUGUAUUUAUGUACUCGCACU
(((.((((((---(((((-(.(.......).)))))))..........(((((....))))).....((.(((((((....)))).))).)))))..((((....))))..))))) ( -28.20)
>DroPer_CAF1 155477 104 + 1
-GUGGCAGCA---ACUGU-GGCAGCUA------CUGUUACAGGAUUUAUAUGUUGCCGCAUAAAUUUGUUUGCUAGCAAAUGUUGCGCAUACGCCAUGUAUGUA-CUACACAUACU
-(((((....---.((((-(((((...------))))))))).........(((((.(((...(((((((....)))))))..)))))).)))))))((((((.-....)))))). ( -35.30)
>consensus
_GUAGCAGCA___ACUGU_GGCAGCUA______CAGUUACAGGAUUUAUAUGUUGCCGCAUAAAUUUGUUUGCCAGCAAAUGUUGCGCAUACGCCAUGUAUGUA_GUACACAUACU
....(((((.....(((....)))........................(((((....))))).(((((((....))))))))))))((....))...................... (-15.65 = -14.57 +  -1.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	14,524,201 – 14,524,306
Length	105
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.97
Mean single sequence MFE	-26.58
Consensus MFE	-15.59
Energy contribution	-14.53
Covariance contribution	-1.05
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-1.67
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	0.47
SVM RNA-class probability	0.749227
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14524201 105 - 20766785
AGUAUUUGUAC-UACAUACGUGGCGUAUGCGCAACAUUUGCCGGCAAACAAAUUUAUGCGGCAACAUAUAAAUCCUGUAACUG------UAGCUGCC-ACAGU---UGCUGCUACC
((((....)))-)......(((((((.((((((.....)))..))).))..(((((((.(....).)))))))...(((((((------(.......-)))))---))).))))). ( -25.70)
>DroVir_CAF1 200303 92 - 1
AGUG---GUGC-----UACAUGGCGUAUGCGCAACAUUUGCUGGCAAACAAAUUUAUGCGAUUACACAUAAAUC-------UG------CAGCUGCUUUCAGUGCUUGUUGCU---
....---..((-----(((.....))).))((((((..((((((((..((.(((((((.(....).))))))).-------))------....)))...)))))..)))))).--- ( -22.30)
>DroPse_CAF1 153271 104 - 1
AGUAUGUGUAG-UACAUACAUGGCGUAUGCGCAACAUUUGCUAGCAAACAAAUUUAUGCGGCAACAUAUAAAUCCUGUAACAG------UAGCUGCC-ACAGU---UGCUGCCAC-
((((.((((.(-..(((((.....)))))..).)))).)))).....(((.(((((((.(....).)))))))..)))..(((------((((((..-.))))---)))))....- ( -29.50)
>DroGri_CAF1 178535 92 - 1
AGUA---GUGC-----UACAUGGCAAAUGCGCAACAUUUGCUGGCAAACAAAUUUAUGCGAUUACACAUAAAUC-------UG------CAGCUGCUUUCAGUGCUUGUUGCU---
.(((---.(((-----(....))))..)))((((((..((((((((..((.(((((((.(....).))))))).-------))------....)))...)))))..)))))).--- ( -24.20)
>DroAna_CAF1 173695 112 - 1
AGUGCGAGUACAUAAAUACAUGGCGUAUGCGCAACAUUUGUCGGCAAACAAAUUUAUGCGGCAGCAUAUAAAUCGUGUAACUGUAACUUUAGCUGGC-ACAGU---UGCCGCUACU
.....(((((((....(((((((.((((((((..(((((((......))))....)))..)).))))))...)))))))..))).))))((((.(((-(....---)))))))).. ( -28.30)
>DroPer_CAF1 155477 104 - 1
AGUAUGUGUAG-UACAUACAUGGCGUAUGCGCAACAUUUGCUAGCAAACAAAUUUAUGCGGCAACAUAUAAAUCCUGUAACAG------UAGCUGCC-ACAGU---UGCUGCCAC-
((((.((((.(-..(((((.....)))))..).)))).)))).....(((.(((((((.(....).)))))))..)))..(((------((((((..-.))))---)))))....- ( -29.50)
>consensus
AGUAUGUGUAC_UACAUACAUGGCGUAUGCGCAACAUUUGCUGGCAAACAAAUUUAUGCGGCAACAUAUAAAUCCUGUAACUG______UAGCUGCC_ACAGU___UGCUGCUAC_
.......(((......))).((((......(((.....))).((((.....(((((((.(....).)))))))..................((((....))))...)))))))).. (-15.59 = -14.53 +  -1.05)

alignment

secondary structure

dotplot

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