Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,434,334 – 14,434,451 |
Length | 117 |
Max. P | 0.653172 |
Location | 14,434,334 – 14,434,451 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.85 |
Mean single sequence MFE | -27.10 |
Consensus MFE | -18.60 |
Energy contribution | -18.38 |
Covariance contribution | -0.22 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.28 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.25 |
SVM RNA-class probability | 0.653172 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14434334 117 - 20766785 GGGGCACAGCCAGCAGGCGACUCUAAUGCAUGAUUUAUAGUAAAAUAUUUAUUUUUACUGUUAAGUAUAUGCCGCAGACAGUGCAGUGAUAAAAAAUCCGACAGGCGUAUGAAAUGC ((((....(((....)))..))))...((((.(((((((((((((.......)))))))).)))))((((((((((.....))).(.(((.....))))....)))))))...)))) ( -27.50) >DroPse_CAF1 64804 92 - 1 GAGGCAGAGCCAGCAGGCGACUCUAAUGCAUGAUUUAUAGUAAAAUAUUUAUUUUUACUGUUAAGUAUAUGCCACAGUCGGUA--GUCAGCGAA----------------------- ...((...(((....)))(((((..((((((((((((((((((((.......)))))))).))))).)))))....))..).)--))).))...----------------------- ( -24.00) >DroEre_CAF1 67932 116 - 1 GGGGCACAGCCAGCAGGCGACUCUAAUGCAUGAUUUAUAGUAAAAUAUUUAUUUUUACUGUUAAGUAUAUGCCGCAGACAGUGCAGUGCGGAA-AAUGCGAUGGGCGUACGGAAAGC ...((((.(((....)))...(((...((((((((((((((((((.......)))))))).))))).)))))...)))..)))).(((((...-...........)))))....... ( -29.04) >DroYak_CAF1 68396 117 - 1 GGGGCACAGCCAGCAGGCGACUCUAAUGCAUGAUUUAUAGUAAAAUAUUUAUUUUUACUGUUAAGUAUAUGCCGCAGCCGGUGCAGUGAGGAAAAAUGCGACAGGCGUAUGGAAUGC ...(((...(((((((....)).....((((((((((((((((((.......)))))))).))))).))))).)).(((..((((...........))))...)))...)))..))) ( -29.40) >DroAna_CAF1 77044 102 - 1 GAGGCAGAGCCAGCAGGCGACUCUAAUGCAUGAUUUAUAGUAAAAUAUUUAUUUUUACUGUUAAGUACA-GCCUCAAACAGUGCAGUGAGAGAAAAGUUGCCA-------------- ..(((((.(((....)))..((((..(((((.(((((((((((((.......)))))))).)))))...-..........)))))...)))).....))))).-------------- ( -28.64) >DroPer_CAF1 67334 92 - 1 GAGGCAGAGCCAGCAGGCGACUCUAAUGCAUGAUUUAUAGUAAAAUAUUUAUUUUUACUGUUAAGUAUAUGCCACAGUCGGUA--GUCAGCGAG----------------------- ...((...(((....)))(((((..((((((((((((((((((((.......)))))))).))))).)))))....))..).)--))).))...----------------------- ( -24.00) >consensus GAGGCACAGCCAGCAGGCGACUCUAAUGCAUGAUUUAUAGUAAAAUAUUUAUUUUUACUGUUAAGUAUAUGCCGCAGACAGUGCAGUGAGAAAAAAU_CGACA______________ (((.....(((....)))..)))....((((((((((((((((((.......)))))))).))))).)))))............................................. (-18.60 = -18.38 + -0.22)
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