Locus 4413

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 14,515,196 – 14,515,298
Length 102
Max. P 0.987145
window7055 window7056

overview

Window 5

Location 14,515,196 – 14,515,298
Length 102
Sequences 6
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 72.89
Mean single sequence MFE -31.02
Consensus MFE -12.75
Energy contribution -14.78
Covariance contribution 2.03
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.58
Structure conservation index 0.41
SVM decision value 2.07
SVM RNA-class probability 0.987145
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14515196 102 + 20766785
-G--AGUGUGCGUGUGUAUCUGUAUGAAUGAAUAUACCACACACUAUAUAC-GUGUAC----AUAUAUACAUGGAGUUGUGCUUUAGUGGCAUAUGCACCCUUGCUGCAU
-(--((.((((((((((...(((((......))))).....(((((....(-(((((.----.....))))))(((.....)))))))))))))))))).)))....... ( -27.60)
>DroSec_CAF1 147384 95 + 1
-G--AGUGUGCGUGUGUAUCUGUGUGAAUGAAUAUACCACA-------UAC-AUGUAC----AUAUUUACAUCCAGUUGUGCUUUAGUGGAAUAUGCACGCCUGCUGCAU
-.--.((((((((((((((.((((((..((.......))))-------)))-).))))----)))).....((((.(........).))))....))))))......... ( -25.90)
>DroSim_CAF1 148511 102 + 1
-G--AGUGUGCGUGUGUAUCUGUGUGAAUGAAUAUACCACACACUAUAUAC-GUGUAC----AUAUAUACAUGGAGUUGUGCUUUAGUGGCAUAUGCACGCUUGCUGCAU
-(--(((((((((((((....(((((...........)))))((((....(-(((((.----.....))))))(((.....))))))).))))))))))))))....... ( -32.90)
>DroEre_CAF1 152827 102 + 1
-G--UGUGUGCGUGUGUAUCUGUGUGAAUGAAUAUACCACACACUA--UAC-GUGUACACACAUGUAUACAUGGAGUUGUGCUUUAGUGACA--UGCACGGUUGGUGCAU
-(--((((((((((((((..((((((...........)))))).))--)))-))))))))))((((.(((.(((((.....)))))))))))--)((((.....)))).. ( -37.40)
>DroYak_CAF1 151088 105 + 1
-G--UGUGUGCGUGUGUAUCUGUGUGAAUGAAUAUACCACACACUA--CGCUGCAUAUACGUAUUUAUACAUGGAGUUGUGCUUUAGUGACAUAUGCACGGUUGCUGCAU
-(--((((((((.(((((..((((((...........)))))).))--))))))))))))(((....)))(((.((((((((.............)))))...))).))) ( -32.42)
>DroAna_CAF1 161632 86 + 1
AGACUGUGUCUGUGUGUGUCUGUGAUAGU-------------UCUAUGUGC-GA--------GUGUGUGAGUGGCAUAGUGAUAUGUCAC--UAUGCACGGGCGCUGCAU
.(...(((((((((((((...((((((..-------------((..(((((-.(--------.(.....).).)))))..))..))))))--)))))))))))))..).. ( -29.90)
>consensus
_G__AGUGUGCGUGUGUAUCUGUGUGAAUGAAUAUACCACACACUA__UAC_GUGUAC____AUAUAUACAUGGAGUUGUGCUUUAGUGGCAUAUGCACGCUUGCUGCAU
.......((((((((((....(((((...........))))).........................(((.(((((.....))))))))))))))))))........... (-12.75 = -14.78 +   2.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 14,515,196 – 14,515,298
Length 102
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 72.89
Mean single sequence MFE -22.61
Consensus MFE -9.04
Energy contribution -11.71
Covariance contribution 2.67
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.30
Structure conservation index 0.40
SVM decision value 1.32
SVM RNA-class probability 0.941616
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14515196 102 - 20766785
AUGCAGCAAGGGUGCAUAUGCCACUAAAGCACAACUCCAUGUAUAUAU----GUACAC-GUAUAUAGUGUGUGGUAUAUUCAUUCAUACAGAUACACACGCACACU--C-
.(((.....(((((.(((((((((....((((.((.....))((((((----(....)-)))))).))))))))))))).))))).....(.....)..)))....--.- ( -24.90)
>DroSec_CAF1 147384 95 - 1
AUGCAGCAGGCGUGCAUAUUCCACUAAAGCACAACUGGAUGUAAAUAU----GUACAU-GUA-------UGUGGUAUAUUCAUUCACACAGAUACACACGCACACU--C-
.(((.......((((((((((((............)))).....))))----)))).(-(((-------(.((((..........)).)).)))))...)))....--.- ( -17.80)
>DroSim_CAF1 148511 102 - 1
AUGCAGCAAGCGUGCAUAUGCCACUAAAGCACAACUCCAUGUAUAUAU----GUACAC-GUAUAUAGUGUGUGGUAUAUUCAUUCACACAGAUACACACGCACACU--C-
.........(((((.(((((((((....((((.((.....))((((((----(....)-)))))).)))))))))))))....((.....))....))))).....--.- ( -24.80)
>DroEre_CAF1 152827 102 - 1
AUGCACCAACCGUGCA--UGUCACUAAAGCACAACUCCAUGUAUACAUGUGUGUACAC-GUA--UAGUGUGUGGUAUAUUCAUUCACACAGAUACACACGCACACA--C-
((((((.....)))))--).........((.........(((((((....))))))).-(((--(..(((((((.........))))))).))))....)).....--.- ( -27.00)
>DroYak_CAF1 151088 105 - 1
AUGCAGCAACCGUGCAUAUGUCACUAAAGCACAACUCCAUGUAUAAAUACGUAUAUGCAGCG--UAGUGUGUGGUAUAUUCAUUCACACAGAUACACACGCACACA--C-
((((.(((...((((.............))))......(((((....)))))...))).)))--).(((((((((((..............)))).)))))))...--.- ( -24.96)
>DroAna_CAF1 161632 86 - 1
AUGCAGCGCCCGUGCAUA--GUGACAUAUCACUAUGCCACUCACACAC--------UC-GCACAUAGA-------------ACUAUCACAGACACACACAGACACAGUCU
.(((((.(...(((((((--((((....)))))))).))).....).)--------).-)))......-------------........((((.............)))) ( -16.22)
>consensus
AUGCAGCAACCGUGCAUAUGCCACUAAAGCACAACUCCAUGUAUAUAU____GUACAC_GUA__UAGUGUGUGGUAUAUUCAUUCACACAGAUACACACGCACACA__C_
.(((.......((((.............)))).......(((((........)))))..)))....(((((((((((..............)))).)))))))....... ( -9.04 = -11.71 +   2.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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