| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,471,421 – 14,471,535 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.507902 |
| Location | 14,471,421 – 14,471,535 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.25 |
| Mean single sequence MFE | -55.70 |
| Consensus MFE | -34.84 |
| Energy contribution | -35.93 |
| Covariance contribution | 1.09 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -1.54 |
| Structure conservation index | 0.63 |
| SVM decision value | -0.05 |
| SVM RNA-class probability | 0.507902 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14471421 114 + 20766785 UCAAUAGUCGCAAUGGGGGCA------GGUUGCCGGUGGUCAUGCUGCCAUCUGCAGCGGGAAUGGCCAGUGGACUGGCGGAAAGUGGUUAUGUGCUGCGCAAGAGUGCCAGUUGUGAUU .....(((((((((.((((((------.((.((((.(..((.((((((.....))))))......(((((....)))))))..).)))).)).)))).(....)....)).))))))))) ( -43.80) >DroVir_CAF1 129887 117 + 1 UCAGCAGCCGCAAU---AGCGGCAACAGGCUGCCGGUGGUGAUGCUGCCCUCCGCAGCGGGCCUGGCCAGCGGUUGGGUCGAGAGCGGCUAUGUGCUGCGCAAGAGCGCCAGCUGCGACU ...(((((.(((((---(((.((.....(((((.((.(((......)))..))))))).((((..(((...)))..))))....)).))))).))).((((....))))..))))).... ( -56.40) >DroPse_CAF1 100913 120 + 1 UCCACAGUCGGAACGGCAGCGGCAAUCGGCUGCCGGUGGUGAUGCUGCCCUCGGCCGCGGGCAUGGCCAGCGGACUGGCGGAGAGCGGCUAUGUGCUGCGCAAGAGCGCCAGCUGCGACU (((.(((((.(..(((((((.(....).))))))).((((.((((((((...)))....))))).)))).).)))))..)))..((((((..(((((.(....)))))).)))))).... ( -60.40) >DroMoj_CAF1 164995 120 + 1 UCAGCAGCCGCAAUGGCAGCGGCAAUCGGCUGCCCAUUGUCAUGCUGCCAUCGGCCGCGGGCCUGGCCAGCGGCUGGAUGGAGAGCGGCUAUGUGUUGCGUAAGAGCGCCAGCUGUGAUU .((((((((((..(((((((((((((.((....))))))))..)))))))((((((((.(((...))).)))))))).......))))))..(((((.(....))))))..))))..... ( -60.50) >DroAna_CAF1 115874 111 + 1 UCAGCAGUCGGAAUG---GCA------GGCUGCCGGUGGUGAUGCUGCCGUCGGCGGCGGGCGUGGCCAGCGGGCUGGCGGAGAGCGGGUAUGUCCUGCGGAAGAGUGCCAGCUGCGACU .....((((((.(((---.(.------.(((((((..(((......)))..))))))).).)))..)).((((.((((((....(((((.....))))).......)))))))))))))) ( -54.70) >DroPer_CAF1 103473 120 + 1 UCCACAGUCGGAACGGCAGCGGCAAUCGGCUGCCGGUGGUGAUGCUGCCCUCGGCCGCGGGCAUGGCCAGCGGACUGGCGGAGAGCGGCUAUGUGCUGCGCAAGAGCGCCAGCUGUGACU ..((((((.....(((((((.(....).))))))).(((((...((((((((((((((.(((...))).)))).)))).))...(((((.....))))))).))..)))))))))))... ( -58.40) >consensus UCAACAGUCGCAAUGGCAGCGGCAAUCGGCUGCCGGUGGUGAUGCUGCCCUCGGCCGCGGGCAUGGCCAGCGGACUGGCGGAGAGCGGCUAUGUGCUGCGCAAGAGCGCCAGCUGCGACU ((..(((((.........(((((.....)))))((.((((.(((((((........)).))))).)))).)))))))...))..((((((..(((((.(....)))))).)))))).... (-34.84 = -35.93 + 1.09)
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