Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,335,731 – 14,335,849 |
Length | 118 |
Max. P | 0.999687 |
Location | 14,335,731 – 14,335,849 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 5 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.87 |
Mean single sequence MFE | -37.26 |
Consensus MFE | -33.14 |
Energy contribution | -34.02 |
Covariance contribution | 0.88 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -4.77 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 3.89 |
SVM RNA-class probability | 0.999687 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14335731 118 + 20766785 UUUU-UUCCCUUUUACAUCUGACUAAAAGGCUGUUAGUAUGUUGUGAGCUGGAAAAACUGUAUUGUUUUUCUGUGUUCAUCGUUUAUUUUUGGCCUUCUUGAAAUAUGUAAAUAGGGAU ....-.((((((((((((........(((((((..((((.(..(((((((((((((((......))))))))).))))))..).))))..)))))))........))))))).))))). ( -37.79) >DroSec_CAF1 1237 119 + 1 UUUUGUACCCUUUUACAUCUGACUAAAAGGCUGUUAGUACGUUGUAAGCUGGAAAAACUGCAUUGUUUUUCUGUGUCUAUCAUUUACUUUUGGCCUUCUGGAAACAUGUAAAUAGGGAU .......(((((((((((.(..(((.(((((((..((((.((.(((..((((((((((......))))))))).)..))).)).))))..))))))).)))..).))))))).)))).. ( -37.60) >DroSim_CAF1 1241 119 + 1 GUUUGUACCCUUUUACAUCUGACUAAAAGGCUUUUAGUAUGUUGUGAGCUGGAAAAACUGCAUUGUUUUUCCAUGUUCAUUAUUUACUUUUGGCCUUCUGGAAACAUGUAAAUAGGGAU .......(((((((((((.(..(((.((((((...((((.((.(((((((((((((((......))))))))).)))))).)).))))...)))))).)))..).))))))).)))).. ( -45.40) >DroEre_CAF1 1212 118 + 1 UCCGUUACGCUUUUACAUCUGACUAAUAAGCUGUUAGUAUUUUGUGAGCUAGAA-AACUUCCCUGCUUUUCUUUGUUCACCGUGUACUUUUGGCCUUCUAGAAACAUGUAAAUUGGGAU .......(.(.(((((((.(..(((..(.((((..(((((...((((((.((((-(((......).))))))..))))))...)))))..)))).)..)))..).)))))))..).).. ( -26.90) >DroYak_CAF1 1202 119 + 1 UCCGUUACCCUUUUACAUCUGUCUAAUAAGCUGUCAGUAUUCUGUGAGCUAGAAAAACUGCACUGUUUUUCUUUGUUCGCCGUGUACUUUUGGCCUUCUAGAAACAUGUAAAUUGGGAU .......(((.(((((((...((((..(.((((..(((((.(.((((((.((((((((......))))))))..)))))).).)))))..)))).)..))))...)))))))..))).. ( -38.60) >consensus UUUUGUACCCUUUUACAUCUGACUAAAAGGCUGUUAGUAUGUUGUGAGCUGGAAAAACUGCAUUGUUUUUCUGUGUUCAUCGUUUACUUUUGGCCUUCUAGAAACAUGUAAAUAGGGAU .......(((((((((((.(..(((.(((((((..((((..(.(((((((((((((((......))))))))).)))))).)..))))..))))))).)))..).))))))).)))).. (-33.14 = -34.02 + 0.88)
Location | 14,335,731 – 14,335,849 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 5 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.87 |
Mean single sequence MFE | -28.49 |
Consensus MFE | -22.06 |
Energy contribution | -23.02 |
Covariance contribution | 0.96 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -3.66 |
Structure conservation index | 0.77 |
SVM decision value | 3.13 |
SVM RNA-class probability | 0.998534 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14335731 118 - 20766785 AUCCCUAUUUACAUAUUUCAAGAAGGCCAAAAAUAAACGAUGAACACAGAAAAACAAUACAGUUUUUCCAGCUCACAACAUACUAACAGCCUUUUAGUCAGAUGUAAAAGGGAA-AAAA .(((((.(((((((....(.(((((((.............(((.(...(((((((......)))))))..).))).............))))))).)....)))))))))))).-.... ( -27.77) >DroSec_CAF1 1237 119 - 1 AUCCCUAUUUACAUGUUUCCAGAAGGCCAAAAGUAAAUGAUAGACACAGAAAAACAAUGCAGUUUUUCCAGCUUACAACGUACUAACAGCCUUUUAGUCAGAUGUAAAAGGGUACAAAA ..((((.(((((((.(..(.(((((((....((((..((..((.....(((((((......)))))))...))..))...))))....))))))).)..).)))))))))))....... ( -28.80) >DroSim_CAF1 1241 119 - 1 AUCCCUAUUUACAUGUUUCCAGAAGGCCAAAAGUAAAUAAUGAACAUGGAAAAACAAUGCAGUUUUUCCAGCUCACAACAUACUAAAAGCCUUUUAGUCAGAUGUAAAAGGGUACAAAC ..((((.(((((((.(..(.(((((((....((((.....(((...(((((((((......)))))))))..))).....))))....))))))).)..).)))))))))))....... ( -35.10) >DroEre_CAF1 1212 118 - 1 AUCCCAAUUUACAUGUUUCUAGAAGGCCAAAAGUACACGGUGAACAAAGAAAAGCAGGGAAGUU-UUCUAGCUCACAAAAUACUAACAGCUUAUUAGUCAGAUGUAAAAGCGUAACGGA .......(((((((.(..((((.((((....((((....((((....((((((.(......)))-))))...))))....))))....)))).))))..).)))))))........... ( -21.80) >DroYak_CAF1 1202 119 - 1 AUCCCAAUUUACAUGUUUCUAGAAGGCCAAAAGUACACGGCGAACAAAGAAAAACAGUGCAGUUUUUCUAGCUCACAGAAUACUGACAGCUUAUUAGACAGAUGUAAAAGGGUAACGGA ..(((..(((((((.(.(((((.((((....((((....(.((....((((((((......))))))))...)).)....))))....)))).))))).).))))))).)))....... ( -29.00) >consensus AUCCCUAUUUACAUGUUUCCAGAAGGCCAAAAGUAAACGAUGAACAAAGAAAAACAAUGCAGUUUUUCCAGCUCACAACAUACUAACAGCCUUUUAGUCAGAUGUAAAAGGGUAAAAAA ..((((.(((((((.(..(.(((((((....((((.....(((....((((((((......))))))))...))).....))))....))))))).)..).)))))))))))....... (-22.06 = -23.02 + 0.96)
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